More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_2180 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_2180  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 281 aa  553  1e-157  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.971115  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6374  transcriptional regulator, AraC family  45.45 
 
 		 255 aa  176  4e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.169212 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4104  transcriptional regulator, AraC family  44.86 
 
 		 250 aa  176  6e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6355  transcriptional regulator, AraC family  40.25 
 
 		 265 aa  167  2e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0247335 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6385  transcriptional regulator, AraC family  41.46 
 
 		 256 aa  159  6e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00774423 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6995  AraC/XylS family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 255 aa  148  1.0000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00467693 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0560  AraC family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 281 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000376127 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2090  AraC family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 261 aa  145  7.0000000000000006e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00753492 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2693  helix-turn-helix domain-containing protein  36.73 
 
 		 261 aa  144  2e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.129803  normal  0.168058 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4119  transcriptional regulator, AraC family  34.52 
 
 		 262 aa  130  4.0000000000000003e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.840918  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0874  AraC family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0872  AraC family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 292 aa  104  2e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0600  helix-turn-helix domain-containing protein  34.14 
 
 		 297 aa  96.7  4e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2057  helix-turn-helix domain-containing protein  46.08 
 
 		 291 aa  93.2  4e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0610  helix-turn-helix domain-containing protein  32.52 
 
 		 305 aa  91.3  2e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12670  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  35.33 
 
 		 250 aa  90.5  3e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2175  AraC family transcriptional regulator  43.27 
 
 		 281 aa  89.4  7e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0644092  normal  0.0265794 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1399  transcriptional regulator, AraC family  46.73 
 
 		 158 aa  88.2  1e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1543  transcriptional regulator, AraC family  37.04 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0315  transcriptional regulator, AraC family  39.68 
 
 		 168 aa  84  0.000000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2463  transcriptional regulator, AraC family  42.72 
 
 		 162 aa  83.2  0.000000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.400735  normal  0.926275 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  37.5 
 
 		 530 aa  82  0.00000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 304 aa  81.3  0.00000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  40.4 
 
 		 1201 aa  80.9  0.00000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 316 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 204 aa  79.7  0.00000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2986  transcriptional regulator, AraC family  41.67 
 
 		 148 aa  79.3  0.00000000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  36.36 
 
 		 331 aa  79.3  0.00000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2914  methylphosphotriester-DNA alkyltransferase  38.78 
 
 		 198 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.431589  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3221  transcriptional regulator, AraC family  38.78 
 
 		 198 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  37.11 
 
 		 513 aa  77  0.0000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2987  transcriptional regulator fragment  42.53 
 
 		 111 aa  77  0.0000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.1494  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  37.89 
 
 		 291 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 319 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0859  AraC family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 291 aa  75.9  0.0000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2105  putative sigma54 specific transcriptional regulator  39.42 
 
 		 497 aa  75.9  0.0000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.619214  normal  0.0553697 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 361 aa  75.9  0.0000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  38.37 
 
 		 301 aa  75.9  0.0000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2212  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 302 aa  75.5  0.0000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2642  transcriptional regulator, AraC family  38.78 
 
 		 198 aa  75.5  0.0000000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000194016 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2917  transcriptional regulator, AraC family  30.3 
 
 		 118 aa  75.5  0.0000000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.932782  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  32.56 
 
 		 318 aa  75.5  0.0000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4605  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 291 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2461  AraC family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 277 aa  75.1  0.000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3628  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 156 aa  75.1  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 533 aa  74.3  0.000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  34.02 
 
 		 515 aa  74.3  0.000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3520  helix-turn-helix domain-containing protein  41.57 
 
 		 322 aa  74.7  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  42.86 
 
 		 322 aa  74.3  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 299 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 291 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2550  two component transcriptional regulator, AraC family  35.48 
 
 		 502 aa  73.9  0.000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2638  transcriptional regulator, AraC family  34.65 
 
 		 282 aa  73.6  0.000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 154 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6068  AraC family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 287 aa  73.2  0.000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2157  two component AraC family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 250 aa  73.2  0.000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0322408 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 322 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1528  AraC family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 284 aa  72.8  0.000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 299 aa  72.8  0.000000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  29.91 
 
 		 300 aa  72.8  0.000000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2899  helix-turn-helix domain-containing protein  35.92 
 
 		 140 aa  72.4  0.000000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.555623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1365  AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 353 aa  72  0.000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122979  normal  0.036458 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3612  helix-turn-helix domain-containing protein  35.92 
 
 		 144 aa  72.4  0.000000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.812981  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4716  transcriptional regulator, AraC family  33.64 
 
 		 341 aa  72  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.777825 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5716  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 304 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  36.89 
 
 		 330 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1732  transcriptional regulator, AraC family  40.23 
 
 		 288 aa  71.6  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0803469 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4617  transcriptional regulator, AraC family  38.61 
 
 		 296 aa  71.6  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.107807 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2413  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 305 aa  72  0.00000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1284  AraC family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 168 aa  71.6  0.00000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  38.83 
 
 		 300 aa  72  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2907  transcriptional regulator, AraC family  38.38 
 
 		 289 aa  71.6  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0560618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2102  AraC family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 257 aa  70.9  0.00000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  36.17 
 
 		 291 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2123  AraC family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 287 aa  71.2  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.184363  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3879  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 315 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2326  transcriptional regulator, AraC family  36.73 
 
 		 295 aa  71.2  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0937352 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3256  AraC family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 292 aa  70.9  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  31.68 
 
 		 519 aa  71.2  0.00000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  34.69 
 
 		 303 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 293 aa  71.2  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  35.64 
 
 		 312 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3104  response regulator receiver protein  33.02 
 
 		 266 aa  70.5  0.00000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1480  transcriptional regulator, AraC family  34.62 
 
 		 288 aa  70.5  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0895908  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0474  AraC family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 284 aa  70.5  0.00000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 290 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2327  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 316 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.223293  normal  0.02817 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27420  transcriptional regulator MtlR (AraC family)  32.67 
 
 		 299 aa  70.1  0.00000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.467419  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  39.53 
 
 		 293 aa  70.1  0.00000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0816  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 319 aa  70.1  0.00000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6821  AraC family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 324 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1047  transcriptional regulator, AraC family  39.39 
 
 		 273 aa  69.7  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.859066 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  36 
 
 		 278 aa  69.7  0.00000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1993  transcriptional regulator, AraC family  35.35 
 
 		 508 aa  69.7  0.00000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.04683  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  33.01 
 
 		 301 aa  69.3  0.00000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  38.2 
 
 		 291 aa  69.3  0.00000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3159  AraC family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 296 aa  69.7  0.00000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  28.71 
 
 		 286 aa  69.3  0.00000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0583  AraC family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 312 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.98908  normal  0.54842 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0142  transcriptional regulator, AraC family  28.71 
 
 		 760 aa  69.3  0.00000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>