More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1136 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_1136  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  100 
 
 
447 aa  896    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2944  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  75.46 
 
 
438 aa  636    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.477524  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3406  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  81.29 
 
 
443 aa  691    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0661425  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0962  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  83.48 
 
 
443 aa  731    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0923709  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3531  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  82.41 
 
 
443 aa  699    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.650391  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3310  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  79.73 
 
 
443 aa  673    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.899565  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0960  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  84.33 
 
 
451 aa  731    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.25993  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0998  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  83.66 
 
 
451 aa  729    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1046  DEAD/DEAH box helicase domain protein  81.51 
 
 
443 aa  690    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0103787  decreased coverage  0.0000000602754 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0903  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  60.09 
 
 
429 aa  474  1e-132  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1184  DEAD/DEAH box helicase-like protein  55.58 
 
 
465 aa  455  1e-127  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000204696  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0248  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  53.95 
 
 
428 aa  426  1e-118  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0971  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.42 
 
 
410 aa  427  1e-118  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000971191  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3215  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.15 
 
 
477 aa  319  5e-86  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.03 
 
 
550 aa  318  1e-85  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3026  DEAD/DEAH box helicase-like protein  46.03 
 
 
496 aa  317  4e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4766  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  46.15 
 
 
443 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.110868  decreased coverage  0.00101931 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01497  ATP-dependent RNA helicase RhlE  44.04 
 
 
480 aa  315  9.999999999999999e-85  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.04 
 
 
494 aa  315  9.999999999999999e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4641  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.15 
 
 
443 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00424195  normal  0.0145877 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1798  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.75 
 
 
599 aa  313  3.9999999999999997e-84  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.164038 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4779  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.91 
 
 
443 aa  313  4.999999999999999e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00319736  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0654  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.66 
 
 
439 aa  312  6.999999999999999e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000031459  normal  0.38064 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0985  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.41 
 
 
463 aa  312  7.999999999999999e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4757  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.2 
 
 
581 aa  309  5e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3466  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.07 
 
 
526 aa  308  9e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0905  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.07 
 
 
525 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4920  DEAD/DEAH box helicase-like  45.08 
 
 
446 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00126468  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0870  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.07 
 
 
525 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1974  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.22 
 
 
438 aa  308  1.0000000000000001e-82  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000565888  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  43.36 
 
 
445 aa  307  2.0000000000000002e-82  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.35 
 
 
578 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3728  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.25 
 
 
447 aa  307  3e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.201471  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.84 
 
 
513 aa  307  3e-82  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0896  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.04 
 
 
515 aa  306  4.0000000000000004e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0142  putative ATP-dependent RNA helicase (DEAD/DEAH box helicase)  43.52 
 
 
495 aa  306  5.0000000000000004e-82  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3129  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.1 
 
 
549 aa  305  9.000000000000001e-82  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.86 
 
 
549 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  44.13 
 
 
540 aa  304  2.0000000000000002e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2902  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.3 
 
 
598 aa  304  2.0000000000000002e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0368123 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0025  DEAD/DEAH box helicase-like  44.04 
 
 
398 aa  304  2.0000000000000002e-81  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2535  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.44 
 
 
436 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0817  DEAD/DEAH box helicase-like protein  42.36 
 
 
452 aa  304  2.0000000000000002e-81  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.187281  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.91 
 
 
491 aa  303  4.0000000000000003e-81  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.631555 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  44.59 
 
 
506 aa  303  4.0000000000000003e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0878  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  44.3 
 
 
425 aa  302  7.000000000000001e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.121425 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3783  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  44.3 
 
 
535 aa  302  8.000000000000001e-81  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  44.1 
 
 
540 aa  302  9e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4664  ATP-dependent RNA helicase rhlE, putative  45.34 
 
 
442 aa  301  1e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1331  ATP-dependent RNA helicase RhlE  43.39 
 
 
456 aa  302  1e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2609  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.56 
 
