More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3874 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3874  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 323 aa  672    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4020  LysR family transcriptional regulator  68.42 
 
 		 324 aa  495  1e-139  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 306 aa  91.7  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 318 aa  88.6  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0420  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 309 aa  88.2  2e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3666  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 326 aa  87  4e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0496532  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 345 aa  86.3  6e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 320 aa  86.3  7e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 320 aa  86.3  7e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 314 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 301 aa  83.2  0.000000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2445  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  27.83 
 
 		 308 aa  82  0.00000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.333927  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 318 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 314 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 319 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 314 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 330 aa  80.5  0.00000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2704  transcriptional regulator, LysR family  27.09 
 
 		 323 aa  80.5  0.00000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.613515 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 323 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 323 aa  80.1  0.00000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2551  LysR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 314 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  decreased coverage  0.00635729 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  25.57 
 
 		 300 aa  79.7  0.00000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  28.87 
 
 		 323 aa  79.7  0.00000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2072  LysR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 305 aa  79.7  0.00000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0341772  normal  0.872543 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 319 aa  79.7  0.00000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1903  LysR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 305 aa  79.7  0.00000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2454  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 342 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00089328  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 300 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 322 aa  79.3  0.00000000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 300 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3164  LysR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 314 aa  79.3  0.00000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 321 aa  79.3  0.00000000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 334 aa  79  0.00000000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  24.88 
 
 		 299 aa  79  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06240  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 308 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.144211  normal  0.0778984 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4889  LysR family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 309 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 320 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0311  LysR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 322 aa  79  0.0000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 323 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2319  LysR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 310 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.253365  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 319 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  26.61 
 
 		 309 aa  77.4  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0243  LysR family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 321 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  26.39 
 
 		 317 aa  77.4  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2448  transcriptional regulator, LysR family  23.05 
 
 		 325 aa  77.4  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3988  putative transcriptional regulator SyrB  25.35 
 
 		 301 aa  77  0.0000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.859636  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5736  LysR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 308 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.401426  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 317 aa  77  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 301 aa  77  0.0000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0583  putative transcriptional regulator  29.41 
 
 		 321 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  25.54 
 
 		 314 aa  77  0.0000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1247  transcriptional regulator, LysR family protein  27.72 
 
 		 318 aa  77  0.0000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000283  transcriptional regulator  25.6 
 
 		 295 aa  76.6  0.0000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3428  LysR family transcriptional regulator  23.27 
 
 		 303 aa  76.6  0.0000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000186024  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2551  LysR family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 320 aa  76.3  0.0000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2055  transcriptional regulator, LysR family  23.36 
 
 		 325 aa  76.3  0.0000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2243  transcription regulator protein  22.54 
 
 		 326 aa  75.9  0.0000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.145641  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  27.03 
 
 		 314 aa  75.9  0.0000000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1735  LysR family transcriptional regulator  22.83 
 
 		 297 aa  75.9  0.0000000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.73522  normal  0.158282 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 321 aa  75.9  0.0000000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 323 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3969  LysR family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 321 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  25.73 
 
 		 322 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  22.26 
 
 		 315 aa  74.7  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  22.37 
 
 		 309 aa  74.3  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4210  LysR family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 335 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3981  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 320 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2409  LysR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 308 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0488071  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000892  transcriptional regulators LysR family  22.95 
 
 		 304 aa  74.7  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1797  LysR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 308 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.764878  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3839  LysR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 322 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0912  transcriptional regulator, LysR family protein  27.01 
 
 		 318 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000235744  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0881  LysR family transcriptional regulator  24.89 
 
 		 306 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.995576 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2413  LysR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 307 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00812709 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  23.74 
 
 		 314 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3766  LysR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 322 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 309 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3964  LysR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 322 aa  73.9  0.000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  29.78 
 
 		 326 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3657  LysR family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 320 aa  73.6  0.000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0288  LysR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 320 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1921  transcriptional regulator, LysR family  26.07 
 
 		 315 aa  73.2  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.84327 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 313 aa  73.6  0.000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 306 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1917  LysR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 310 aa  73.2  0.000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000018485  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  25.26 
 
 		 316 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  22.78 
 
 		 432 aa  72.8  0.000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2245  transcriptional regulator, LysR family  26.07 
 
 		 315 aa  72.8  0.000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1325  LysR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 294 aa  72.8  0.000000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.138863  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  22.96 
 
 		 307 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 313 aa  72  0.00000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2677  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 314 aa  72  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.297592  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 314 aa  72  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5290  LysR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 327 aa  72  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 311 aa  72  0.00000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 311 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  25.27 
 
 		 316 aa  72  0.00000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  25.29 
 
 		 311 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0342  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 335 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  27.88 
 
 		 309 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>