More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3372 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A3372  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  100 
 
 
203 aa  414  9.999999999999999e-116  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.212963  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0026  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50 
 
 
178 aa  177  7e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3896  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.36 
 
 
152 aa  122  4e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01575  hypothetical protein  38.57 
 
 
153 aa  115  5e-25  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_88222  predicted protein  30.77 
 
 
311 aa  89  5e-17  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.0289002 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01885  putative cold-shock RNA methyltransferase  31.88 
 
 
182 aa  81.6  0.000000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2330  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.54 
 
 
162 aa  81.3  0.000000000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.18358  hitchhiker  0.00000314878 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3116  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.86 
 
 
164 aa  79.7  0.00000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2233  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.06 
 
 
198 aa  78.6  0.00000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.237391  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3916  hypothetical protein  31.47 
 
 
165 aa  75.5  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.919251  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1569  hypothetical protein  31.47 
 
 
166 aa  75.5  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.702393  hitchhiker  0.00445287 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1395  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.41 
 
 
178 aa  75.1  0.0000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.502759  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4108  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.03 
 
 
156 aa  73.6  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1304  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.03 
 
 
156 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3418  hypothetical protein  31.16 
 
 
177 aa  73.9  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0544122 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4585  RNA methyltransferase  30.34 
 
 
156 aa  72.4  0.000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0754  rRNA methylase (SpoU_methylase)  30.94 
 
 
171 aa  71.6  0.000000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1287  putative RNA methyltransferase  26.95 
 
 
152 aa  70.1  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000276682  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1642  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.14 
 
 
177 aa  68.9  0.00000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00428557  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1420  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.03 
 
 
202 aa  68.2  0.00000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0134713  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1485  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.03 
 
 
202 aa  68.2  0.00000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0129545  normal  0.548122 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1473  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.03 
 
 
202 aa  68.2  0.00000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.137824  normal  0.253583 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3075  RNA methyltransferase  30.71 
 
 
203 aa  67.4  0.0000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2584  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.05 
 
 
174 aa  67.4  0.0000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07014  23S rRNA methyltransferase  31.88 
 
 
175 aa  67.4  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0418  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.56 
 
 
223 aa  67.4  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2801  RNA methyltransferase TrmH, group 3  38.57 
 
 
260 aa  66.6  0.0000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.785043 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1568  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.67 
 
 
176 aa  67  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000175269 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04731  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.39 
 
 
223 aa  66.6  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.0125765  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_04421  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.39 
 
 
223 aa  65.5  0.0000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.961343  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3894  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.89 
 
 
133 aa  64.7  0.0000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3055  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.87 
 
 
236 aa  62.8  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.915806  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0567  putative rRNA methylase  31.43 
 
 
170 aa  63.2  0.000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.96226  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2842  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.5 
 
 
254 aa  62.8  0.000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.002241  decreased coverage  0.0000781436 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1611  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.5 
 
 
249 aa  62.4  0.000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00050624  normal  0.825884 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2748  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.41 
 
 
254 aa  62.4  0.000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.20465  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2412  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.28 
 
 
174 aa  62.4  0.000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0294882  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2765  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.16 
 
 
241 aa  61.6  0.000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000737812  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2719  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.79 
 
 
175 aa  61.2  0.000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.159423 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04831  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25.6 
 
 
224 aa  61.2  0.000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0082  RNA methyltransferase  32.41 
 
 
276 aa  60.8  0.00000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2787  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.31 
 
 
261 aa  60.5  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2663  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.19 
 
 
180 aa  59.7  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.299064  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2447  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.73 
 
 
257 aa  60.5  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000932167  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3013  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.33 
 
 
177 aa  59.7  0.00000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0108117  normal  0.339909 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2571  RNA methyltransferase  33.57 
 
 
263 aa  58.9  0.00000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.387243  hitchhiker  0.000000145169 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1381  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.77 
 
 
181 aa  59.3  0.00000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1541  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.37 
 
 
200 aa  58.5  0.00000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.145291  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4113  RNA methyltransferase  25.17 
 
 
194 aa  57.8  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3496  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  28.47 
 
 
234 aa  57.4  0.0000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000329165 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0262  RNA methyltransferase  28.57 
 
