More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE0050 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002967  TDE0050  RNA methyltransferase  100 
 
 
262 aa  537  9.999999999999999e-153  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5505  putative tRNA/rRNA methyltransferase  33.12 
 
 
186 aa  82  0.000000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.121467  normal  0.0712484 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0146  RNA methylase  32.26 
 
 
176 aa  81.3  0.00000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1721  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.9 
 
 
178 aa  79.3  0.00000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004009  RNA methyltransferase TrmH family  32.43 
 
 
244 aa  79.3  0.00000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1675  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.54 
 
 
248 aa  79  0.00000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0006  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.91 
 
 
180 aa  77  0.0000000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.124143  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2375  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.33 
 
 
186 aa  76.6  0.0000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00412579  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01509  hypothetical protein  33.11 
 
 
244 aa  76.3  0.0000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1205  SpoU rRNA methylase family protein  33.12 
 
 
182 aa  75.5  0.0000000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000205197  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1290  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.38 
 
 
200 aa  75.1  0.000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1107  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.64 
 
 
260 aa  74.7  0.000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1381  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.34 
 
 
181 aa  74.7  0.000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1097  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.13 
 
 
180 aa  73.9  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.734552  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0330  RNA methyltransferase  28.99 
 
 
257 aa  73.6  0.000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0404  methyltransferase GidB  32.82 
 
 
490 aa  73.6  0.000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1170  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.41 
 
 
179 aa  72.8  0.000000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000601734  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05145  putative SpoU rRNA methylase family protein  32.37 
 
 
178 aa  72  0.000000000009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1411  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.52 
 
 
180 aa  71.6  0.00000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000159184  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0453  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.37 
 
 
243 aa  71.2  0.00000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0313  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  33.56 
 
 
251 aa  70.1  0.00000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000179001  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0003  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  32.32 
 
 
250 aa  70.1  0.00000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1465  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.54 
 
 
242 aa  69.7  0.00000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3553  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.09 
 
 
268 aa  69.7  0.00000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0993  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.85 
 
 
248 aa  68.6  0.00000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.145842  normal  0.345064 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0514  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.58 
 
 
176 aa  68.6  0.00000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2133  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.56 
 
 
176 aa  68.2  0.0000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.482713  normal  0.100378 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2787  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.72 
 
 
261 aa  68.6  0.0000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3094  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.91 
 
 
262 aa  68.2  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922753  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3490  putative methyltransferase  26.95 
 
 
383 aa  68.2  0.0000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1870  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.96 
 
 
279 aa  67.4  0.0000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0515  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.83 
 
 
256 aa  67.4  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.798322  normal  0.491435 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1614  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.43 
 
 
272 aa  67  0.0000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.329704  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2051  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.21 
 
 
254 aa  66.2  0.0000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.154178  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1799  tRNA/rRNA methyltransferase SpoU  33.07 
 
 
184 aa  66.6  0.0000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.823319  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3229  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.62 
 
 
247 aa  66.6  0.0000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1222  RNA methyltransferase  32.14 
 
 
267 aa  66.6  0.0000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0117794  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3334  putative methyltransferase  27.34 
 
 
382 aa  65.9  0.0000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1087  SpoU rRNA methylase family protein  29.53 
 
 
184 aa  65.5  0.0000000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0784  RNA methyltransferase  33.09 
 
 
180 aa  65.5  0.0000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.632748  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0340  rRNA methylase  27.08 
 
 
251 aa  65.5  0.0000000009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000065422  hitchhiker  0.000000457527 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0417  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.62 
 
 
264 aa  65.5  0.000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000253805  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1684  tRNA/rRNA methyltransferase  28.87 
 
 
184 aa  65.1  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0766  hypothetical protein  30.94 
 
 
177 aa  64.7  0.000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1916  tRNA and rRNA methylase  29.79 
 
 
249 aa  64.7  0.000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.581034  normal  0.306888 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3618  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.58 
 
 
245 aa  65.1  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.740524  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2126  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.21 
 
 
269 aa  65.1  0.000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0768131  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1157  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.16 
 
 
180 aa  64.7  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2725  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.11 
 
 
253 aa  64.3  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3203  putative methyltransferase  26.85 
 
 
395 aa  64.7  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0856  putative methyltransferase  33.12 
 
