More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3306 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3306  sensor histidine kinase  100 
 
 		 1171 aa  2408    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0699  signal transduction histidine kinase  32.83 
 
 		 744 aa  160  1e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.324444  normal  0.102548 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2832  ATP-binding region ATPase domain protein  21.29 
 
 		 1340 aa  153  2e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0201204  hitchhiker  0.008817 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3355  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.35 
 
 		 880 aa  152  2e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0607488  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0262  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.11 
 
 		 545 aa  148  7.0000000000000006e-34  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.446369  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0291  sensor histidine kinase  37.7 
 
 		 545 aa  146  2e-33  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02398  sensor histidine kinase  34.73 
 
 		 881 aa  143  1.9999999999999998e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2922  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.31 
 
 		 883 aa  142  3e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.301068 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0939  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  29.12 
 
 		 1168 aa  142  4.999999999999999e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2060  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.65 
 
 		 1111 aa  141  6e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.749505  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4321  histidine kinase  23.08 
 
 		 1355 aa  141  7e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.295286 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1882  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  33.96 
 
 		 854 aa  140  1e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0505  response regulator receiver  21.59 
 
 		 1334 aa  140  2e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0265  sensor histidine kinase  32.63 
 
 		 697 aa  139  3.0000000000000003e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0921  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  29.18 
 
 		 1169 aa  139  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.306622  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01690  histidine kinase-response regulator hybrid protein  26.83 
 
 		 1191 aa  139  3.0000000000000003e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0274  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  28.97 
 
 		 1169 aa  139  4e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.41273  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0523  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  31.31 
 
 		 1179 aa  138  5e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.183484 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002203  sensor histidine kinase  30.71 
 
 		 1055 aa  137  9.999999999999999e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00164  sensor histidine kinase  31 
 
 		 1177 aa  137  9.999999999999999e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0523  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.75 
 
 		 1145 aa  136  3e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1703  histidine kinase  22.95 
 
 		 1346 aa  136  3e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3605  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  27.59 
 
 		 610 aa  135  5e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.796778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38970  putative two-component sensor  35.5 
 
 		 881 aa  135  6e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.687207  normal  0.985828 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0898  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.46 
 
 		 1172 aa  134  7.999999999999999e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.149338  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4823  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  29.85 
 
 		 1169 aa  134  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3978  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.38 
 
 		 1152 aa  134  1.0000000000000001e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.508831  normal  0.169335 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1985  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.39 
 
 		 1138 aa  133  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01692  histidine kinase-response regulator hybrid protein  24.73 
 
 		 921 aa  132  3e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.803557  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7668  GAF sensor hybrid histidine kinase  28.18 
 
 		 571 aa  131  7.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.836623 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3319  putative two-component sensor  34.8 
 
 		 868 aa  131  9.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1871  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.13 
 
 		 856 aa  130  1.0000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35230  integral membrane sensor hybrid histidine protein kinase  28.85 
 
 		 1161 aa  130  2.0000000000000002e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.234785  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2571  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  29.62 
 
 		 634 aa  130  2.0000000000000002e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0964097 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1660  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  29.68 
 
 		 1156 aa  130  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0486727  normal  0.0112915 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0869  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.68 
 
 		 1316 aa  130  2.0000000000000002e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0225926  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0554  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  33.45 
 
 		 675 aa  129  2.0000000000000002e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.71067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2352  histidine kinase  29.75 
 
 		 441 aa  130  2.0000000000000002e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3460  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.25 
 
 		 1175 aa  129  3e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.549126 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2327  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  28.65 
 
 		 591 aa  129  4.0000000000000003e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000693405 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3041  histidine kinase  26.91 
 
 		 1175 aa  128  5e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.551193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2038  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  32.69 
 
 		 653 aa  128  5e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3284  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.12 
 
 		 1168 aa  129  5e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.431447 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0663  multi-sensor hybrid histidine kinase  31 
 
 		 1172 aa  129  5e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.564919 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2537  fused sensor protein/response regulator  35.23 
 
 		 842 aa  128  5e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2019  histidine kinase  21.67 
 
 		 1316 aa  128  7e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523526  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0837  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  28.12 
 
 		 1168 aa  128  7e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.303418 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02752  two-component system sensor protein  32.55 
 
 		 1150 aa  127  9e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00719  Multidomain protein contains Na+/proline symporter PutP-like domain, sensory histidine kinase and receiver domain  27.7 
 