 
243 aa  56.6  0.0000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000000295307  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04781  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.57 
 
 
229 aa  56.6  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.4365  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03770  rRNA methylase, putative, group 3  28.86 
 
 
323 aa  56.6  0.0000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.1456 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1756  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.87 
 
 
229 aa  55.8  0.0000004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3143  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.72 
 
 
283 aa  56.2  0.0000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.343302  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1374  RNA methyltransferase  29.08 
 
 
274 aa  55.8  0.0000004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1559  RNA methyltransferase  32.35 
 
 
281 aa  55.1  0.0000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12965  normal  0.228384 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2375  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.2 
 
 
186 aa  55.1  0.0000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00412579  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2254  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.41 
 
 
279 aa  54.7  0.0000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1799  tRNA/rRNA methyltransferase SpoU  32.54 
 
 
184 aa  54.7  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.823319  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1528  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25.5 
 
 
220 aa  54.3  0.000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.16942  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3859  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  26.06 
 
 
267 aa  54.3  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.119823  normal  0.0729978 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3826  RNA methyltransferase  32.09 
 
 
265 aa  54.3  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11883  spoU protein (spoU)  27.89 
 
 
238 aa  54.7  0.000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0086  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  27.97 
 
 
244 aa  54.7  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0848  RNA methyltransferase  27.97 
 
 
247 aa  53.9  0.000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000264025  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5505  putative tRNA/rRNA methyltransferase  31.29 
 
 
186 aa  53.9  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.121467  normal  0.0712484 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1097  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.71 
 
 
180 aa  53.1  0.000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.734552  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0379  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  31.61 
 
 
268 aa  53.1  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2239  tRNA/rRNA metyltransferase  36.36 
 
 
261 aa  52.8  0.000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.695793  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0221  RNA methyltransferase  29.85 
 
 
226 aa  53.1  0.000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2517  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.71 
 
 
266 aa  52.8  0.000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0351  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  24.82 
 
 
250 aa  53.1  0.000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0914  RNA methyltransferase  36.36 
 
 
261 aa  52.8  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.106416 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3469  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU) family protein  26.28 
 
 
161 aa  52.8  0.000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.029361 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1614  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.62 
 
 
272 aa  52.8  0.000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.329704  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1942  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.77 
 
 
221 aa  52.8  0.000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0337713  normal  0.0831069 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1616  RNA methyltransferase TrmH, group 3  29.25 
 
 
248 aa  52.4  0.000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.439996 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5009  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.71 
 
 
220 aa  52.4  0.000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3458  RNA methyltransferase  30.56 
 
 
252 aa  52.4  0.000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0336691 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04211  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.22 
 
 
229 aa  52.4  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05470  rRNA methylase  28.86 
 
 
286 aa  52  0.000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15801  rRNA methylase  29.66 
 
 
536 aa  52  0.000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0784  RNA methyltransferase  29.41 
 
 
180 aa  52  0.000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.632748  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1684  tRNA/rRNA methyltransferase  30.95 
 
 
184 aa  51.6  0.000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1254  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.21 
 
 
284 aa  51.6  0.000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2119  RNA methyltransferase TrmH, group 3  30.28 
 
 
519 aa  51.6  0.000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.383182 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1304  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.77 
 
 
223 aa  51.6  0.000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.357101  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03508  tRNA (Guanosine-2'-O-)-methyltransferase  26.62 
 
 
229 aa  51.2  0.000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0054  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  26.62 
 
 
229 aa  51.2  0.000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0060  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  26.62 
 
 
229 aa  51.2  0.000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000232977 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4102  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  26.62 
 
 
229 aa  51.2  0.000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4154  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  26.62 
 
 
229 aa  51.2  0.000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5023  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  26.62 
 
 
229 aa  51.2  0.000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3951  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  27.34 
 
 
230 aa  51.2  0.000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.545722  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3862  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  26.62 
 
 
229 aa  51.2  0.000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03460  hypothetical protein  26.62 
 
 
229 aa  51.2  0.000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1912  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.77 
 
 
161 aa  50.8  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518038  normal  0.581509 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28928  predicted protein  26.28 
 
 
207 aa  51.2  0.00001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.145159  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01360  rRNA methylase  27.03 
 
 
284 aa  50.8  0.00001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.591406  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>