99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3418 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3418  hypothetical protein  100 
 
 		 177 aa  364  1e-100  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0544122 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3013  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  65.68 
 
 		 177 aa  222  2e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0108117  normal  0.339909 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2584  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  59.66 
 
 		 174 aa  220  9.999999999999999e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2412  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  58.76 
 
 		 174 aa  215  2.9999999999999998e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0294882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1642  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  58.52 
 
 		 177 aa  215  2.9999999999999998e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00428557  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2719  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  62.07 
 
 		 175 aa  214  7e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.159423 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2748  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  58.1 
 
 		 254 aa  213  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.20465  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1568  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  60.34 
 
 		 176 aa  213  9.999999999999999e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000175269 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1611  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  58.1 
 
 		 249 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00050624  normal  0.825884 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2842  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  58.1 
 
 		 254 aa  212  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.002241  decreased coverage  0.0000781436 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3075  RNA methyltransferase  57.3 
 
 		 203 aa  212  1.9999999999999998e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0754  rRNA methylase (SpoU_methylase)  59.76 
 
 		 171 aa  209  1e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2765  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  56.76 
 
 		 241 aa  209  2e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000737812  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1485  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  57.87 
 
 		 202 aa  207  8e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0129545  normal  0.548122 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1420  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  57.87 
 
 		 202 aa  207  8e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0134713  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1541  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  59.3 
 
 		 200 aa  206  1e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.145291  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1473  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  57.3 
 
 		 202 aa  206  2e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.137824  normal  0.253583 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2447  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  56.15 
 
 		 257 aa  205  3e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000932167  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07014  23S rRNA methyltransferase  54.65 
 
 		 175 aa  198  3.9999999999999996e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2663  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  57.89 
 
 		 180 aa  197  5e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.299064  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0567  putative rRNA methylase  55.23 
 
 		 170 aa  196  1.0000000000000001e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.96226  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2233  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.49 
 
 		 198 aa  191  5e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.237391  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4113  RNA methyltransferase  51.37 
 
 		 194 aa  188  4e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3916  hypothetical protein  56.58 
 
 		 165 aa  186  1e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.919251  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1569  hypothetical protein  55.92 
 
 		 166 aa  185  3e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.702393  hitchhiker  0.00445287 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01885  putative cold-shock RNA methyltransferase  53.42 
 
 		 182 aa  181  6e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1395  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  56 
 
 		 178 aa  181  7e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.502759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1304  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.95 
 
 		 156 aa  179  1e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4585  RNA methyltransferase  53.95 
 
 		 156 aa  180  1e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4108  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.29 
 
 		 156 aa  178  4e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1287  putative RNA methyltransferase  55.17 
 
 		 152 aa  171  2.9999999999999996e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000276682  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3116  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.28 
 
 		 164 aa  161  4.0000000000000004e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3894  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.49 
 
 		 133 aa  154  7e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2330  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.52 
 
 		 162 aa  134  9e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.18358  hitchhiker  0.00000314878 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0026  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.21 
 
 		 178 aa  96.3  2e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01575  hypothetical protein  32.37 
 
 		 153 aa  90.1  2e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3896  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.81 
 
 		 152 aa  84.3  8e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_88222  predicted protein  31.21 
 
 		 311 aa  75.1  0.0000000000005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0289002 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3372  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.16 
 
 		 203 aa  73.9  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.212963  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4797  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.56 
 
 		 178 aa  55.1  0.0000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00908011 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0146  RNA methylase  29.61 
 
 		 176 aa  54.3  0.000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_002620  TC0827  spoU rRNA methylase family protein  31.37 
 
 		 151 aa  51.6  0.000005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  hitchhiker  0.000730061  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05145  putative SpoU rRNA methylase family protein  28.39 
 
 		 178 aa  50.4  0.00001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1443  RNA methyltransferase  28.89 
 
 		 258 aa  49.3  0.00003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04211  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.03 
 
 		 229 aa  48.5  0.00005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35250  rRNA methylase  29.25 
 
 		 237 aa  48.1  0.00006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.925094 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03770  rRNA methylase, putative, group 3  32.59 
 
 		 323 aa  47.8  0.00009  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.1456 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1614  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.63 
 
 		 272 aa  47.4  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.329704  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3469  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU) family protein  26.52 
 
