57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_3116 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_3116  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  100 
 
 		 164 aa  344  3e-94  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1395  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  72.34 
 
 		 178 aa  230  6e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.502759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1569  hypothetical protein  70.21 
 
 		 166 aa  227  6e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.702393  hitchhiker  0.00445287 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3916  hypothetical protein  70.21 
 
 		 165 aa  226  7e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.919251  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4585  RNA methyltransferase  70.92 
 
 		 156 aa  226  7e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4108  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  70.92 
 
 		 156 aa  226  1e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1304  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  70.21 
 
 		 156 aa  224  4e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1287  putative RNA methyltransferase  68.31 
 
 		 152 aa  219  9.999999999999999e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000276682  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3894  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  70.73 
 
 		 133 aa  196  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01885  putative cold-shock RNA methyltransferase  51.23 
 
 		 182 aa  180  9.000000000000001e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3075  RNA methyltransferase  50.92 
 
 		 203 aa  162  1.0000000000000001e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3418  hypothetical protein  53.28 
 
 		 177 aa  161  3e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0544122 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1642  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.32 
 
 		 177 aa  159  2e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00428557  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2233  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.01 
 
 		 198 aa  158  3e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.237391  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1473  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.11 
 
 		 202 aa  157  4e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.137824  normal  0.253583 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0567  putative rRNA methylase  52.9 
 
 		 170 aa  158  4e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.96226  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07014  23S rRNA methyltransferase  54.01 
 
 		 175 aa  157  5e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1420  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.11 
 
 		 202 aa  157  8e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0134713  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1485  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.11 
 
 		 202 aa  157  8e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0129545  normal  0.548122 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0754  rRNA methylase (SpoU_methylase)  53.62 
 
 		 171 aa  156  1e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2330  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.48 
 
 		 162 aa  155  3e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.18358  hitchhiker  0.00000314878 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2663  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.11 
 
 		 180 aa  154  5.0000000000000005e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.299064  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2584  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  49.01 
 
 		 174 aa  154  6e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2748  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.35 
 
 		 254 aa  153  1e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.20465  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1611  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.35 
 
 		 249 aa  152  1e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00050624  normal  0.825884 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2447  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.35 
 
 		 257 aa  152  2e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000932167  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1541  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.24 
 
 		 200 aa  152  2e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.145291  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2842  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.35 
 
 		 254 aa  152  2e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.002241  decreased coverage  0.0000781436 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1568  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.36 
 
 		 176 aa  151  2.9999999999999998e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000175269 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2765  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  49.65 
 
 		 241 aa  152  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000737812  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2719  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  48.95 
 
 		 175 aa  145  2.0000000000000003e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.159423 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2412  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  48.59 
 
 		 174 aa  144  4.0000000000000006e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0294882  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3013  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  48.61 
 
 		 177 aa  141  4e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0108117  normal  0.339909 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4113  RNA methyltransferase  42.17 
 
 		 194 aa  140  9.999999999999999e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0026  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.03 
 
 		 178 aa  87.4  8e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_88222  predicted protein  31.17 
 
 		 311 aa  80.1  0.00000000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0289002 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3372  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.86 
 
 		 203 aa  79.7  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.212963  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3896  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.69 
 
 		 152 aa  78.2  0.00000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01575  hypothetical protein  29.58 
 
 		 153 aa  72  0.000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0851  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  25.56 
 
 		 256 aa  48.5  0.00004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0735574  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1550  RNA methyltransferase  24.68 
 
 		 244 aa  45.8  0.0002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0671761  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0493  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.47 
 
 		 214 aa  44.7  0.0005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.490005 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0482  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.47 
 
 		 214 aa  44.7  0.0005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0471  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.47 
 
 		 214 aa  44.7  0.0006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21660  rRNA methylase  28.47 
 
 		 271 aa  44.7  0.0006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3084  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  26.81 
 
 		 234 aa  44.3  0.0007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1614  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.87 
 
 		 272 aa  43.5  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.329704  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4596  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  21.64 
 
 		 165 aa  43.9  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.362437  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5505  putative tRNA/rRNA methyltransferase  25.93 
 
 		 186 aa  43.1  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.121467  normal  0.0712484 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0183  RNA methyltransferase  26.81 
 
 		 268 aa  42.4  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0208  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  26.72 
 
 		 269 aa  42  0.004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.335988  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0125  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  26.72 
 
 		 268 aa  41.6  0.005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.903054  normal  0.365569 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6933  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  24.64 
 
 		 235 aa  41.2  0.006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3469  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU) family protein  20.47 
 
 		 161 aa  41.2  0.007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.029361 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1764  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  22.39 
 
 		 262 aa  41.2  0.007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.356011  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28928  predicted protein  20.14 
 
 		 207 aa  40.4  0.01  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.145159  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0432  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  24.52 
 
 		 152 aa  40.4  0.01  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.112018  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>