117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_3337 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_3337  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 
287 aa  592  1e-168  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.562048  normal  0.679518 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2705  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  61.32 
 
 
287 aa  364  1e-99  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.917825  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1429  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  58.21 
 
 
284 aa  326  3e-88  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.000000000000502947  normal  0.0400752 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2652  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  56.94 
 
 
283 aa  322  4e-87  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.000000000202898  normal  0.140843 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6351  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  47.24 
 
 
279 aa  253  2.0000000000000002e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3491  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  43.86 
 
 
281 aa  244  9.999999999999999e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.642855  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3285  xylose isomerase domain-containing protein  38.3 
 
 
287 aa  209  4e-53  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.515332 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1695  sugar phosphate isomerases/epimerases  29.96 
 
 
285 aa  141  9.999999999999999e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0560599 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3435  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.85 
 
 
289 aa  141  9.999999999999999e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1735  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.71 
 
 
286 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.340783  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5169  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.87 
 
 
294 aa  138  1e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.193202  normal  0.0119355 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1075  xylose isomerase domain-containing protein  30 
 
 
249 aa  134  9.999999999999999e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1628  xylose isomerase domain-containing protein  33.47 
 
 
319 aa  132  9e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0527  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.32 
 
 
289 aa  131  2.0000000000000002e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000000820487  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0395  xylose isomerase domain-containing protein  26.64 
 
 
252 aa  129  4.0000000000000003e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0482433 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0136  xylose isomerase domain-containing protein  26.25 
 
 
250 aa  128  9.000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.937365  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2188  xylose isomerase domain-containing protein  30.29 
 
 
290 aa  127  2.0000000000000002e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.686752  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1938  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.38 
 
 
256 aa  124  1e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.00000239688  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00428  Twin-arginine translocation pathway signal  28.74 
 
 
334 aa  123  4e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5021  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.94 
 
 
297 aa  121  9.999999999999999e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.672095  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3167  twin-arginine translocation pathway signal  29.57 
 
 
326 aa  117  3e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1892  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.48 
 
 
296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.866168 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4611  xylose isomerase domain-containing protein  29.73 
 
 
325 aa  114  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.805097  normal  0.241232 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2333  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.67 
 
 
255 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1892  xylose isomerase domain-containing protein  29.59 
 
 
304 aa  109  5e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0241791  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1893  xylose isomerase domain-containing protein  27.94 
 
 
304 aa  109  5e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0559869  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2692  twin-arginine translocation pathway signal  26.38 
 
 
300 aa  107  3e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.06 
 
 
292 aa  106  3e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.142923  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0334  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.58 
 
 
318 aa  106  5e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.212034  normal  0.78899 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2156  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.72 
 
 
241 aa  103  3e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1272  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.08 
 
 
287 aa  101  1e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3062  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.71 
 
 
287 aa  101  2e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4110  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.97 
 
 
324 aa  100  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.719196  hitchhiker  0.00235403 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1723  xylose isomerase domain-containing protein  27.03 
 
 
253 aa  95.9  7e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.186177  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1158  xylose isomerase-like TIM barrel  26.46 
 
 
253 aa  92  1e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0365  xylose isomerase domain-containing protein  29.61 
 
 
284 aa  90.5  3e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0252  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.25 
 
 
248 aa  89.7  5e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1543  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.87 
 
 
245 aa  89.7  5e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.482416  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2541  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.36 
 
 
252 aa  87.8  2e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3458  xylose isomerase domain-containing protein  24.8 
 
 
248 aa  87.4  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.463794  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4324  xylose isomerase domain-containing protein  26.09 
 
 
309 aa  87  3e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0784  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.69 
 
 
278 aa  87.4  3e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.838141 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4327  xylose isomerase domain-containing protein  24.55 
 
 
249 aa  86.3  6e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.543415 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11160  sugar phosphate isomerase/epimerase  24.58 
 
 
275 aa  85.5  0.000000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.0839384 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0574  xylose isomerase domain-containing protein  28.06 
 
 
254 aa  84.3  0.000000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1595  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.17 
 
 
284 aa  83.6  0.000000000000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0088  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.33 
 
 
341 aa  82.8  0.000000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3722  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.03 
 
 
246 aa  82.4  0.000000000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0190729 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1192  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.82 
 
 
284 aa  82  0.00000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.78026  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5339  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.91 
 
 
250 aa  80.9  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00377604  normal  0.870166 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1198  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.8 
 
