52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3013 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_3013  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  100 
 
 		 177 aa  359  1e-98  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0108117  normal  0.339909 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2584  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  78.11 
 
 		 174 aa  268  2e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1642  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  76.65 
 
 		 177 aa  265  4e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00428557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2748  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  72.25 
 
 		 254 aa  255  2e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.20465  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1611  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  72.25 
 
 		 249 aa  254  3e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00050624  normal  0.825884 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2842  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  72.25 
 
 		 254 aa  254  6e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.002241  decreased coverage  0.0000781436 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2765  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  70.06 
 
 		 241 aa  248  4e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000737812  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2663  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  72.29 
 
 		 180 aa  246  9e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.299064  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2447  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  69.06 
 
 		 257 aa  246  1e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000932167  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1473  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  71.26 
 
 		 202 aa  246  1e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.137824  normal  0.253583 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1420  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  72.41 
 
 		 202 aa  244  3e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0134713  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1485  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  72.41 
 
 		 202 aa  244  3e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0129545  normal  0.548122 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3075  RNA methyltransferase  70.11 
 
 		 203 aa  242  3e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1541  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  70.48 
 
 		 200 aa  240  1e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.145291  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2412  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  71.26 
 
 		 174 aa  238  2.9999999999999997e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0294882  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3418  hypothetical protein  65.68 
 
 		 177 aa  222  2e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0544122 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1568  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  63.28 
 
 		 176 aa  218  3e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000175269 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0754  rRNA methylase (SpoU_methylase)  62.87 
 
 		 171 aa  215  2e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2719  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  59.3 
 
 		 175 aa  207  6e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.159423 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4113  RNA methyltransferase  55.93 
 
 		 194 aa  198  3e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07014  23S rRNA methyltransferase  55.37 
 
 		 175 aa  190  1e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0567  putative rRNA methylase  55.95 
 
 		 170 aa  187  9e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.96226  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2233  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.6 
 
 		 198 aa  176  2e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.237391  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01885  putative cold-shock RNA methyltransferase  51.81 
 
 		 182 aa  169  1e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1395  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  56.58 
 
 		 178 aa  166  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.502759  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3916  hypothetical protein  57.43 
 
 		 165 aa  165  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.919251  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1569  hypothetical protein  57.43 
 
 		 166 aa  165  4e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.702393  hitchhiker  0.00445287 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1287  putative RNA methyltransferase  52.03 
 
 		 152 aa  156  1e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000276682  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4108  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.03 
 
 		 156 aa  154  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1304  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.35 
 
 		 156 aa  152  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4585  RNA methyltransferase  50 
 
 		 156 aa  150  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3116  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  48.61 
 
 		 164 aa  141  5e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2330  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  48.61 
 
 		 162 aa  135  4e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.18358  hitchhiker  0.00000314878 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3894  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.18 
 
 		 133 aa  129  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0026  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.03 
 
 		 178 aa  80.1  0.00000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01575  hypothetical protein  28.17 
 
 		 153 aa  67.4  0.00000000009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3896  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.58 
 
 		 152 aa  67  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3372  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.33 
 
 		 203 aa  59.7  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.212963  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_88222  predicted protein  25.69 
 
 		 311 aa  54.3  0.000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0289002 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1004  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.4 
 
 		 188 aa  53.9  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21660  rRNA methylase  30.37 
 
 		 271 aa  47.8  0.00008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0599  rRNA methylase  28.66 
 
 		 292 aa  47.4  0.0001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.441965  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4797  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25.32 
 
 		 178 aa  47.4  0.0001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00908011 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04831  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25.55 
 
 		 224 aa  47  0.0001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05145  putative SpoU rRNA methylase family protein  25.49 
 
 		 178 aa  46.2  0.0002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5505  putative tRNA/rRNA methyltransferase  29.41 
 
 		 186 aa  45.4  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.121467  normal  0.0712484 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0006  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  22.67 
 
 		 180 aa  43.1  0.002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.124143  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2449  tRNA/rRNA methyltransferase  26.72 
 
 		 227 aa  42.7  0.003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0418  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  22.14 
 
 		 223 aa  42.4  0.004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04731  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  22.44 
 
 		 223 aa  41.6  0.006  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.0125765  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0827  spoU rRNA methylase family protein  27.52 
 
 		 151 aa  41.2  0.009  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  hitchhiker  0.000730061  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3194  RNA methyltransferase TrmH, group 2  25.77 
 
 		 153 aa  40.8  0.01  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00355106  hitchhiker  0.0000259155 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>