 
397 aa  64.3  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.972031  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3340  putative methyltransferase  33.57 
 
 
388 aa  63.9  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.187439  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2387  RNA methyltransferase  31.62 
 
 
245 aa  63.9  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.939992  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0262  RNA methyltransferase TrmH, group 3  28.28 
 
 
416 aa  63.9  0.000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13158  SpoU rRNA methylase family protein  32.5 
 
 
171 aa  63.5  0.000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.153077  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1942  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.14 
 
 
221 aa  63.9  0.000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0337713  normal  0.0831069 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3462  putative methyltransferase  32.88 
 
 
388 aa  63.9  0.000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.819699  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09311  RNA methyltransferase TrmH, group 3  28.28 
 
 
442 aa  63.9  0.000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.0566162 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0209  RNA methyltransferase  33.85 
 
 
251 aa  63.2  0.000000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49451  predicted protein  30.91 
 
 
389 aa  63.2  0.000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1268  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.23 
 
 
249 aa  63.2  0.000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.806095  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0387  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.85 
 
 
242 aa  63.2  0.000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4688  RNA methyltransferase, TrmH family  31.47 
 
 
254 aa  62.8  0.000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000539995  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0597  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  30.43 
 
 
250 aa  62.8  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00512531  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4305  23S rRNA methyltransferase  30.77 
 
 
254 aa  62.4  0.000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0650881  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2211  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.49 
 
 
256 aa  62  0.000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0173286  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3677  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.97 
 
 
286 aa  62  0.000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4676  RNA methyltransferase, TrmH family  30.77 
 
 
265 aa  61.6  0.00000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.90567e-34 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1207  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30 
 
 
270 aa  62  0.00000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0784669  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0150  RNA methyltransferase  30.26 
 
 
297 aa  61.6  0.00000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4295  23S rRNA methyltransferase  30.77 
 
 
254 aa  61.6  0.00000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1757  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.88 
 
 
255 aa  61.2  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0145  RNA methyltransferase  30.26 
 
 
297 aa  61.6  0.00000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.567966  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1800  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.66 
 
 
265 aa  61.2  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0265  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  30.97 
 
 
292 aa  61.6  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0264  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  30.97 
 
 
292 aa  61.6  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1822  rRNA methylase  30.22 
 
 
249 aa  61.6  0.00000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0294  rRNA methyltransferase  29.53 
 
 
245 aa  62  0.00000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000126477  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1877  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.21 
 
 
269 aa  61.6  0.00000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0232601 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2163  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.37 
 
 
277 aa  61.6  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.132475  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3066  putative methyltransferase  24.53 
 
 
365 aa  61.2  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000260678 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3745  putative methyltransferase  25.78 
 
 
366 aa  60.8  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.319573  normal  0.284023 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0863  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.07 
 
 
266 aa  60.8  0.00000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4688  RNA methyltransferase  30.77 
 
 
254 aa  60.8  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000546426  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3982  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25.47 
 
 
213 aa  60.8  0.00000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.549052  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0504  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.3 
 
 
232 aa  60.8  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2022  RNA methyltransferase TrmH, group 3  31.97 
 
 
246 aa  61.2  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0139  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  28.78 
 
 
239 aa  60.8  0.00000002  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.3147  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0439  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  30.88 
 
 
243 aa  60.8  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000546108 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4673  RNA methyltransferase, TrmH family  30.77 
 
 
265 aa  61.2  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000176675  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4393  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.77 
 
 
254 aa  60.8  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000250925  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3823  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25.87 
 
 
261 aa  60.5  0.00000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0827889  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4457  RNA methyltransferase  30.07 
 
 
254 aa  60.1  0.00000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0314134  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1447  RNA methyltransferase  32.62 
 
 
314 aa  60.5  0.00000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.812422 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1735  SpoU rRNA methylase family protein  30.82 
 
 
265 aa  60.5  0.00000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4805  RNA methyltransferase  30.07 
 
 
254 aa  60.1  0.00000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00212295  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3250  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.99 
 
 
254 aa  60.5  0.00000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0623  rRNA methylase  27.72 
 
 
252 aa  60.1  0.00000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1437  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  28.48 
 
 
269 aa  60.1  0.00000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0025  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.86 
 
 
286 aa  60.5  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000152428 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>