More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1360 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1360  cellulose binding, type IV  100 
 
 		 544 aa  1121    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2248  multi-sensor signal transduction histidine kinase  46.21 
 
 		 936 aa  255  2.0000000000000002e-66  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.237382  normal  0.945372 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0214  histidine kinase  41.16 
 
 		 657 aa  253  5.000000000000001e-66  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00277  Signal transduction histidine kinase (contains HAMP domain)  41.06 
 
 		 560 aa  242  1e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0712  putative sensor histidine kinase  37.63 
 
 		 667 aa  241  2.9999999999999997e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2066  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  41.64 
 
 		 762 aa  239  8e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.111352  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0438  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  40 
 
 		 914 aa  239  1e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.41519  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4495  sensory box sensor histidine kinase  44.4 
 
 		 508 aa  238  2e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5275  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.87 
 
 		 693 aa  237  4e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0938  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  40.59 
 
 		 662 aa  237  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.578499  normal  0.445818 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2390  histidine kinase  43.64 
 
 		 757 aa  236  6e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.534498  normal  0.927047 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2113  ATPase domain-containing protein  43.27 
 
 		 757 aa  236  7e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.275639  normal  0.031966 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0096  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.23 
 
 		 692 aa  236  8e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0660  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  45.07 
 
 		 625 aa  236  1.0000000000000001e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1306  histidine kinase  36.62 
 
 		 663 aa  235  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0116699  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1770  histidine kinase  36.29 
 
 		 778 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5000  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.32 
 
 		 893 aa  235  2.0000000000000002e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.546026 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4374  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.88 
 
 		 690 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3738  Na+/proline symporter-like protein  43.11 
 
 		 950 aa  234  3e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0081  histidine kinase  40.86 
 
 		 529 aa  232  1e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.63025  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3685  histidine kinase  36.15 
 
 		 708 aa  232  2e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3284  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  41.24 
 
 		 779 aa  231  3e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.85917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4665  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.25 
 
 		 670 aa  231  3e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2545  histidine kinase  42.55 
 
 		 471 aa  230  5e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0677665 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2270  ATPase domain-containing protein  42.18 
 
 		 471 aa  229  7e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.250434 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03441  Signal transduction histidine kinase  41.7 
 
 		 499 aa  229  1e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1744  Signal transduction histidine kinase  40.77 
 
 		 893 aa  228  2e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.410742  normal  0.243263 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0932  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.19 
 
 		 632 aa  228  2e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2791  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.37 
 
 		 1226 aa  227  5.0000000000000005e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.544858 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3521  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.5 
 
 		 1237 aa  226  6e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3384  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.86 
 
 		 898 aa  226  7e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3354  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.79 
 
 		 1242 aa  225  1e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5593  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  43.75 
 
 		 506 aa  224  3e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3404  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.49 
 
 		 632 aa  224  4e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0867  ATPase domain-containing protein  37.85 
 
 		 632 aa  224  4e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0958  histidine kinase  36.49 
 
 		 632 aa  223  4.9999999999999996e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2516  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  40.73 
 
 		 805 aa  222  9.999999999999999e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.436888  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2828  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  42.04 
 
 		 410 aa  221  1.9999999999999999e-56  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3113  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.49 
 
 		 962 aa  221  1.9999999999999999e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0730498  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3600  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.28 
 
 		 900 aa  220  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.182555  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0966  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.71 
 
 		 632 aa  221  3.9999999999999997e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2356  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.07 
 
 		 900 aa  219  1e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0113546  normal  0.244783 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1486  histidine kinase  44.27 
 
 		 473 aa  218  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2177  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.15 
 
 		 885 aa  216  8e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3109  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.02 
 
 		 901 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.143082 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3787  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.59 
 
 		 560 aa  213  7e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2473  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  43.14 
 
 		 550 aa  211  3e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.115366  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1052  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  38.58 
 
 		 579 aa  205  2e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.17007  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2962  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  40.23 
 
 		 729 aa  204  4e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0402  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.18 
 
