63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2412 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2412  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  100 
 
 		 174 aa  358  2e-98  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0294882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2584  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  71.1 
 
 		 174 aa  258  3e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1642  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  71.76 
 
 		 177 aa  249  2e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00428557  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1541  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  68.82 
 
 		 200 aa  241  3.9999999999999997e-63  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.145291  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3013  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  71.26 
 
 		 177 aa  238  2.9999999999999997e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0108117  normal  0.339909 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2748  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  65.36 
 
 		 254 aa  238  5e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.20465  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1611  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  65.36 
 
 		 249 aa  237  6.999999999999999e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00050624  normal  0.825884 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2842  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  65.36 
 
 		 254 aa  236  9e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.002241  decreased coverage  0.0000781436 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1473  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  65.91 
 
 		 202 aa  232  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.137824  normal  0.253583 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2663  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  68.05 
 
 		 180 aa  232  2.0000000000000002e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.299064  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1485  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  67.61 
 
 		 202 aa  232  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0129545  normal  0.548122 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1420  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  67.61 
 
 		 202 aa  232  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0134713  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2765  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  62.16 
 
 		 241 aa  230  7.000000000000001e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000737812  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2447  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  62.03 
 
 		 257 aa  229  1e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000932167  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3075  RNA methyltransferase  64.2 
 
 		 203 aa  226  9e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1568  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  59.77 
 
 		 176 aa  218  3e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000175269 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3418  hypothetical protein  58.76 
 
 		 177 aa  215  2.9999999999999998e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0544122 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2719  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  59.09 
 
 		 175 aa  215  2.9999999999999998e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.159423 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0754  rRNA methylase (SpoU_methylase)  60.59 
 
 		 171 aa  214  5e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4113  RNA methyltransferase  57.38 
 
 		 194 aa  212  2.9999999999999995e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0567  putative rRNA methylase  56.25 
 
 		 170 aa  195  2.0000000000000003e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.96226  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01885  putative cold-shock RNA methyltransferase  53.89 
 
 		 182 aa  191  4e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07014  23S rRNA methyltransferase  56.32 
 
 		 175 aa  188  2.9999999999999997e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2233  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.89 
 
 		 198 aa  177  9e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.237391  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3916  hypothetical protein  56.29 
 
 		 165 aa  173  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.919251  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1569  hypothetical protein  55.63 
 
 		 166 aa  171  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.702393  hitchhiker  0.00445287 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1287  putative RNA methyltransferase  55.1 
 
 		 152 aa  170  1e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000276682  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1395  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.63 
 
 		 178 aa  169  1e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.502759  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4108  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.3 
 
 		 156 aa  165  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1304  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.3 
 
 		 156 aa  164  5e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4585  RNA methyltransferase  53.64 
 
 		 156 aa  163  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3116  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  48.59 
 
 		 164 aa  144  4.0000000000000006e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3894  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.91 
 
 		 133 aa  141  4e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2330  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.62 
 
 		 162 aa  136  2e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.18358  hitchhiker  0.00000314878 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0026  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.5 
 
 		 178 aa  75.9  0.0000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3896  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.99 
 
 		 152 aa  72.4  0.000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01575  hypothetical protein  29.58 
 
 		 153 aa  67.8  0.00000000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3372  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.28 
 
 		 203 aa  62.4  0.000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.212963  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_88222  predicted protein  27.08 
 
 		 311 aa  58.9  0.00000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0289002 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2423  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  24.8 
 
 		 254 aa  49.7  0.00002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.217183 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1208  rRNA methylase  34.55 
 
 		 282 aa  47.4  0.0001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0006  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  21.43 
 
 		 180 aa  44.7  0.0007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.124143  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3641  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25.6 
 
 		 222 aa  44.3  0.0008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.89326 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0678  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  24.19 
 
 		 207 aa  43.5  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.435122  normal  0.171519 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0242  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.45 
 
 		 215 aa  43.9  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1799  tRNA/rRNA methyltransferase SpoU  25.81 
 
 		 184 aa  43.5  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.823319  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3982  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.78 
 
 		 213 aa  43.5  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.549052  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0482  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.16 
 
 		 214 aa  42.7  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5505  putative tRNA/rRNA methyltransferase  25.34 
 
 		 186 aa  43.5  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.121467  normal  0.0712484 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0099  RNA methyltransferase, TrmH family  26.67 
 
 		 268 aa  43.1  0.002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.167605 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35250  rRNA methylase  24.6 
 
 		 237 aa  43.1  0.002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.925094 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0493  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.16 
 
 		 214 aa  42.7  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.490005 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5480  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.75 
 
 		 272 aa  42.4  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.666691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0471  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.18 
 
 		 214 aa  42  0.004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0733  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.4 
 
 		 207 aa  42  0.004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.329217 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1495  RNA methyltransferase  24.82 
 
 		 159 aa  42  0.005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1546  RNA methyltransferase  24.82 
 
 		 159 aa  42  0.005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1340  RNA methyltransferase  26.8 
 
 		 254 aa  42  0.005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.34341  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4797  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25.64 
 
 		 178 aa  41.2  0.008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00908011 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0715  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  24 
 
 		 205 aa  40.8  0.009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1764  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26 
 
 		 262 aa  40.8  0.009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.356011  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0491  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  23.66 
 
 		 180 aa  40.8  0.01  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1335  RNA methyltransferase  26.8 
 
 		 234 aa  40.8  0.01  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>