 
577 aa  302  1e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.209081 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1199  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.56 
 
 
578 aa  302  1e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4297  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  45.08 
 
 
442 aa  301  2e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.577839 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0968  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.05 
 
 
453 aa  300  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3497  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.35 
 
 
511 aa  300  3e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0883  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.05 
 
 
453 aa  300  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0947  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.05 
 
 
453 aa  300  4e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0855  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.05 
 
 
453 aa  300  4e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0915  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.05 
 
 
453 aa  300  4e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000619  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.96 
 
 
522 aa  300  4e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0954  DEAD/DEAH box helicase-like protein  41.82 
 
 
515 aa  300  5e-80  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.846245 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1098  DEAD/DEAH box helicase-like protein  41.82 
 
 
515 aa  300  5e-80  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0420  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.24 
 
 
560 aa  299  7e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437867  hitchhiker  0.000179935 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.3 
 
 
479 aa  299  8e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.381467  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0434  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.24 
 
 
565 aa  299  8e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.326828  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0627  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.3 
 
 
480 aa  298  1e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3200  dystroglycan-type cadherin-like  41.35 
 
 
516 aa  298  1e-79  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.3 
 
 
480 aa  298  1e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0181544  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.47 
 
 
522 aa  297  2e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.234124  normal  0.583297 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1454  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.02 
 
 
441 aa  297  2e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3259  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  42.14 
 
 
429 aa  297  2e-79  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.00000130647  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1556  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.23 
 
 
418 aa  298  2e-79  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000449749  hitchhiker  0.000184572 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0565  putative ATP-dependent RNA helicase RhlE  40.76 
 
 
442 aa  297  2e-79  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1024  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.21 
 
 
451 aa  298  2e-79  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1288  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.93 
 
 
462 aa  297  3e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1244  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.54 
 
 
571 aa  297  3e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2935  ATP-dependent RNA helicase RhlE  44.04 
 
 
476 aa  297  3e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10010  DEAD/DEAH box ATP-dependent RNA helicase  44.76 
 
 
434 aa  296  4e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00123792  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0917  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.78 
 
 
418 aa  296  4e-79  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.577539  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3401  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  44.41 
 
 
432 aa  296  5e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.571925  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2699  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.3 
 
 
486 aa  296  6e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.411563  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1733  DEAD/DEAH box helicase  42.79 
 
 
477 aa  296  6e-79  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.210981  normal  0.24417 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2670  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.3 
 
 
486 aa  296  6e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2059  DEAD/DEAH box helicase-like  44.3 
 
 
486 aa  296  6e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311638  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.82 
 
 
515 aa  296  6e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5998  DEAD/DEAH box helicase  44.3 
 
 
484 aa  295  8e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3519  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.67 
 
 
436 aa  295  8e-79  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0420  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.78 
 
 
628 aa  295  8e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3682  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.49 
 
 
601 aa  295  9e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00764  RNA helicase  43.44 
 
 
454 aa  295  1e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.697529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2845  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.44 
 
 
454 aa  295  1e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2555  ATP-dependent RNA helicase RhlE  43.44 
 
 
454 aa  295  1e-78  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0945  ATP-dependent RNA helicase RhlE  43.44 
 
 
455 aa  295  1e-78  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2846  ATP-dependent RNA helicase RhlE  43.44 
 
 
454 aa  295  1e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0376153 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00781  hypothetical protein  43.44 
 
 
454 aa  295  1e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.74748  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0820  ATP-dependent RNA helicase RhlE  43.44 
 
 
454 aa  295  1e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3520  DEAD/DEAH box helicase-like  43.29 
 
 
579 aa  295  1e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0862  ATP-dependent RNA helicase RhlE  43.44 
 
 
454 aa  295  1e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3125  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  45.41 
 
 
427 aa  294  2e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  44.3 
 
 
543 aa  294  2e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.498001 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>