More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_0998 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009665  Shew185_3406  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  80.22 
 
 
443 aa  687    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0661425  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1046  DEAD/DEAH box helicase domain protein  80.22 
 
 
443 aa  684    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0103787  decreased coverage  0.0000000602754 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1136  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  84.11 
 
 
447 aa  744    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3310  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  78.65 
 
 
443 aa  673    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.899565  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0962  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  89.38 
 
 
443 aa  800    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0923709  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3531  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  80.9 
 
 
443 aa  694    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.650391  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2944  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  73.33 
 
 
438 aa  637    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.477524  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0960  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  94.9 
 
 
451 aa  828    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.25993  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0998  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  100 
 
 
451 aa  907    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0903  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.86 
 
 
429 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1184  DEAD/DEAH box helicase-like protein  55.88 
 
 
465 aa  451  1e-125  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000204696  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0248  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  52.39 
 
 
428 aa  428  1e-119  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0971  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.61 
 
 
410 aa  425  1e-118  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000971191  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3215  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.5 
 
 
477 aa  312  6.999999999999999e-84  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4766  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  46 
 
 
443 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.110868  decreased coverage  0.00101931 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4641  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.75 
 
 
443 aa  307  3e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00424195  normal  0.0145877 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  40.18 
 
 
445 aa  306  5.0000000000000004e-82  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4779  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.5 
 
 
443 aa  305  8.000000000000001e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00319736  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.46 
 
 
550 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3026  DEAD/DEAH box helicase-like protein  44.85 
 
 
496 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0985  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.51 
 
 
463 aa  304  2.0000000000000002e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0654  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.25 
 
 
439 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000031459  normal  0.38064 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1422  4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase  44.65 
 
 
427 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.219008 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001496  ATP-dependent RNA helicase  41.67 
 
 
416 aa  303  5.000000000000001e-81  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.16101  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1434  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.65 
 
 
427 aa  303  5.000000000000001e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.605278 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1369  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.65 
 
 
427 aa  302  8.000000000000001e-81  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0112372 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3125  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  45.72 
 
 
427 aa  302  1e-80  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01497  ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.9 
 
 
480 aa  300  4e-80  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2495  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.72 
 
 
427 aa  300  5e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0142  putative ATP-dependent RNA helicase (DEAD/DEAH box helicase)  42.2 
 
 
495 aa  299  6e-80  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0905  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.97 
 
 
525 aa  299  7e-80  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.42 
 
 
494 aa  299  8e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0870  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.97 
 
 
525 aa  299  8e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3466  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.97 
 
 
526 aa  299  8e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1798  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.19 
 
 
599 aa  299  8e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.164038 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3401  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  44.72 
 
 
432 aa  298  9e-80  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.571925  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0565  putative ATP-dependent RNA helicase RhlE  38.36 
 
 
442 aa  298  1e-79  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3728  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.81 
 
 
447 aa  298  1e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.201471  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4664  ATP-dependent RNA helicase rhlE, putative  43.44 
 
 
442 aa  297  2e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  43.22 
 
 
506 aa  298  2e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4920  DEAD/DEAH box helicase-like  42.67 
 
 
446 aa  297  2e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00126468  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4757  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.67 
 
 
581 aa  297  2e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.81 
 
 
578 aa  297  3e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05215  putative ATP-dependent RNA helicase  39.63 
 
 
424 aa  296  4e-79  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.190417  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0896  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.93 
 
 
515 aa  296  4e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.75 
 
 
513 aa  296  5e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1974  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.82 
 
 
438 aa  296  5e-79  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000565888  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2902  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.42 
 
 
598 aa  296  5e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0368123 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4297  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  43.19 
 
 
442 aa  296  6e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.577839 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0791  putative ATP-dependent RNA helicase RhlE  38.75 
 
 
624 aa  295  8e-79  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000437602  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3129  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.56 
 
 
549 aa  295  1e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0627  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.08 
 
 
480 aa  294  2e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5812  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.49 
 
 
492 aa  294  2e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.441599  hitchhiker  0.00900105 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3783  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  41.56 
 
 
535 aa  293  3e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1454  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.09 
 
 
441 aa  294  3e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2938  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.63 
 
 
427 aa  294  3e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.71109  normal  0.0696862 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.84 
 
 
491 aa  293  3e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.631555 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0025  DEAD/DEAH box helicase-like  42.16 
 
 
398 aa  293  4e-78  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  42.46 
 
 
540 aa  293  4e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0709  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  39.59 
 
 
422 aa  293  4e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1532  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  43.08 
 
 
441 aa  293  6e-78  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.169339 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2798  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.63 
 
 
427 aa  293  6e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0817  DEAD/DEAH box helicase-like protein  41.06 
 
 
452 aa  293  6e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.187281  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2609  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.9 
 
 
577 aa  293  6e-78  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.209081 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1199  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.9 
 
 
578 aa  293  6e-78  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1559  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.89 
 
 
427 aa  292  8e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.404894  hitchhiker  0.0046251 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0420  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.57 
 
 
628 aa  292  8e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3579  DEAD/DEAH box helicase-like  44.35 
 
 
421 aa  292  9e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0878  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  41.13 
 
 
425 aa  291  1e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.121425 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  41.55 
 
 
540 aa  291  2e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.42 
 
 
479 aa  291  2e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.381467  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.08 
 
 
549 aa  291  2e-77  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.42 
 
 
480 aa  291  2e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0181544  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3200  dystroglycan-type cadherin-like  40.24 
 
 
516 aa  290  3e-77  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2135  DEAD/DEAH box helicase-like  41.85 
 
 
435 aa  290  3e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2355  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.75 
 
 
497 aa  290  3e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651471  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1125  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  41.09 
 
 
466 aa  290  4e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0434  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.44 
 
 
565 aa  290  4e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.326828  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2235  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.75 
 
 
511 aa  290  4e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2535  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.31 
 
 
436 aa  290  5.0000000000000004e-77  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0735  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  43.04 
 
 
485 aa  290  5.0000000000000004e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0917  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.38 
 
 
418 aa  289  6e-77  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.577539  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0420  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.44 
 
 
560 aa  289  6e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437867  hitchhiker  0.000179935 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5029  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.36 
 
 
626 aa  289  7e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0248  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.42 
 
 
485 aa  289  7e-77  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2699  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.67 
 
 
486 aa  289  7e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.411563  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2460  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  42.42 
 
 
485 aa  289  7e-77  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2710  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.98 
 
 
428 aa  289  7e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2818  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.64 
 
 
427 aa  289  8e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2670  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.67 
 
 
486 aa  289  8e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5998  DEAD/DEAH box helicase  42.42 
 
 
484 aa  289  8e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0954  DEAD/DEAH box helicase-like protein  40.09 
 
 
515 aa  289  8e-77  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.846245 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1098  DEAD/DEAH box helicase-like protein  40.09 
 
 
515 aa  289  8e-77  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000619  ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.52 
 
 
522 aa  289  8e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2059  DEAD/DEAH box helicase-like  42.67 
 
 
486 aa  289  8e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311638  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1820  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  43.23 
 
 
447 aa  289  9e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.219559 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0914  ATP-dependent RNA helicase  43.04 
 
 
485 aa  288  9e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348859  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0748  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  43.04 
 
 
485 aa  288  9e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.162375  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0947  ATP-dependent RNA helicase RhlE  43.08 
 
 
453 aa  288  1e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0968  ATP-dependent RNA helicase RhlE  43.08 
 
 
453 aa  288  1e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>