 		 1147 aa  127  9e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3169  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.63 
 
 		 1168 aa  127  9e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0508  histidine kinase  27.21 
 
 		 663 aa  127  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.217821  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0467  sensor histidine kinase  29.77 
 
 		 758 aa  127  1e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0860  putative two-component hybrid sensor histidine kinase and response regulator  29.7 
 
 		 1169 aa  126  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0827695 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2246  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.39 
 
 		 854 aa  126  3e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00766594  normal  0.0928411 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2829  membrane associated response regulator, histidine kinase  29.77 
 
 		 1148 aa  126  3e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5189  Signal transduction histidine kinase  29.28 
 
 		 539 aa  125  3e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590136  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0667  response regulator receiver domain-containing protein  25.05 
 
 		 1526 aa  126  3e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0280955  hitchhiker  0.000000898802 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0792  histidine kinase  21.64 
 
 		 1378 aa  126  3e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.134077 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2664  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.22 
 
 		 655 aa  125  4e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.215528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4564  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  27.86 
 
 		 1169 aa  125  4e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.519353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2698  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  28.53 
 
 		 595 aa  125  4e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.155122 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2695  sensor histidine kinase  31.62 
 
 		 1147 aa  124  9.999999999999999e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0340  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  28.46 
 
 		 816 aa  124  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1424  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.76 
 
 		 1152 aa  124  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.68675 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01691  histidine kinase/response regulator hybrid protein  27.67 
 
 		 1185 aa  123  1.9999999999999998e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.578363  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1250  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  28.16 
 
 		 1158 aa  123  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0252543 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2172  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.82 
 
 		 645 aa  123  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3139  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  28.8 
 
 		 1161 aa  122  3e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.305564 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3952  histidine kinase  28.02 
 
 		 747 aa  122  3e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4025  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  28.57 
 
 		 1159 aa  123  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0792472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3543  Hpt sensor hybrid histidine kinase  25.18 
 
 		 1498 aa  122  3e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.476146  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21700  putative two-component sensor  30.51 
 
 		 1159 aa  122  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1754  histidine kinase  22.11 
 
 		 1407 aa  122  3.9999999999999996e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2683  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.85 
 
 		 567 aa  122  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.259535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1850  putative two-component sensor  30.51 
 
 		 1159 aa  122  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460329  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0252  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.14 
 
 		 1174 aa  121  6e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.854881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2939  histidine kinase  34.75 
 
 		 447 aa  121  7.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.012617 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0409  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.85 
 
 		 1171 aa  121  9e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1695  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  28.33 
 
 		 1159 aa  120  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.948496  normal  0.574545 
 
 
-
 
NC_004310  BR0316  sensor histidine kinase/response regulator  28.22 
 
 		 1174 aa  121  9.999999999999999e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3900  sensory box histidine kinase/response regulator  30.23 
 
 		 1157 aa  120  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3042  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  25 
 
 		 1181 aa  120  9.999999999999999e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.227036  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3079  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.74 
 
 		 556 aa  120  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3120  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.09 
 
 		 554 aa  120  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0189072  normal  0.493238 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0620  two component sensor kinase/response regulator hybrid  31.32 
 
 		 1169 aa  120  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1526  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.74 
 
 		 733 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0396333  normal  0.047905 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3139  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.22 
 
 		 635 aa  120  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2880  signal transduction histidine kinase  26.74 
 
 		 733 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2852  histidine kinase  20.46 
 
 		 1342 aa  119  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0012841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4538  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.6 
 
 		 1172 aa  120  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5389  histidine kinase  21.97 
 
 		 1414 aa  120  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.157534 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0090  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  31.91 
 
 		 1163 aa  119  1.9999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2426  Hpt sensor hybrid histidine kinase  26.68 
 
 		 827 aa  119  3e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3253  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  29.55 
 
 		 545 aa  119  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.175641 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3356  histidine kinase  28.53 
 
 		 633 aa  119  3.9999999999999997e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1292  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  28.09 
 
 		 1159 aa  118  6e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0372313  normal  0.867611 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3717  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  30.9 
 
 		 663 aa  118  6.9999999999999995e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.143813 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0992  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  26.43 
 
 		 662 aa  118  7.999999999999999e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0688  histidine kinase/response regulator hybrid protein  25 
 
 		 1179 aa  117  8.999999999999998e-25  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1140  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.51 
 
 		 733 aa  117  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>