More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0384 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0384  transcriptional regulator, LysR family protein  100 
 
 		 289 aa  596  1e-169  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0247  LysR family transcriptional regulator  78.4 
 
 		 289 aa  471  1e-132  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4256  LysR family transcriptional regulator  69.66 
 
 		 291 aa  420  1e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00267283 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0222  LysR family transcriptional regulator  65.17 
 
 		 291 aa  375  1e-103  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.108067 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0295  LysR family transcriptional regulator  63.45 
 
 		 294 aa  369  1e-101  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3885  LysR family transcriptional regulator  62.76 
 
 		 290 aa  368  1e-101  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.19798 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4192  LysR family transcriptional regulator  62.76 
 
 		 290 aa  369  1e-101  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3689  LysR family transcriptional regulator  62.76 
 
 		 290 aa  368  1e-101  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0256  LysR family transcriptional regulator  62.76 
 
 		 290 aa  368  1e-101  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4074  LysR family transcriptional regulator  63.1 
 
 		 290 aa  370  1e-101  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4104  LysR family transcriptional regulator  62.76 
 
 		 290 aa  368  1e-101  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3994  transcriptional regulator, LysR family  62.41 
 
 		 290 aa  367  1e-100  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3697  LysR family transcriptional regulator  61.72 
 
 		 290 aa  362  4e-99  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3359  LysR family transcriptional regulator  58.56 
 
 		 296 aa  331  8e-90  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000692  putative transcriptional regulator LysR family protein  40.55 
 
 		 294 aa  212  5.999999999999999e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2509  transcriptional regulator, LysR family protein  39.39 
 
 		 292 aa  211  2e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2670  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 303 aa  209  6e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.38872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3221  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 298 aa  207  1e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3811  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 315 aa  205  8e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4030  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 296 aa  205  8e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.790637  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06568  transcriptional regulator  40.07 
 
 		 294 aa  204  9e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1334  LysR family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 311 aa  201  9.999999999999999e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000111205 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.62 
 
 		 306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.93 
 
 		 304 aa  175  9e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 		 302 aa  174  9.999999999999999e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.18 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.18 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.54 
 
 		 308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.18 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.62 
 
 		 308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.18 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.18 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.52 
 
 		 303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.99 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.49 
 
 		 305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  35.84 
 
 		 305 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  35.84 
 
 		 305 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.84 
 
 		 305 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.84 
 
 		 305 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.84 
 
 		 305 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2153  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 294 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.76932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.84 
 
 		 305 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.84 
 
 		 305 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  35.84 
 
 		 305 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.84 
 
 		 305 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.52 
 
 		 303 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.27 
 
 		 307 aa  172  6.999999999999999e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.99 
 
 		 303 aa  171  1e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.64 
 
 		 303 aa  171  1e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.64 
 
 		 303 aa  171  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.64 
 
 		 303 aa  169  4e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.64 
 
 		 303 aa  169  4e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.52 
 
 		 305 aa  169  4e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.52 
 
 		 305 aa  169  4e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.52 
 
 		 305 aa  169  4e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.64 
 
 		 303 aa  168  8e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.64 
 
 		 303 aa  168  8e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.64 
 
 		 303 aa  168  1e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.64 
 
 		 303 aa  168  1e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.64 
 
 		 303 aa  168  1e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.64 
 
 		 303 aa  168  1e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.26 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.3 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.29 
 
 		 303 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.67 
 
 		 310 aa  166  2.9999999999999998e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.29 
 
 		 303 aa  166  4e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 306 aa  166  5.9999999999999996e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 306 aa  165  8e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6398  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 306 aa  165  9e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.737732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1431  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 306 aa  165  9e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53118  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1188  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 303 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.48406  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.33 
 
 		 300 aa  163  3e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2291  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 301 aa  160  2e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.83222 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1259  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 288 aa  154  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.02 
 
 		 306 aa  152  8e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 317 aa  150  2e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0495  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.08 
 
 		 301 aa  151  2e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000126497  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.71 
 
 		 314 aa  149  4e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1848  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 295 aa  149  7e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.848008  hitchhiker  0.00384557 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2404  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.772401  normal  0.186962 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2761  transcription regulator protein  32.54 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.21868  normal  0.56038 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2674  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 310 aa  146  5e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.910839 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6131  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 310 aa  145  6e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2151  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 312 aa  145  6e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.349903  normal  0.92042 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6419  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 297 aa  145  6e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1201  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 313 aa  144  1e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6448  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 318 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 318 aa  145  1e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5947  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 321 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.287273 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 295 aa  144  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5583  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 321 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1449  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 305 aa  143  3e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.828927  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3381  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 298 aa  142  5e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3680  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 298 aa  142  7e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.301341  hitchhiker  0.00043388 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1672  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 331 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.324341  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 		 300 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4107  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1757  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074148 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 308 aa  140  3e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>