More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4878 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4878  ABC transporter related  100 
 
 		 387 aa  788    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.211799  normal  0.53709 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4695  ABC transporter related  54.82 
 
 		 350 aa  374  1e-102  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6495  ABC spermidine/putrescine transporter, ATPase subuni  55.74 
 
 		 363 aa  369  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00108839  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3136  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, ATP-binding protein component  56.28 
 
 		 363 aa  368  1e-101  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.87757  hitchhiker  0.00000324689 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5873  ABC transporter related  54.4 
 
 		 376 aa  358  8e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.188546  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0969  ABC transporter related  52.86 
 
 		 362 aa  353  2.9999999999999997e-96  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0177973  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3218  ABC transporter related  54.02 
 
 		 379 aa  350  3e-95  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.146375  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04880  ABC-type spermidine/putrescine transport system ATPase component  53.13 
 
 		 368 aa  343  4e-93  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000765  ABC transporter, ATP-binding protein  53.13 
 
 		 368 aa  343  4e-93  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0544  ABC transporter, ATP-binding protein  52.88 
 
 		 403 aa  340  2e-92  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0891201  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0810  ABC transporter, ATP-binding protein  51.76 
 
 		 370 aa  338  9e-92  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2745  ABC transporter ATP-binding protein  51.8 
 
 		 367 aa  317  2e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.870827  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0224  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  48.24 
 
 		 359 aa  316  5e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2898  ABC transporter related  48.53 
 
 		 366 aa  313  4.999999999999999e-84  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00959734 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0517  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  47.7 
 
 		 356 aa  312  5.999999999999999e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.105133  normal  0.328539 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4198  ABC spermidine/putrescine transporter, ATPase subunit  47.43 
 
 		 356 aa  311  1e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.722311 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4232  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  49.69 
 
 		 353 aa  310  2e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0947  ABC transporter related  52.02 
 
 		 352 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.72362  normal  0.167661 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0790  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  50.3 
 
 		 372 aa  310  4e-83  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.279429 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1238  ABC transporter related  46.72 
 
 		 333 aa  308  1.0000000000000001e-82  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.833297  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1437  ABC transporter, ATP-binding protein  45.9 
 
 		 333 aa  307  2.0000000000000002e-82  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1215  ABC-transporter, ATP-binding protein  46.72 
 
 		 333 aa  307  2.0000000000000002e-82  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1412  ABC transporter, ATP-binding protein  45.9 
 
 		 333 aa  306  3e-82  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1213  ABC transporter, ATP-binding protein  45.62 
 
 		 366 aa  306  4.0000000000000004e-82  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2951  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  50.16 
 
 		 352 aa  306  4.0000000000000004e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0112  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  48.14 
 
 		 353 aa  306  5.0000000000000004e-82  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.178265  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1049  ABC transporter-related protein  46.45 
 
 		 333 aa  305  8.000000000000001e-82  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4476  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, ATP-binding protein component  50.14 
 
 		 380 aa  305  1.0000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.041416 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0349  ABC transporter, ATPase subunit  51.4 
 
 		 352 aa  305  1.0000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4610  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, ATP-binding protein component  50.14 
 
 		 380 aa  305  1.0000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.51549  normal  0.957495 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1993  ABC transporter related  51.4 
 
 		 352 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.218449  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0328  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, ATP-binding protein component  49.31 
 
 		 352 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.785101 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0102  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  47.83 
 
 		 353 aa  303  3.0000000000000004e-81  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.12958  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3969  ABC transporter, ATP-binding protein  45.9 
 
 		 333 aa  302  6.000000000000001e-81  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1237  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  47.43 
 
 		 370 aa  301  9e-81  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0832  ABC transporter related  53.77 
 
 		 344 aa  298  1e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5010  ABC transporter related  48.35 
 
 		 352 aa  296  5e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.118547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1283  ABC transporter related  52.78 
 
 		 357 aa  295  7e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5190  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, ATP-binding protein component  48.08 
 
 		 352 aa  295  8e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.447906  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5137  ABC transporter, ATP-binding protein  48.35 
 
 		 352 aa  294  1e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2640  ABC transporter related  46.44 
 
 		 353 aa  293  5e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.151039  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2900  ABC transporter related  46.13 
 
 		 353 aa  289  7e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5523  ABC transporter related  47.88 
 
 		 364 aa  288  1e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2057  ABC transporter related  53.52 
 
 		 361 aa  286  2.9999999999999996e-76  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5504  ABC transporter related  55.2 
 
 		 346 aa  286  4e-76  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5124  ABC transporter related  55.2 
 
 		 346 aa  286  4e-76  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5213  ABC transporter related  55.2 
 
