More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_2488 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_2488  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 354 aa  700    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.386498  normal  0.835222 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0732  DNA repair protein RadC  45.76 
 
 		 243 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2898  DNA repair protein RadC  40.59 
 
 		 241 aa  131  1.0000000000000001e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.80937  normal  0.341172 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1909  DNA repair protein RadC  39.01 
 
 		 249 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1283  DNA repair protein RadC  39.01 
 
 		 249 aa  129  7.000000000000001e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0949779  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1246  DNA repair protein RadC  39.01 
 
 		 246 aa  129  9.000000000000001e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.114408  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2077  DNA repair protein RadC  39.56 
 
 		 238 aa  125  1e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0008  DNA repair protein RadC  41.01 
 
 		 258 aa  124  2e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0728991  normal  0.408285 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6762  DNA repair protein RadC  41.76 
 
 		 247 aa  124  3e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00351119  normal  0.181603 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7509  DNA repair protein RadC  41.18 
 
 		 242 aa  122  7e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1070  DNA repair protein RadC  38.92 
 
 		 272 aa  120  3.9999999999999996e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0324215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1459  DNA repair protein RadC  39.08 
 
 		 260 aa  120  4.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.734795  hitchhiker  0.00198862 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0575  DNA repair protein RadC  38.24 
 
 		 242 aa  119  7e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0700  DNA repair protein RadC  37.93 
 
 		 250 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0335  DNA repair protein RadC  37.5 
 
 		 236 aa  117  3e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.75672 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0152  DNA repair protein RadC  38.07 
 
 		 239 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1709  DNA repair protein RadC  35.63 
 
 		 275 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.537978 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2270  DNA repair protein RadC  36.72 
 
 		 278 aa  117  3.9999999999999997e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0585  DNA repair protein RadC  40.59 
 
 		 248 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.489804  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0389  DNA repair protein RadC  37.65 
 
 		 239 aa  116  5e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.741641  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4476  DNA repair protein RadC  41.21 
 
 		 230 aa  116  6e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.352364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2304  DNA repair protein RadC  39.89 
 
 		 263 aa  116  6e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.138327  normal  0.0504467 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1454  DNA repair protein RadC  36.21 
 
 		 251 aa  116  6.9999999999999995e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.327679  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2599  DNA repair protein RadC  37.06 
 
 		 230 aa  115  8.999999999999998e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.129734  normal  0.187954 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2621  DNA repair protein RadC  35.45 
 
 		 246 aa  115  8.999999999999998e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1511  DNA repair protein RadC  35.63 
 
 		 275 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5346  DNA repair protein RadC  38.79 
 
 		 253 aa  114  3e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.67199 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2163  DNA repair protein RadC  39.41 
 
 		 246 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0430  DNA repair protein RadC  36.99 
 
 		 254 aa  113  5e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0830  RadC family DNA repair protein  38.82 
 
 		 265 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0533914  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5205  DNA repair protein RadC  37.06 
 
 		 223 aa  111  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2483  DNA repair protein RadC  37.65 
 
 		 248 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.582097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2764  DNA repair protein RadC  38.42 
 
 		 261 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.803662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3721  DNA repair protein RadC  47.57 
 
 		 138 aa  109  6e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0768638  normal  0.946215 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0208  DNA repair protein RadC  38.46 
 
 		 221 aa  109  9.000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0478736 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1171  DNA repair protein RadC  37.64 
 
 		 254 aa  109  9.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3569  DNA repair protein RadC  38.42 
 
 		 254 aa  108  1e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2207  DNA repair protein RadC  37.06 
 
 		 248 aa  108  2e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.652517  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0357  DNA repair protein RadC  30.99 
 
 		 224 aa  107  3e-22  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0286  DNA repair protein RadC  36.52 
 
 		 257 aa  105  1e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.697565 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0948  DNA repair protein RadC  37.65 
 
 		 244 aa  105  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.455823  normal  0.486956 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0229  DNA repair protein RadC  31.64 
 
 		 236 aa  104  2e-21  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0416143  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0363  DNA repair protein RadC  32.18 
 
 		 230 aa  104  2e-21  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1493  DNA repair protein RadC  43.88 
 
 		 255 aa  103  5e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1733  DNA repair protein RadC  33.33 
 
 		 239 aa  103  5e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.112707  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2712  DNA repair protein RadC  35.33 
 
 		 224 aa  103  5e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0649  DNA repair protein RadC  31.03 
 
 		 230 aa  102  1e-20  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0301917  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2833  DNA repair protein RadC  40.54 
 
 		 223 aa  102  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2322  DNA repair protein RadC  32.41 
 
 		 224 aa  102  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0102136 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1043  DNA repair protein RadC  36.75 
 
 		 226 aa  101  2e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.193077 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1311  DNA repair protein RadC  34.97 
 
