More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3733 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3733  response regulator receiver domain-containing protein  100 
 
 		 249 aa  514  1.0000000000000001e-145  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.766169 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  43.6 
 
 		 244 aa  232  3e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  44.76 
 
 		 242 aa  230  2e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2906  two component transcriptional regulator, LytTR family  42.8 
 
 		 245 aa  218  6e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3000  response regulator receiver domain-containing protein  48.55 
 
 		 229 aa  213  1.9999999999999998e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000248508 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1527  LytTR family two component transcriptional regulator  38.58 
 
 		 246 aa  192  6e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.109257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0617  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.95 
 
 		 243 aa  180  2e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.23864 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3838  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 254 aa  152  5.9999999999999996e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4846  LytTR family two component transcriptional regulator  33.47 
 
 		 246 aa  151  8e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.568582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 253 aa  150  2e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.05 
 
 		 257 aa  149  5e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0979  LytTR family two component transcriptional regulator  32.65 
 
 		 242 aa  148  7e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0238694 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  33.46 
 
 		 272 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2356  response regulator receiver protein  33.59 
 
 		 257 aa  146  3e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.325932  normal  0.149931 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 258 aa  145  6e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.22 
 
 		 237 aa  144  1e-33  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 317 aa  140  1.9999999999999998e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0957  putative two-component response-regulatory protein YehT  35.29 
 
 		 241 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.147856  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  32.81 
 
 		 238 aa  138  8.999999999999999e-32  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  33.58 
 
 		 275 aa  137  1e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5565  response regulator LytR  31.35 
 
 		 246 aa  137  2e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3900  response regulator receiver domain-containing protein  31.8 
 
 		 261 aa  135  4e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5384  response regulator LytR  32.14 
 
 		 246 aa  135  5e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.662493  normal  0.485514 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.59 
 
 		 260 aa  134  9e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6623  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.53 
 
 		 258 aa  134  9.999999999999999e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0991065  normal  0.080317 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2397  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.5 
 
 		 261 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3544  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.76 
 
 		 251 aa  133  1.9999999999999998e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0394969  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.69 
 
 		 257 aa  133  1.9999999999999998e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5573  response regulator LytR  31.35 
 
 		 246 aa  132  3e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5621  response regulator LytR  30.95 
 
 		 246 aa  133  3e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2723  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.59 
 
 		 239 aa  133  3e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5295  response regulator LytR  30.95 
 
 		 246 aa  132  3.9999999999999996e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5122  response regulator  30.95 
 
 		 246 aa  132  3.9999999999999996e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5691  response regulator LytR  30.95 
 
 		 246 aa  132  3.9999999999999996e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  33.72 
 
 		 268 aa  132  3.9999999999999996e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5536  response regulator LytR  30.95 
 
 		 246 aa  132  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5234  LytTR family two component transcriptional regulator  30.16 
 
 		 246 aa  132  3.9999999999999996e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5137  response regulator  30.95 
 
 		 246 aa  132  6e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0765  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 247 aa  132  6e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.584976  normal  0.255142 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0161  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 270 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0865  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.51 
 
 		 239 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 252 aa  131  1.0000000000000001e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.02 
 
 		 237 aa  130  2.0000000000000002e-29  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3594  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.4 
 
 		 260 aa  129  3e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.833136  normal  0.0457058 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2397  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.38 
 
 		 239 aa  129  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.423362  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1819  LytTr DNA-binding response regulator  30.98 
 
 		 260 aa  129  4.0000000000000003e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.148301  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2505  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.38 
 
 		 239 aa  129  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004414  response regulator of the LytR/AlgR family  32.41 
 
 		 242 aa  129  4.0000000000000003e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 265 aa  129  4.0000000000000003e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2348  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.38 
 
 		 239 aa  129  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2304  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.38 
 
 		 239 aa  129  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  29.64 
 
 		 268 aa  129  4.0000000000000003e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2393  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.38 
 
 		 239 aa  129  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02054  predicted response regulator in two-component system withYehU  34.12 
 
 		 239 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1533  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.12 
 
 		 239 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.726215  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2413  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.12 
 
 		 239 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2259  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.12 
 
 		 239 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02012  hypothetical protein  34.12 
 
 		 239 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1522  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.12 
 
 		 239 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3112  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.12 
 
 		 239 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.148941 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0959  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.73 
 
 		 241 aa  129  6e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.606019  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1083  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.92 
 
 		 239 aa  128  7.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.450563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2974  LytTR family two component transcriptional regulator  32.55 
 
 		 266 aa  128  7.000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0919  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.12 
 
 		 239 aa  128  7.000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1761  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.65 
 
 		 251 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1246  LytTR family two component transcriptional regulator  30.47 
 
 		 254 aa  127  1.0000000000000001e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4408  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.96 
 
 		 268 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  28.97 
 
 		 246 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0898  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.4 
 
 		 265 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  31.23 
 
 		 237 aa  126  3e-28  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  29.96 
 
 		 276 aa  126  3e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00984  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.23 
 
 		 242 aa  125  5e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0224  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.54 
 
 		 237 aa  125  6e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1658  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.02 
 
 		 236 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000153786  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1695  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.02 
 
 		 236 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000884824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2685  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.02 
 
 		 236 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0538398  hitchhiker  0.000367908 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1673  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.02 
 
 		 236 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000537167  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2278  LytTr DNA-binding response regulator  30.32 
 
 		 280 aa  125  9e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.421967  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2883  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.08 
 
 		 236 aa  124  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000903631  unclonable  0.0000000000401288 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1130  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.2 
 
 		 238 aa  124  1e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1001  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 262 aa  124  1e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3149  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.2 
 
 		 238 aa  124  1e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2093  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.07 
 
 		 237 aa  123  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1151  response regulator receiver protein  30.6 
 
 		 276 aa  124  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  29.48 
 
 		 255 aa  123  2e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3416  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.08 
 
 		 237 aa  123  3e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329348  normal  0.0577965 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1440  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.87 
 
 		 236 aa  123  3e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1585  LytTr DNA-binding region  34.12 
 
 		 259 aa  123  3e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80455  normal  0.0356965 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2434  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.37 
 
 		 236 aa  123  3e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.318628  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3358  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.62 
 
 		 238 aa  122  4e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3221  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.62 
 
 		 238 aa  122  4e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3485  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.62 
 
 		 238 aa  122  4e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.159726 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2432  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.8 
 
 		 236 aa  122  5e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000158974  hitchhiker  0.00361478 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0904  LytTR family two component transcriptional regulator  30.04 
 
 		 243 aa  122  5e-27  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 240 aa  122  7e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1964  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 255 aa  122  7e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.777054 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.57 
 
 		 246 aa  122  7e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2594  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.4 
 
 		 236 aa  122  7e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0103906  hitchhiker  0.00157605 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1548  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.6 
 
 		 236 aa  122  7e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.496368  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  30.5 
 
 		 265 aa  122  8e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>