 
255 aa  80.9  0.00000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2406  hypothetical protein  25.57 
 
 
253 aa  80.1  0.00000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0720427  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0747  xylose isomerase domain-containing protein  23.44 
 
 
250 aa  79.3  0.00000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.123525  normal  0.466968 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22460  sugar phosphate isomerase/epimerase  25.98 
 
 
282 aa  79  0.00000000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0432  xylose isomerase domain-containing protein  25 
 
 
258 aa  77.8  0.0000000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4404  xylose isomerase domain-containing protein  24.51 
 
 
250 aa  77  0.0000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.658574  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03870  xylose isomerase-like enzyme  28.12 
 
 
244 aa  76.6  0.0000000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27510  sugar phosphate isomerase/epimerase  28.11 
 
 
274 aa  76.6  0.0000000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2336  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.4 
 
 
245 aa  73.9  0.000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.791708  normal  0.26673 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1346  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.14 
 
 
301 aa  73.9  0.000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4661  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.11 
 
 
243 aa  72.8  0.000000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2972  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.63 
 
 
245 aa  72.8  0.000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3498  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  27 
 
 
248 aa  71.2  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.503466  hitchhiker  0.000525778 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20260  sugar phosphate isomerase/epimerase  25.76 
 
 
293 aa  70.9  0.00000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.239255  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2332  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.82 
 
 
253 aa  69.7  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43019  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2093  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.57 
 
 
253 aa  69.7  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.446343  normal  0.467472 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3397  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.54 
 
 
251 aa  63.5  0.000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.843177  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0425  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.9 
 
 
243 aa  63.5  0.000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0439  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.19 
 
 
308 aa  63.2  0.000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00988774  normal  0.647818 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1046  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.34 
 
 
287 aa  63.2  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1739  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.12 
 
 
271 aa  62.8  0.000000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.125041  normal  0.800521 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0886  xylose isomerase domain-containing protein  27.36 
 
 
254 aa  61.2  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.490019 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2640  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.61 
 
 
307 aa  61.2  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1620  hypothetical protein  23.89 
 
 
298 aa  57.8  0.0000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1615  hypothetical protein  24.24 
 
 
298 aa  57.4  0.0000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1912  xylose isomerase domain-containing protein  22.09 
 
 
271 aa  56.2  0.0000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.193983  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3701  hypothetical protein  22.66 
 
 
259 aa  55.1  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0303  myo-inositol catabolism protein  24.54 
 
 
298 aa  54.3  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0735  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.97 
 
 
312 aa  53.1  0.000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1232  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 
279 aa  52.4  0.000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.523448  hitchhiker  0.00338141 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4190  xylose isomerase-like TIM barrel  32.94 
 
 
371 aa  52  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.720259  hitchhiker  0.00898811 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2531  putative IolE protein  23.64 
 
 
298 aa  51.6  0.00001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.32551e-17 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1342  Myo-inosose-2 dehydratase  25.6 
 
 
296 aa  52  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.606088  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0273  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.96 
 
 
278 aa  52  0.00001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5694  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.12 
 
 
300 aa  51.2  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.986609  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2255  myo-inositol catabolism protein  25.5 
 
 
298 aa  50.4  0.00003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0086  myo-inositol catabolism protein IolE  28.31 
 
 
297 aa  50.8  0.00003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1842  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.97 
 
 
287 aa  50.4  0.00003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2299  myo-inositol catabolism protein  25.15 
 
 
298 aa  49.7  0.00006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1981  Myo-inosose-2 dehydratase  25.44 
 
 
301 aa  49.3  0.00008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.162742  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1722  xylose isomerase-like TIM barrel  21.61 
 
 
299 aa  48.9  0.0001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.688264  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0067  xylose isomerase domain-containing protein  29.63 
 
 
318 aa  48.5  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0290166  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4706  inosose dehydratase  27.22 
 
 
301 aa  48.9  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000727756  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2336  hypothetical protein  30.21 
 
 
237 aa  48.1  0.0002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6358  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.76 
 
 
316 aa  48.1  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2995  Myo-inosose-2 dehydratase  22.91 
 
 
296 aa  48.1  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4567  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.66 
 
 
317 aa  47.4  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.181708  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4013  Myo-inosose-2 dehydratase  23.28 
 
 
297 aa  47  0.0004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2932  xylose isomerase domain-containing protein  29.71 
 
 
308 aa  46.6  0.0005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.688703 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0730  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.95 
 
 
295 aa  46.6  0.0005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.200556  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>