More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_21660 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_21660  rRNA methylase  100 
 
 
271 aa  547  1e-155  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1436  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  70.37 
 
 
276 aa  369  1e-101  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.111419  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2126  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  62.17 
 
 
269 aa  333  2e-90  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0768131  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2308  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  66.91 
 
 
267 aa  333  2e-90  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1877  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  60.3 
 
 
269 aa  320  9.999999999999999e-87  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0232601 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1180  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.16 
 
 
282 aa  319  1.9999999999999998e-86  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.452059  decreased coverage  0.000681553 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15820  rRNA methylase  62.17 
 
 
275 aa  316  3e-85  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.582235  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13580  rRNA methylase  62.98 
 
 
269 aa  312  3.9999999999999997e-84  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2046  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  65.31 
 
 
279 aa  309  4e-83  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01360  rRNA methylase  56.27 
 
 
284 aa  294  1e-78  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.591406  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05470  rRNA methylase  55.16 
 
 
286 aa  291  6e-78  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0599  rRNA methylase  52.01 
 
 
292 aa  280  2e-74  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.441965  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0211  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.84 
 
 
283 aa  280  2e-74  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.869677 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2601  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.67 
 
 
267 aa  268  5.9999999999999995e-71  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.220558  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1614  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.26 
 
 
272 aa  264  1e-69  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.329704  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2254  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.14 
 
 
279 aa  262  4e-69  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2325  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.51 
 
 
269 aa  255  5e-67  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11630  rRNA methylase  54.61 
 
 
280 aa  255  5e-67  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3233  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.19 
 
 
307 aa  250  2e-65  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1263  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  48.53 
 
 
273 aa  250  2e-65  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.143361  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4007  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  48.19 
 
 
275 aa  247  1e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.169703  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3008  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  49.07 
 
 
321 aa  245  6e-64  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1160  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  48.45 
 
 
304 aa  238  5.999999999999999e-62  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.542606  normal  0.44269 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2671  tRNA/rRNA methyltransferase SpoU  49.45 
 
 
275 aa  238  9e-62  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.535925  normal  0.278749 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0846  tRNA/rRNA methyltransferase  48.8 
 
 
316 aa  238  1e-61  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04950  rRNA methylase  48.92 
 
 
303 aa  236  3e-61  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0570  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  48.16 
 
 
272 aa  234  1.0000000000000001e-60  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.666959  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5673  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.27 
 
 
332 aa  231  8.000000000000001e-60  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2264  putative rRNA methylase  46.67 
 
 
268 aa  224  1e-57  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33920  rRNA methylase  46.44 
 
 
267 aa  221  9.999999999999999e-57  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7648  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.04 
 
 
292 aa  220  1.9999999999999999e-56  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1605  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.62 
 
 
290 aa  215  5e-55  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.604815  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0843  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.02 
 
 
280 aa  209  4e-53  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.105002 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4850  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.42 
 
 
270 aa  193  2e-48  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.495408  normal  0.0422374 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4467  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.04 
 
 
270 aa  192  6e-48  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4554  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.04 
 
 
270 aa  192  6e-48  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.235775 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5036  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.55 
 
 
275 aa  182  5.0000000000000004e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.128777 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4718  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.41 
 
 
268 aa  181  1e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10898  rRNA methyltransferase  40.75 
 
 
288 aa  181  1e-44  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0835  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.33 
 
 
266 aa  181  1e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.385059  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1715  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.3 
 
 
268 aa  181  1e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.41968  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0496  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.62 
 
 
283 aa  174  9.999999999999999e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.172332  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1254  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.15 
 
 
284 aa  169  3e-41  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0826  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.8 
 
 
269 aa  145  5e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3553  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.55 
 
 
268 aa  144  1e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1178  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.32 
 
 
268 aa  144  1e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2208  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.03 
 
 
266 aa  136  3.0000000000000003e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3534  RNA methylase  34.31 
 
 
279 aa  135  9.999999999999999e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.103093  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2611  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.94 
 
 
275 aa  132  5e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.523755  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1590  RNA methyltransferase  31.72 
 
 
276 aa  121  9.999999999999999e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00137189  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0892  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.64 
 
