80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1642 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1642  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  100 
 
 		 177 aa  362  2e-99  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00428557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2584  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  82.35 
 
 		 174 aa  285  2.9999999999999996e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3013  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  76.65 
 
 		 177 aa  265  4e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0108117  normal  0.339909 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2748  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  68.33 
 
 		 254 aa  253  8e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.20465  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1541  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  71.35 
 
 		 200 aa  253  1.0000000000000001e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.145291  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1611  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  68.33 
 
 		 249 aa  253  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00050624  normal  0.825884 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2663  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  71.6 
 
 		 180 aa  252  2.0000000000000002e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.299064  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2842  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  68.33 
 
 		 254 aa  252  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.002241  decreased coverage  0.0000781436 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2412  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  71.76 
 
 		 174 aa  249  2e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0294882  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1473  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  70.79 
 
 		 202 aa  248  3e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.137824  normal  0.253583 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2765  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  65.76 
 
 		 241 aa  248  5e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000737812  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1420  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  70.79 
 
 		 202 aa  247  5e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0134713  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1485  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  70.79 
 
 		 202 aa  247  5e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0129545  normal  0.548122 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3075  RNA methyltransferase  68.54 
 
 		 203 aa  245  3e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2447  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  64.36 
 
 		 257 aa  243  6.999999999999999e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000932167  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0754  rRNA methylase (SpoU_methylase)  62.5 
 
 		 171 aa  233  1.0000000000000001e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1568  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  59.67 
 
 		 176 aa  224  3e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000175269 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2719  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  57.3 
 
 		 175 aa  215  2.9999999999999998e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.159423 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3418  hypothetical protein  58.52 
 
 		 177 aa  215  2.9999999999999998e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0544122 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4113  RNA methyltransferase  54.89 
 
 		 194 aa  208  3e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01885  putative cold-shock RNA methyltransferase  54.07 
 
 		 182 aa  194  8.000000000000001e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2233  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.55 
 
 		 198 aa  191  6e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.237391  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07014  23S rRNA methyltransferase  50.86 
 
 		 175 aa  182  2.0000000000000003e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0567  putative rRNA methylase  51.46 
 
 		 170 aa  176  1e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.96226  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1287  putative RNA methyltransferase  53.02 
 
 		 152 aa  169  1e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000276682  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3916  hypothetical protein  53.12 
 
 		 165 aa  168  3e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.919251  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1569  hypothetical protein  52.15 
 
 		 166 aa  168  4e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.702393  hitchhiker  0.00445287 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4108  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.3 
 
 		 156 aa  165  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1395  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.64 
 
 		 178 aa  165  4e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.502759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1304  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.64 
 
 		 156 aa  163  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4585  RNA methyltransferase  52.98 
 
 		 156 aa  161  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3116  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.32 
 
 		 164 aa  159  3e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2330  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.26 
 
 		 162 aa  139  3e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.18358  hitchhiker  0.00000314878 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3894  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.44 
 
 		 133 aa  138  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01575  hypothetical protein  31.03 
 
 		 153 aa  86.7  2e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0026  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.11 
 
 		 178 aa  84.7  6e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3896  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.54 
 
 		 152 aa  81.6  0.000000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3372  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.14 
 
 		 203 aa  68.9  0.00000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.212963  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_88222  predicted protein  28.29 
 
 		 311 aa  65.1  0.0000000006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0289002 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05145  putative SpoU rRNA methylase family protein  28.57 
 
 		 178 aa  55.5  0.0000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2375  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  24.24 
 
 		 186 aa  55.1  0.0000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00412579  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2160  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  24.07 
 
 		 256 aa  51.6  0.000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04831  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  23.36 
 
 		 224 aa  51.6  0.000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4797  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.17 
 
 		 178 aa  51.2  0.000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00908011 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0418  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  21.9 
 
 		 223 aa  50.4  0.00001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04731  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  23.03 
 
 		 223 aa  48.9  0.00003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.0125765  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2170  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  24.67 
 
 		 202 aa  47.4  0.0001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.904611 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0006  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  22.07 
 
 		 180 aa  46.6  0.0002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.124143  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1721  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  22.07 
 
 		 178 aa  46.6  0.0002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0491  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25 
 
 		 180 aa  46.6  0.0002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1799  tRNA/rRNA methyltransferase SpoU  24.14 
 
 		 184 aa  46.2  0.0002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.823319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_04421  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  22.37 
 
 		 223 aa  46.6  0.0002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.961343  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1942  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.36 
 
 		 221 aa  46.2  0.0003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0337713  normal  0.0831069 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21660  rRNA methylase  28.89 
 
 		 271 aa  45.4  0.0004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3506  RNA methyltransferase  27.16 
 
 		 240 aa  45.4  0.0005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.899672 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0050  RNA methyltransferase  26.36 
 
 		 262 aa  44.3  0.0009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4339  RNA methyltransferase  29.56 
 
 		 251 aa  43.9  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160755 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0599  rRNA methylase  28.03 
 
 		 292 aa  43.5  0.001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.441965  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf131  SpoU class tRNA/rRNA methyltransferase  26.62 
 
 		 229 aa  43.9  0.001  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2423  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  24.06 
 
 		 254 aa  43.5  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.217183 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1208  rRNA methylase  29.63 
 
 		 282 aa  42.4  0.003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0099  RNA methyltransferase, TrmH family  25.33 
 
 		 268 aa  42.7  0.003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.167605 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1443  RNA methyltransferase  24.82 
 
 		 258 aa  42.4  0.003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3388  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  22.73 
 
 		 237 aa  42.7  0.003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0657  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  24.24 
 
 		 229 aa  42.4  0.004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1528  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.34 
 
 		 220 aa  42.4  0.004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.16942  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1684  tRNA/rRNA methyltransferase  26.5 
 
 		 184 aa  42.4  0.004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4596  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  20.44 
 
 		 165 aa  42.4  0.004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.362437  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0262  RNA methyltransferase  28.57 
 
 		 243 aa  42.4  0.004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000000295307  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3524  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  20.53 
 
 		 247 aa  41.6  0.005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5159  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25.6 
 
 		 224 aa  41.6  0.006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0788  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.92 
 
 		 248 aa  41.6  0.006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0987211  normal  0.0803398 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0405  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  23.61 
 
 		 254 aa  41.2  0.007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0083776  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0827  spoU rRNA methylase family protein  28.3 
 
 		 151 aa  41.6  0.007  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  hitchhiker  0.000730061  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0906  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  22.3 
 
 		 196 aa  41.2  0.008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00000238079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0482  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  23.53 
 
 		 214 aa  40.8  0.009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0493  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  23.53 
 
 		 214 aa  40.8  0.009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.490005 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2399  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  26.51 
 
 		 243 aa  40.8  0.01  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2349  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  26.51 
 
 		 243 aa  40.8  0.01  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1004  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  23.9 
 
 		 188 aa  40.8  0.01  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>