 		 789 aa  201  3.9999999999999996e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.774871 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3779  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.23 
 
 		 683 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.853209  hitchhiker  0.00641465 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6050  putative sensor histidine kinase  37.32 
 
 		 483 aa  198  2.0000000000000003e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5588  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.88 
 
 		 773 aa  193  8e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2013  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.21 
 
 		 575 aa  191  2e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.899017  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3880  Signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system-like protein  35.15 
 
 		 680 aa  192  2e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3281  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.8 
 
 		 781 aa  189  1e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3809  Signal transduction histidine kinase-like  41.47 
 
 		 612 aa  189  1e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0993  ligand-binding sensor domain-containing protein  38.13 
 
 		 1250 aa  188  3e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1149  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.49 
 
 		 833 aa  186  9e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.355741  normal  0.205094 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2754  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.23 
 
 		 466 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.762714  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1964  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.23 
 
 		 427 aa  182  1e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00543356  normal  0.092514 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2525  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.06 
 
 		 449 aa  182  1e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2378  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.69 
 
 		 638 aa  177  3e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2545  ATP-binding region, ATPase-like protein  35.4 
 
 		 454 aa  177  3e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2375  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.81 
 
 		 504 aa  177  5e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0299267  normal  0.484722 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3162  sensor histidine kinase  35.96 
 
 		 453 aa  176  9e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1390  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.25 
 
 		 453 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0606319  hitchhiker  0.00201119 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1337  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.59 
 
 		 453 aa  174  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.154373  hitchhiker  0.00314731 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1402  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.59 
 
 		 453 aa  174  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0809579 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1205  sensor histidine kinase  37.09 
 
 		 580 aa  174  5e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1018  sensory box sensor histidine kinase  34.93 
 
 		 648 aa  173  5.999999999999999e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2884  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.55 
 
 		 453 aa  173  7.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.260369  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3013  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.22 
 
 		 453 aa  172  1e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2867  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.64 
 
 		 453 aa  172  1e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1492  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35 
 
 		 453 aa  172  1e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.609505  normal  0.551578 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0954  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.62 
 
 		 699 aa  171  3e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0664  Signal transduction histidine kinase-like protein  30.27 
 
 		 543 aa  169  1e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4382  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.67 
 
 		 644 aa  169  1e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.345049  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01214  sensor histidine kinase  34.4 
 
 		 450 aa  165  2.0000000000000002e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.699466  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4005  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.43 
 
 		 545 aa  163  7e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000706341 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2082  Signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system-like protein  35.47 
 
 		 436 aa  163  9e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0339315  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4414  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.1 
 
 		 506 aa  162  2e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1706  histidine kinase  32.52 
 
 		 444 aa  159  1e-37  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4148  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.89 
 
 		 546 aa  157  3e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.621708 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2389  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.42 
 
 		 919 aa  157  6e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0121364  normal  0.244998 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0498  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.34 
 
 		 399 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1781  signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system-like protein  31.43 
 
 		 454 aa  155  2.9999999999999998e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000350892  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3249  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.02 
 
 		 546 aa  153  8e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.632077 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3335  histidine kinase  30.53 
 
 		 464 aa  152  2e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4189  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.89 
 
 		 699 aa  152  2e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0736  ATPase domain-containing protein  29.08 
 
 		 543 aa  151  3e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000490957 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1489  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.39 
 
 		 729 aa  150  5e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00567966 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3225  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.17 
 
 		 543 aa  146  9e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000746218 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0764  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.17 
 
 		 543 aa  146  9e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.757334  hitchhiker  0.000343256 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3894  sensor histidine kinase  29.54 
 
 		 543 aa  146  1e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0779  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.77 
 
 		 548 aa  143  9e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0612019  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5659  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.66 
 
 		 680 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0505  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.97 
 
 		 530 aa  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.903517  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3646  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.38 
 
 		 522 aa  139  1e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00328327  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0792  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.63 
 
 		 543 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>