79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3916 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3916  hypothetical protein  100 
 
 		 165 aa  342  2e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.919251  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1569  hypothetical protein  98.18 
 
 		 166 aa  337  4e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.702393  hitchhiker  0.00445287 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1395  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  87.74 
 
 		 178 aa  293  5e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.502759  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4108  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  83.87 
 
 		 156 aa  285  2e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1304  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  83.23 
 
 		 156 aa  284  4e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4585  RNA methyltransferase  83.23 
 
 		 156 aa  283  5e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3894  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  83.33 
 
 		 133 aa  241  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3116  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  70.21 
 
 		 164 aa  226  7e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1287  putative RNA methyltransferase  69.66 
 
 		 152 aa  226  9e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000276682  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01885  putative cold-shock RNA methyltransferase  60.87 
 
 		 182 aa  190  9e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3418  hypothetical protein  56.58 
 
 		 177 aa  186  1e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0544122 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0754  rRNA methylase (SpoU_methylase)  58.55 
 
 		 171 aa  181  4.0000000000000006e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2233  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.92 
 
 		 198 aa  177  5.999999999999999e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.237391  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0567  putative rRNA methylase  57.82 
 
 		 170 aa  177  7e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.96226  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07014  23S rRNA methyltransferase  56.49 
 
 		 175 aa  177  7e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2412  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  56.29 
 
 		 174 aa  173  9.999999999999999e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0294882  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3075  RNA methyltransferase  58.16 
 
 		 203 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1568  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.88 
 
 		 176 aa  169  2e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000175269 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1473  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  57.04 
 
 		 202 aa  168  3e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.137824  normal  0.253583 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1642  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.12 
 
 		 177 aa  168  3e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00428557  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1485  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  57.04 
 
 		 202 aa  167  5e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0129545  normal  0.548122 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1420  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  57.04 
 
 		 202 aa  167  5e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0134713  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2584  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.56 
 
 		 174 aa  166  2e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3013  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  57.43 
 
 		 177 aa  165  2e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0108117  normal  0.339909 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2663  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.26 
 
 		 180 aa  164  5.9999999999999996e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.299064  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2748  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.31 
 
 		 254 aa  162  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.20465  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1541  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.28 
 
 		 200 aa  161  3e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.145291  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2765  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.67 
 
 		 241 aa  162  3e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000737812  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2842  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.62 
 
 		 254 aa  161  3e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.002241  decreased coverage  0.0000781436 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1611  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.55 
 
 		 249 aa  161  3e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00050624  normal  0.825884 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2447  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.55 
 
 		 257 aa  161  4.0000000000000004e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000932167  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4113  RNA methyltransferase  49.69 
 
 		 194 aa  159  2e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2719  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.73 
 
 		 175 aa  157  6e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.159423 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2330  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.1 
 
 		 162 aa  156  1e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.18358  hitchhiker  0.00000314878 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0026  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.11 
 
 		 178 aa  95.1  4e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3896  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.71 
 
 		 152 aa  86.7  1e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01575  hypothetical protein  33.57 
 
 		 153 aa  81.6  0.000000000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_88222  predicted protein  31.94 
 
 		 311 aa  77  0.0000000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0289002 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3372  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.47 
 
 		 203 aa  75.5  0.0000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.212963  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1323  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.85 
 
 		 266 aa  52.8  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.411274  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2042  RNA methyltransferase  29.93 
 
 		 281 aa  48.5  0.00004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000542367  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0941  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.78 
 
 		 250 aa  47.4  0.00009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1196  RNA methyltransferase  24.55 
 
 		 276 aa  46.6  0.0001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1158  RNA methyltransferase  24.55 
 
 		 291 aa  47  0.0001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.357934  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2449  tRNA/rRNA methyltransferase  26.47 
 
 		 227 aa  47  0.0001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1550  RNA methyltransferase  26.38 
 
 		 244 aa  47  0.0001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0671761  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1540  RNA methyltransferase  29.2 
 
 		 262 aa  46.2  0.0002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00191583  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35250  rRNA methylase  28.95 
 
 		 237 aa  46.6  0.0002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.925094 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2567  RNA methyltransferase  29.2 
 
 		 281 aa  46.6  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.379619  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3271  RNA methyltransferase  29.2 
 
 		 262 aa  46.2  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000000025266  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1312  RNA methyltransferase  29.2 
 
 		 262 aa  46.2  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.0000359271  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2040  RNA methyltransferase  29.2 
 
 		 262 aa  46.2  0.0002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000808188  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2421  RNA methyltransferase  29.2 
 
 		 262 aa  46.2  0.0002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000000262628  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2477  RNA methyltransferase  29.2 
 
 		 262 aa  46.2  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0109767  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1443  RNA methyltransferase  22.14 
 
 		 258 aa  45.1  0.0004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1381  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.74 
 
 		 181 aa  44.7  0.0006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1995  RNA methyltransferase  24.55 
 
 		 281 aa  43.5  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.720646  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11661  23S rRNA methyltransferase tsnR  28.47 
 
 		 260 aa  43.5  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3914  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.57 
 
 		 250 aa  43.9  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0187406  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1157  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.14 
 
 		 180 aa  43.5  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3200  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  24.43 
 
 		 278 aa  43.9  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0441  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  27.22 
 
 		 248 aa  43.5  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28928  predicted protein  22.79 
 
 		 207 aa  43.5  0.001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.145159  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1087  SpoU rRNA methylase family protein  27.14 
 
 		 184 aa  43.5  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4172  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.03 
 
 		 212 aa  43.1  0.002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.541165  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2423  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  24.19 
 
 		 254 aa  43.1  0.002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.217183 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1170  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.33 
 
 		 179 aa  43.1  0.002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000601734  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1810  tRNA/rRNA metyltransferase  25.76 
 
 		 293 aa  42.4  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0463  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.74 
 
 		 256 aa  42  0.003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.74203  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0491  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  24.83 
 
 		 180 aa  42  0.003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3982  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.23 
 
 		 213 aa  42  0.003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.549052  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0663  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33 
 
 		 214 aa  42.4  0.003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.509405 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3469  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU) family protein  23.53 
 
 		 161 aa  42  0.004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.029361 
 
 
-
 
NC_002620  TC0827  spoU rRNA methylase family protein  27.08 
 
 		 151 aa  41.2  0.007  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  hitchhiker  0.000730061  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0974  RNA methyltransferase  26.62 
 
 		 253 aa  40.8  0.007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1764  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  24.68 
 
 		 262 aa  41.2  0.007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.356011  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1155  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  29.89 
 
 		 266 aa  40.8  0.008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.043355 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4394  RNA methyltransferase  24.66 
 
 		 248 aa  40.8  0.008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.528228  normal  0.180351 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0851  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  20.69 
 
 		 256 aa  40.8  0.009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0735574  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>