 		 346 aa  286  4e-76  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.135781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2137  ABC transporter related  48.14 
 
 		 353 aa  286  5e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0497  ABC transporter component  47.01 
 
 		 366 aa  286  5.999999999999999e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2918  ABC transporter related protein  48.36 
 
 		 336 aa  282  7.000000000000001e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1544  ABC transporter related  48.06 
 
 		 336 aa  282  8.000000000000001e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0675386  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5369  ABC transporter-like  46.96 
 
 		 358 aa  281  1e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0838  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  46.74 
 
 		 370 aa  281  1e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5739  ABC transporter-related protein  46.56 
 
 		 348 aa  279  6e-74  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.880097 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2408  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  52.35 
 
 		 345 aa  278  8e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.65462  normal  0.048511 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0390  ABC transporter related  46.08 
 
 		 352 aa  279  8e-74  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.911608  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5470  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.29 
 
 		 364 aa  278  1e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.867721  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0981  ABC transporter related  58.85 
 
 		 353 aa  278  1e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1935  ABC transporter related  46.75 
 
 		 352 aa  277  2e-73  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1083  ABC transporter related  47.32 
 
 		 347 aa  278  2e-73  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.757107 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2751  ABC transporter related protein  44.93 
 
 		 383 aa  276  3e-73  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.450304  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2039  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  48.4 
 
 		 356 aa  275  8e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2606  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.57 
 
 		 388 aa  275  1.0000000000000001e-72  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.115233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2474  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  53.91 
 
 		 353 aa  275  1.0000000000000001e-72  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2567  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  43.57 
 
 		 388 aa  275  1.0000000000000001e-72  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.571516  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1486  ABC transporter related  45.82 
 
 		 358 aa  275  1.0000000000000001e-72  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  decreased coverage  0.00353537  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2612  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.57 
 
 		 388 aa  275  1.0000000000000001e-72  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3337  ABC transporter related  53.67 
 
 		 367 aa  273  4.0000000000000004e-72  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4944  ABC transporter related  45.62 
 
 		 364 aa  273  4.0000000000000004e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7384  ABC transporter related protein  51.26 
 
 		 360 aa  272  7e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1611  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  49.82 
 
 		 381 aa  271  1e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.166117  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0028  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  52.36 
 
 		 378 aa  271  1e-71  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0855838  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0164  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.98 
 
 		 379 aa  271  1e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1836  ABC transporter, atp_binding subunit  50.7 
 
 		 364 aa  271  1e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.382756 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3387  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.65 
 
 		 373 aa  271  1e-71  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.397374  normal  0.592219 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2580  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  51.92 
 
 		 372 aa  271  2e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3138  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  54.81 
 
 		 423 aa  270  2e-71  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.227563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3927  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.84 
 
 		 381 aa  271  2e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4608  ABC transporter related  55.74 
 
 		 342 aa  270  4e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0311  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.25 
 
 		 380 aa  269  5.9999999999999995e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.671338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1639  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  54.73 
 
 		 372 aa  269  7e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2349  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  51.42 
 
 		 365 aa  269  7e-71  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00542305 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3702  ABC transporter related  41.24 
 
 		 357 aa  269  8e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4439  ABC transporter related  52.08 
 
 		 348 aa  268  8.999999999999999e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1580  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  48.97 
 
 		 372 aa  268  1e-70  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.203005  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0662  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  47.89 
 
 		 347 aa  267  2e-70  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3229  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  48.55 
 
 		 408 aa  267  2e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1685  ABC spermidine/putrescine transporter, ATPase subunit  46.55 
 
 		 357 aa  267  2e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.409231 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1930  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  50.18 
 
 		 380 aa  267  2.9999999999999995e-70  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00576419  hitchhiker  0.0000000435694 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2418  sperimidine/putrescine ABC transporter ATP-binding protein  48.44 
 
 		 363 aa  267  2.9999999999999995e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1305  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  55.56 
 
 		 378 aa  266  4e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1958  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  55.56 
 
 		 378 aa  266  4e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1061  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  47.83 
 
 		 382 aa  266  4e-70  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000354755  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1327  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  55.56 
 
 		 378 aa  266  4e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.657677  normal  0.141247 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2140  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  55.56 
 
 		 378 aa  266  4e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0391853 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1343  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  55.56 
 
 		 378 aa  266  4e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.416806 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3670  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  51.42 
 
 		 373 aa  266  5.999999999999999e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0376  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  48.58 
 
 		 380 aa  266  5.999999999999999e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000938132  hitchhiker  0.00113993 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3162  ABC transporter related  55.46 
 
 		 341 aa  266  5.999999999999999e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8492  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.6 
 
 		 379 aa  266  5.999999999999999e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.19245  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>