More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0512 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0512  transcriptional regulator-like protein  100 
 
 		 314 aa  645    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2899  transcriptional regulator-like protein  32.29 
 
 		 327 aa  177  1e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3566  LysR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 332 aa  176  5e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3970  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 317 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3153  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 334 aa  170  4e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0237  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 323 aa  159  5e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0238  transcriptional regulator-like protein  31.2 
 
 		 332 aa  144  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0311  LysR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 322 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3766  LysR family transcriptional regulator  25.72 
 
 		 322 aa  107  2e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3964  LysR family transcriptional regulator  25.72 
 
 		 322 aa  107  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3969  LysR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 321 aa  105  8e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3839  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 322 aa  105  1e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0243  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 321 aa  103  5e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4210  LysR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 335 aa  102  1e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3154  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 324 aa  102  1e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4287  LysR family transcriptional regulator  25.72 
 
 		 322 aa  99  9e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.128947 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0179  LysR family transcriptional regulator  25.72 
 
 		 322 aa  97.8  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0180  transcriptional regulator, LysR family  25.72 
 
 		 322 aa  97.8  2e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0238  LysR family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 321 aa  97.4  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2900  hypothetical protein  25.56 
 
 		 324 aa  96.7  5e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0239  LysR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 321 aa  95.9  9e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3572  LysR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 325 aa  93.2  5e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0912  transcriptional regulator, LysR family protein  30 
 
 		 318 aa  89.7  6e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000235744  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3981  LysR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 320 aa  88.2  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2873  transcriptional regulator, LysR family  24.58 
 
 		 324 aa  89  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000342278  hitchhiker  0.00000105997 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1510  LysR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 324 aa  87  3e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000904227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1479  LysR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 324 aa  87.4  3e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000211446  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1474  LysR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 324 aa  87.4  3e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000979777  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3657  LysR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 320 aa  87  4e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0288  LysR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 320 aa  87  4e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0520  LysR family transcriptional regulator  23.38 
 
 		 321 aa  83.2  0.000000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1661  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 328 aa  82.8  0.000000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2227  LysR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 330 aa  83.2  0.000000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000157838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3242  LysR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 320 aa  82.4  0.000000000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2786  LysR family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 337 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.989304  hitchhiker  0.00367325 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2551  LysR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 320 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2679  LysR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 350 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.245615  hitchhiker  0.000486304 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3565  LysR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 326 aa  80.1  0.00000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2612  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 350 aa  79.3  0.00000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13871  hitchhiker  0.00000334013 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0617  transcriptional regulator, LysR family protein  24.38 
 
 		 319 aa  76.3  0.0000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.468918  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1381  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 324 aa  75.9  0.0000000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000302  transcriptional regulator LysR family  31.12 
 
 		 301 aa  75.5  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3589  transcriptional regulator-like protein  26.09 
 
 		 318 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3590  transcriptional regulator-like protein  25.96 
 
 		 316 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0997  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 321 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2919  LysR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 321 aa  70.1  0.00000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 319 aa  68.9  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  28.78 
 
 		 321 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4571  LysR family transcriptional regulator  24.27 
 
 		 319 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3571  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 316 aa  67  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  25.87 
 
 		 300 aa  67  0.0000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  29.15 
 
 		 314 aa  66.2  0.0000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 321 aa  65.1  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  23.72 
 
 		 320 aa  63.2  0.000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  26.15 
 
 		 323 aa  62.8  0.000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  28.14 
 
 		 314 aa  62.8  0.000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3025  transcriptional regulator MexT  32.05 
 
 		 308 aa  62.8  0.000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.21276  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 333 aa  62.4  0.000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0917  LysR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 321 aa  62.4  0.000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0292456  normal  0.707414 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1385  LysR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 311 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0219  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 306 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1735  LysR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 297 aa  62.4  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.73522  normal  0.158282 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 327 aa  62.4  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0703  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 306 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.497833  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2987  transcriptional regulator, LysR family  25.63 
 
 		 347 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.217571  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  42.03 
 
 		 310 aa  61.6  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2577  transcriptional regulator, LysR family  25.5 
 
 		 347 aa  60.5  0.00000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0619  LysR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 306 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.56904  normal  0.89546 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 306 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2618  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 306 aa  60.8  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2073  transcriptional regulator, LysR family protein  25.13 
 
 		 303 aa  60.8  0.00000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0594  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 306 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0354843  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1118  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 305 aa  60.5  0.00000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  24.21 
 
 		 312 aa  60.1  0.00000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 323 aa  60.1  0.00000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 305 aa  59.3  0.00000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  21.01 
 
 		 306 aa  59.3  0.00000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0670  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 306 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.155019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 306 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 305 aa  59.3  0.00000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 306 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3712  transcriptional regulator  35.53 
 
 		 281 aa  59.3  0.00000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 306 aa  59.3  0.00000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2681  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 306 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 308 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 307 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1282  LysR family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 306 aa  58.9  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.526163  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3033  LysR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 312 aa  58.9  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2045  transcriptional regulator, LysR family  24.02 
 
 		 297 aa  58.9  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3428  LysR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 303 aa  58.9  0.0000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000186024  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4058  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 278 aa  58.5  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3789  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 306 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 308 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 319 aa  58.5  0.0000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2072  LysR family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 305 aa  58.5  0.0000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0341772  normal  0.872543 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1903  LysR family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 305 aa  58.9  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  28 
 
 		 326 aa  58.5  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 306 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2977  LysR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 333 aa  58.5  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1706  transcriptional regulator, LysR family  25.1 
 
 		 317 aa  58.5  0.0000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>