41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3894 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_3894  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  100 
 
 		 133 aa  275  1e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4108  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  96.99 
 
 		 156 aa  269  1e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4585  RNA methyltransferase  95.49 
 
 		 156 aa  267  4e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1304  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  96.24 
 
 		 156 aa  267  4e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1395  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  84.96 
 
 		 178 aa  246  9e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.502759  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3916  hypothetical protein  83.33 
 
 		 165 aa  241  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.919251  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1569  hypothetical protein  82.58 
 
 		 166 aa  240  5e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.702393  hitchhiker  0.00445287 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3116  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  70.73 
 
 		 164 aa  196  7.999999999999999e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1287  putative RNA methyltransferase  68 
 
 		 152 aa  191  2e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000276682  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01885  putative cold-shock RNA methyltransferase  60.16 
 
 		 182 aa  168  2e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3418  hypothetical protein  53.49 
 
 		 177 aa  154  4e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0544122 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2233  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  56.06 
 
 		 198 aa  152  2e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.237391  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0754  rRNA methylase (SpoU_methylase)  54.55 
 
 		 171 aa  145  2.0000000000000003e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3075  RNA methyltransferase  54.76 
 
 		 203 aa  143  6e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2584  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.14 
 
 		 174 aa  143  1e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2412  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.91 
 
 		 174 aa  141  2e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0294882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07014  23S rRNA methyltransferase  56.35 
 
 		 175 aa  140  4e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0567  putative rRNA methylase  56.45 
 
 		 170 aa  140  5e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.96226  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1568  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  47.45 
 
 		 176 aa  139  9.999999999999999e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000175269 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1473  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.97 
 
 		 202 aa  138  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.137824  normal  0.253583 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1642  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.44 
 
 		 177 aa  138  1.9999999999999998e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00428557  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1420  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.97 
 
 		 202 aa  137  3e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0134713  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1485  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.97 
 
 		 202 aa  137  3e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0129545  normal  0.548122 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2663  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.54 
 
 		 180 aa  137  7e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.299064  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1541  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  49.64 
 
 		 200 aa  135  2e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.145291  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2748  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.78 
 
 		 254 aa  134  5e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.20465  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1611  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.78 
 
 		 249 aa  134  6.0000000000000005e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00050624  normal  0.825884 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2842  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.78 
 
 		 254 aa  133  7.000000000000001e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.002241  decreased coverage  0.0000781436 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2765  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.18 
 
 		 241 aa  133  8e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000737812  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2447  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.78 
 
 		 257 aa  133  8e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000932167  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2330  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.28 
 
 		 162 aa  132  1.9999999999999998e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.18358  hitchhiker  0.00000314878 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2719  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.56 
 
 		 175 aa  132  1.9999999999999998e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.159423 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4113  RNA methyltransferase  47.83 
 
 		 194 aa  129  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3013  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.18 
 
 		 177 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0108117  normal  0.339909 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0026  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.5 
 
 		 178 aa  72.4  0.000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3372  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.89 
 
 		 203 aa  64.7  0.0000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.212963  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_88222  predicted protein  32 
 
 		 311 aa  62.4  0.000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0289002 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3896  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.15 
 
 		 152 aa  61.6  0.000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01575  hypothetical protein  30.58 
 
 		 153 aa  56.2  0.0000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3823  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.21 
 
 		 261 aa  41.6  0.004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0827889  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1443  RNA methyltransferase  30 
 
 		 258 aa  41.2  0.005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>