87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_2719 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008709  Ping_2719  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  100 
 
 		 175 aa  352  1e-96  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.159423 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2584  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  61.85 
 
 		 174 aa  219  9.999999999999999e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1568  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  61.71 
 
 		 176 aa  219  9.999999999999999e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000175269 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2412  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  59.09 
 
 		 174 aa  215  2.9999999999999998e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0294882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1642  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  57.3 
 
 		 177 aa  215  2.9999999999999998e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00428557  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3418  hypothetical protein  62.07 
 
 		 177 aa  214  7e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0544122 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2748  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.4 
 
 		 254 aa  211  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.20465  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2842  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.4 
 
 		 254 aa  211  4.9999999999999996e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.002241  decreased coverage  0.0000781436 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1611  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.4 
 
 		 249 aa  211  4.9999999999999996e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00050624  normal  0.825884 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1541  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  57.06 
 
 		 200 aa  209  1e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.145291  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0754  rRNA methylase (SpoU_methylase)  59.2 
 
 		 171 aa  208  3e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3013  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  59.3 
 
 		 177 aa  207  6e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0108117  normal  0.339909 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1473  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.01 
 
 		 202 aa  207  8e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.137824  normal  0.253583 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1485  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.01 
 
 		 202 aa  206  1e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0129545  normal  0.548122 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1420  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.01 
 
 		 202 aa  206  1e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0134713  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3075  RNA methyltransferase  51.89 
 
 		 203 aa  204  7e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2663  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  56.57 
 
 		 180 aa  203  1e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.299064  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4113  RNA methyltransferase  56.28 
 
 		 194 aa  202  2e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2765  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.08 
 
 		 241 aa  201  4e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000737812  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2447  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.53 
 
 		 257 aa  201  4e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000932167  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0567  putative rRNA methylase  58.58 
 
 		 170 aa  199  1.9999999999999998e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.96226  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07014  23S rRNA methyltransferase  58.14 
 
 		 175 aa  197  5e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2233  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.18 
 
 		 198 aa  182  3e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.237391  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01885  putative cold-shock RNA methyltransferase  49.11 
 
 		 182 aa  174  5e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1395  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.73 
 
 		 178 aa  159  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.502759  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1287  putative RNA methyltransferase  51.33 
 
 		 152 aa  159  3e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000276682  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3916  hypothetical protein  54.73 
 
 		 165 aa  157  7e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.919251  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1569  hypothetical protein  54.05 
 
 		 166 aa  156  2e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.702393  hitchhiker  0.00445287 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1304  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.03 
 
 		 156 aa  154  4e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4108  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.03 
 
 		 156 aa  154  6e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4585  RNA methyltransferase  51.35 
 
 		 156 aa  154  8e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3116  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  48.95 
 
 		 164 aa  145  3e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2330  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.36 
 
 		 162 aa  133  9.999999999999999e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.18358  hitchhiker  0.00000314878 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3894  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.56 
 
 		 133 aa  132  3e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0026  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.53 
 
 		 178 aa  73.6  0.000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01575  hypothetical protein  27.34 
 
 		 153 aa  69.3  0.00000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3896  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.22 
 
 		 152 aa  67  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3372  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.79 
 
 		 203 aa  61.2  0.000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.212963  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_88222  predicted protein  27.97 
 
 		 311 aa  59.7  0.00000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0289002 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05145  putative SpoU rRNA methylase family protein  28.57 
 
 		 178 aa  54.3  0.0000009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1764  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.52 
 
 		 262 aa  51.6  0.000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.356011  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1443  RNA methyltransferase  25.37 
 
 		 258 aa  51.6  0.000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3859  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  25 
 
 		 267 aa  48.5  0.00005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.119823  normal  0.0729978 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0099  RNA methyltransferase, TrmH family  30 
 
 		 268 aa  47.8  0.00009  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.167605 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2423  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25.19 
 
 		 254 aa  47.4  0.00009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.217183 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21660  rRNA methylase  29.5 
 
 		 271 aa  46.6  0.0002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5337  RNA methyltransferase  27.63 
 
 		 314 aa  46.2  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13612  tRNA/rRNA methyltransferase  26.39 
 
 		 322 aa  45.8  0.0003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.288349 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1614  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.66 
 
 		 272 aa  45.8  0.0003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.329704  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1346  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.17 
 
 		 152 aa  45.4  0.0004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.202952  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0672  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  27.21 
 
 		 333 aa  45.1  0.0005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.927716  hitchhiker  0.000812989 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0609  RNA methyltransferase TrmH  22.93 
 
 		 254 aa  45.1  0.0005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0802048 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0213  RNA methyltransferase TrmH, group 3  27.33 
 
 		 324 aa  44.7  0.0006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03770  rRNA methylase, putative, group 3  27.59 
 
 		 323 aa  44.7  0.0006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.1456 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2067  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  27.4 
 
 		 326 aa  45.1  0.0006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3469  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU) family protein  22.63 
 
 		 161 aa  44.7  0.0007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.029361 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2375  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25.19 
 
 		 186 aa  44.3  0.0008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00412579  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3084  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  24.82 
 
 		 234 aa  43.9  0.001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0482  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.08 
 
 		 214 aa  43.9  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3200  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  25 
 
 		 278 aa  43.5  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0493  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.08 
 
 		 214 aa  43.9  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.490005 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0912  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  26.17 
 
 		 321 aa  43.9  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0472746 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0139  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  23.65 
 
 		 239 aa  43.5  0.002  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.3147  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1605  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  21.68 
 
 		 290 aa  42.7  0.002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.604815  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1208  rRNA methylase  33.33 
 
 		 282 aa  42.7  0.002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5505  putative tRNA/rRNA methyltransferase  24.83 
 
 		 186 aa  42.4  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.121467  normal  0.0712484 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0003  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  22.37 
 
 		 250 aa  42.7  0.003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1942  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.08 
 
 		 221 aa  42.4  0.004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0337713  normal  0.0831069 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2205  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  24.14 
 
 		 152 aa  42  0.004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2268  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  24.14 
 
 		 152 aa  42  0.004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00048141  hitchhiker  0.0001006 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0471  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.4 
 
 		 214 aa  42  0.004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0974  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  24.31 
 
 		 316 aa  42  0.004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0793749  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1546  RNA methyltransferase  25 
 
 		 159 aa  42  0.005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1495  RNA methyltransferase  25 
 
 		 159 aa  42  0.005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1205  SpoU rRNA methylase family protein  26 
 
 		 182 aa  42  0.005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000205197  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3388  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25.36 
 
 		 237 aa  41.6  0.005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0150  RNA methyltransferase  27.52 
 
 		 297 aa  41.2  0.007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0145  RNA methyltransferase  27.52 
 
 		 297 aa  41.2  0.007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.567966  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1990  RNA methyltransferase TrmH, group 1  25.95 
 
 		 254 aa  40.8  0.009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.25576  normal  0.905028 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2264  putative rRNA methylase  25 
 
 		 268 aa  40.8  0.009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1684  tRNA/rRNA methyltransferase  25.93 
 
 		 184 aa  40.8  0.009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1447  RNA methyltransferase  25.64 
 
 		 314 aa  40.8  0.009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.812422 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4313  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  30.61 
 
 		 320 aa  40.8  0.009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2170  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  20.14 
 
 		 202 aa  40.8  0.01  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.904611 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05620  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  24.03 
 
 		 270 aa  40.8  0.01  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000147427  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0606  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  25.69 
 
 		 324 aa  40.8  0.01  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.158472  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2796  RNA methyltransferase  23.87 
 
 		 242 aa  40.8  0.01  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.125421  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>