 		 161 aa  47  0.0001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.029361 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0242  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.62 
 
 		 215 aa  47.4  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25750  rRNA methylase  25.78 
 
 		 208 aa  46.6  0.0002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3859  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  27.7 
 
 		 267 aa  45.8  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.119823  normal  0.0729978 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1721  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.14 
 
 		 178 aa  45.8  0.0003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0517  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.5 
 
 		 224 aa  45.4  0.0004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0006  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  24.18 
 
 		 180 aa  45.4  0.0004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.124143  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22400  rRNA methylase  31.33 
 
 		 280 aa  45.4  0.0004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0599  rRNA methylase  27.39 
 
 		 292 aa  45.4  0.0005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.441965  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0332  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.46 
 
 		 272 aa  45.1  0.0006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0411  RNA methyltransferase  25.17 
 
 		 249 aa  44.7  0.0006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0306  TrmH family tRNA methyltransferase  29.75 
 
 		 268 aa  44.7  0.0007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1346  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.8 
 
 		 152 aa  44.3  0.0008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.202952  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0003  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  26.32 
 
 		 250 aa  44.3  0.0008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0657  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25 
 
 		 229 aa  44.7  0.0008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2375  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  23.6 
 
 		 186 aa  44.3  0.0009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00412579  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1942  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.21 
 
 		 221 aa  44.3  0.0009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0337713  normal  0.0831069 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1203  tRNA/rRNA methyltransferase  26.95 
 
 		 151 aa  44.3  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0626663  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3914  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.3 
 
 		 250 aa  43.9  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0187406  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3982  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.45 
 
 		 213 aa  43.5  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.549052  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0573  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.03 
 
 		 272 aa  43.9  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.264618 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5505  putative tRNA/rRNA methyltransferase  26.85 
 
 		 186 aa  43.1  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.121467  normal  0.0712484 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2845  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.06 
 
 		 269 aa  43.1  0.002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.164972  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1799  tRNA/rRNA methyltransferase SpoU  26.98 
 
 		 184 aa  43.1  0.002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.823319  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0405  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  28.67 
 
 		 254 aa  43.5  0.002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0083776  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2661  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  27.41 
 
 		 256 aa  43.1  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3388  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.47 
 
 		 237 aa  43.5  0.002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2423  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25.38 
 
 		 254 aa  42.7  0.003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.217183 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2170  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  24.49 
 
 		 202 aa  42.4  0.003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.904611 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5159  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.74 
 
 		 224 aa  42.7  0.003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3641  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.48 
 
 		 222 aa  42.7  0.003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.89326 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2787  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.34 
 
 		 261 aa  42.7  0.003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11661  23S rRNA methyltransferase tsnR  27.27 
 
 		 260 aa  42.4  0.004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0387  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.41 
 
 		 242 aa  42  0.004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2721  RNA methyltransferase  26.9 
 
 		 288 aa  42  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0334114  normal  0.254549 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1616  RNA methyltransferase TrmH, group 3  25.71 
 
 		 248 aa  42  0.004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.439996 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0471  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.63 
 
 		 214 aa  41.6  0.005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0912  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  28.15 
 
 		 321 aa  42  0.005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0472746 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1327  SpoU family tRNA/rRNA methyltransferase  25.77 
 
 		 163 aa  41.6  0.005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0858796 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0974  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  25.5 
 
 		 316 aa  41.6  0.005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0793749  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0493  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.94 
 
 		 214 aa  41.6  0.006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.490005 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0153  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  23.65 
 
 		 179 aa  41.6  0.006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.62412 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1205  SpoU rRNA methylase family protein  26.17 
 
 		 182 aa  41.6  0.006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000205197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0482  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.94 
 
 		 214 aa  41.6  0.006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2067  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  28.67 
 
 		 326 aa  41.6  0.006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1004  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.4 
 
 		 188 aa  41.2  0.007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0099  RNA methyltransferase, TrmH family  26.67 
 
 		 268 aa  41.2  0.007  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.167605 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1764  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.07 
 
 		 262 aa  41.6  0.007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.356011  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13612  tRNA/rRNA methyltransferase  27.46 
 
 		 322 aa  41.2  0.008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.288349 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0735  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.41 
 
 		 148 aa  40.8  0.009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.44981 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3524  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.47 
 
 		 247 aa  40.8  0.01  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>