 
316 aa  115  6e-25  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5195  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.32 
 
 
269 aa  115  6e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0548087 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1579  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.62 
 
 
275 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0875411  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1015  RNA methyltransferase  32.73 
 
 
271 aa  115  6.9999999999999995e-25  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.219963  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3084  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.48 
 
 
274 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.144012 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1533  RNA methyltransferase  32.71 
 
 
226 aa  113  3e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5040  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.16 
 
 
291 aa  112  5e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.666902  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3360  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.87 
 
 
285 aa  111  1.0000000000000001e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5969  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.32 
 
 
272 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.223084  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3443  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.45 
 
 
269 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.146237  normal  0.0184697 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2415  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.07 
 
 
265 aa  111  2.0000000000000002e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3752  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.82 
 
 
269 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0797241  normal 
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49451  predicted protein  29.19 
 
 
389 aa  107  2e-22  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3341  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.48 
 
 
274 aa  106  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0749589 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3641  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.73 
 
 
269 aa  98.6  1e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0439997 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2993  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.82 
 
 
248 aa  93.2  4e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.246575  normal  0.0568105 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11661  23S rRNA methyltransferase tsnR  31.78 
 
 
260 aa  92  8e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2978  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.24 
 
 
248 aa  90.9  2e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.27358  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3022  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.24 
 
 
248 aa  90.9  2e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.87649 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2142  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.6 
 
 
289 aa  86.3  5e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00455486  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2039  tRNA/rRNA methyltransferase SpoU  31.37 
 
 
277 aa  86.3  5e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0846058  normal  0.928617 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0462  RNA methyltransferase  24.06 
 
 
255 aa  85.1  0.000000000000001  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2063  putative rRNA methylase  40.4 
 
 
275 aa  83.6  0.000000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00825348  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0561  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25.28 
 
 
254 aa  84  0.000000000000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1606  RNA methyltransferase  33.33 
 
 
247 aa  82.8  0.000000000000006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.0012787  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6084  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31 
 
 
276 aa  82.4  0.000000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4141  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.42 
 
 
271 aa  82  0.000000000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000328587  hitchhiker  0.000303347 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1222  RNA methyltransferase  25.09 
 
 
267 aa  82  0.000000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0117794  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0566  RNA methyltransferase, TrmH family  26.42 
 
 
265 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000331759  hitchhiker  0.0000000100751 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4457  RNA methyltransferase  26.42 
 
 
254 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0314134  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3160  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.86 
 
 
257 aa  80.9  0.00000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.560125  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4805  RNA methyltransferase  26.42 
 
 
254 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00212295  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4676  RNA methyltransferase, TrmH family  26.42 
 
 
265 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.90567e-34 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3539  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.34 
 
 
252 aa  80.9  0.00000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0474859  normal  0.153655 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4295  23S rRNA methyltransferase  26.42 
 
 
254 aa  80.5  0.00000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4305  23S rRNA methyltransferase  26.42 
 
 
254 aa  80.5  0.00000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0650881  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3250  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25.66 
 
 
254 aa  80.1  0.00000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4688  RNA methyltransferase, TrmH family  26.42 
 
 
254 aa  80.1  0.00000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000539995  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2211  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.46 
 
 
256 aa  80.5  0.00000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0173286  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0294  rRNA methyltransferase  25.2 
 
 
245 aa  80.1  0.00000000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000126477  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1084  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.99 
 
 
276 aa  79.7  0.00000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.235223  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0053  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.57 
 
 
286 aa  79.7  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.87191  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0554  RNA methyltransferase  27.83 
 
 
248 aa  79.3  0.00000000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.850775  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4688  RNA methyltransferase  26.04 
 
 
254 aa  79.3  0.00000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000546426  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0568  RNA methyltransferase  27.83 
 
 
248 aa  79.3  0.00000000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.927994  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4673  RNA methyltransferase, TrmH family  26.04 
 
 
265 aa  79  0.00000000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000176675  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2462  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.65 
 
 
237 aa  79  0.00000000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3142  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.98 
 
 
496 aa  79  0.00000000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0306284  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0808  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26 
 
 
251 aa  78.6  0.0000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1437  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  26.61 
 
 
269 aa  78.2  0.0000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>