 		 245 aa  100  3e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0720  DNA repair protein RadC  34.27 
 
 		 273 aa  100  5e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.309189  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2935  DNA repair protein RadC  43.59 
 
 		 227 aa  99.8  7e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.144285  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2347  DNA repair protein RadC  42.48 
 
 		 169 aa  98.2  2e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00287634  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3339  DNA repair protein RadC  34.91 
 
 		 224 aa  97.4  3e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0155907  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0315  DNA repair protein RadC  32.2 
 
 		 224 aa  96.7  5e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.220116  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3359  DNA repair protein RadC  38.52 
 
 		 158 aa  96.7  6e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4033  DNA repair protein RadC  35.47 
 
 		 225 aa  96.3  8e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0281  DNA repair protein RadC  39.18 
 
 		 234 aa  95.9  9e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.257156  normal  0.0922067 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0735  DNA repair protein RadC  26.7 
 
 		 227 aa  95.9  1e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3450  DNA repair protein RadC  36.81 
 
 		 238 aa  95.1  1e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.268052  normal  0.632907 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2777  DNA repair protein RadC  36.2 
 
 		 238 aa  94.4  2e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5539  DNA repair protein RadC  34.48 
 
 		 224 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0675  DNA repair protein RadC  34.25 
 
 		 253 aa  94.4  2e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.461756  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3773  DNA repair protein RadC  44.86 
 
 		 237 aa  95.1  2e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2376  DNA repair protein RadC  35.29 
 
 		 232 aa  94.4  3e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000665213  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2732  DNA repair protein RadC  43.75 
 
 		 228 aa  94  3e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1904  DNA repair protein RadC  47.52 
 
 		 226 aa  94  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000968261 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3582  DNA repair protein RadC  33.12 
 
 		 229 aa  94.4  3e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2444  DNA repair protein RadC  32.26 
 
 		 224 aa  94  4e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.418589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1383  putative DNA repair protein RadC  43 
 
 		 158 aa  94  4e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1252  DNA repair protein RadC  40.71 
 
 		 169 aa  93.6  5e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0624  DNA repair protein RadC  31.22 
 
 		 224 aa  93.2  6e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000507049 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0585  DNA repair protein RadC  33.53 
 
 		 242 aa  93.2  6e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.92591 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3252  DNA repair protein RadC  35.48 
 
 		 234 aa  93.2  7e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2620  hypothetical protein  36.57 
 
 		 169 aa  92.8  8e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.521517 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1428  DNA repair protein RadC  32.35 
 
 		 228 aa  92.8  8e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00255062  normal  0.0926898 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1182  DNA repair protein RadC  42.34 
 
 		 164 aa  92.8  8e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1273  DNA repair protein RadC  41.07 
 
 		 168 aa  92.8  9e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02919  DNA repair protein RadC  36.06 
 
 		 225 aa  92  1e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0917  DNA repair protein RadC  40.95 
 
 		 225 aa  92  1e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.372898  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2135  DNA repair protein RadC  30.99 
 
 		 236 aa  92.4  1e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000438114  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0176  DNA repair protein RadC  34.53 
 
 		 225 aa  92.4  1e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.260187  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1658  hypothetical protein  40.71 
 
 		 169 aa  92.4  1e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00985169  normal  0.385856 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1235  DNA repair protein RadC  38.14 
 
 		 222 aa  92  1e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001836  DNA repair protein RadC  44.04 
 
 		 158 aa  91.3  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14250  DNA repair protein RadC  31.76 
 
 		 228 aa  91.3  2e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000326992  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1825  DNA repair protein RadC  43.14 
 
 		 233 aa  91.3  2e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0270  DNA repair protein RadC  32.46 
 
 		 211 aa  90.9  3e-17  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1220  DNA repair protein RadC  37.29 
 
 		 215 aa  90.9  3e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3538  DNA repair protein RadC  41.96 
 
 		 169 aa  91.3  3e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3564  DNA repair protein RadC  41.38 
 
 		 224 aa  90.9  3e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.469153  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02940  DNA repair protein RadC  42.86 
 
 		 224 aa  90.5  4e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0492  DNA repair protein RadC  41.35 
 
 		 167 aa  90.5  4e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3148  DNA repair protein RadC  39.29 
 
 		 259 aa  90.1  5e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.886628  normal  0.925448 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1465  DNA repair protein RadC  31.61 
 
 		 222 aa  90.1  5e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1412  DNA repair protein RadC  40.2 
 
 		 227 aa  90.1  5e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0192  DNA repair protein RadC  33.33 
 
 		 224 aa  90.1  5e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000306509  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1254  DNA repair protein RadC  33.81 
 
 		 225 aa  90.1  5e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.700963  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2636  DNA repair protein RadC  39.82 
 
 		 168 aa  90.1  6e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0606643 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>