54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1420 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008322  Shewmr7_1485  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  100 
 
 		 202 aa  417  1e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0129545  normal  0.548122 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1420  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  100 
 
 		 202 aa  417  1e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0134713  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1473  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  98.51 
 
 		 202 aa  413  1e-114  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.137824  normal  0.253583 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3075  RNA methyltransferase  88.06 
 
 		 203 aa  371  1e-102  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2748  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  72.91 
 
 		 254 aa  305  2.0000000000000002e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.20465  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1611  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  72.91 
 
 		 249 aa  305  4.0000000000000004e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00050624  normal  0.825884 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2842  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  72.91 
 
 		 254 aa  304  7e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.002241  decreased coverage  0.0000781436 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2447  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  70.62 
 
 		 257 aa  298  2e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000932167  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2765  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  78.26 
 
 		 241 aa  299  2e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000737812  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1541  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  65.83 
 
 		 200 aa  252  3e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.145291  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2663  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  70.62 
 
 		 180 aa  251  5.000000000000001e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.299064  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1642  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  70.79 
 
 		 177 aa  248  4e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00428557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3013  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  72.41 
 
 		 177 aa  246  2e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0108117  normal  0.339909 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2584  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  69.71 
 
 		 174 aa  244  8e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2412  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  67.61 
 
 		 174 aa  233  1.0000000000000001e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0294882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1568  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  59.56 
 
 		 176 aa  221  6e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000175269 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0754  rRNA methylase (SpoU_methylase)  59.77 
 
 		 171 aa  209  2e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3418  hypothetical protein  57.87 
 
 		 177 aa  207  7e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0544122 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2719  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.01 
 
 		 175 aa  207  1e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.159423 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01885  putative cold-shock RNA methyltransferase  55.68 
 
 		 182 aa  204  8e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4113  RNA methyltransferase  53.44 
 
 		 194 aa  201  5e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0567  putative rRNA methylase  53.14 
 
 		 170 aa  188  5.999999999999999e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.96226  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07014  23S rRNA methyltransferase  51.98 
 
 		 175 aa  182  3e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2233  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.28 
 
 		 198 aa  178  4e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.237391  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1287  putative RNA methyltransferase  57.75 
 
 		 152 aa  177  9e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000276682  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1395  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  58.45 
 
 		 178 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.502759  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3916  hypothetical protein  57.04 
 
 		 165 aa  168  5e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.919251  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1569  hypothetical protein  57.04 
 
 		 166 aa  168  6e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.702393  hitchhiker  0.00445287 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4108  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.52 
 
 		 156 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1304  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.82 
 
 		 156 aa  160  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4585  RNA methyltransferase  51.41 
 
 		 156 aa  158  5e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3116  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.11 
 
 		 164 aa  157  7e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2330  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.1 
 
 		 162 aa  149  2e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.18358  hitchhiker  0.00000314878 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3894  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.97 
 
 		 133 aa  138  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0026  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.53 
 
 		 178 aa  85.1  7e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01575  hypothetical protein  30.5 
 
 		 153 aa  80.9  0.00000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3896  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.5 
 
 		 152 aa  74.3  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3372  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.03 
 
 		 203 aa  68.2  0.00000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.212963  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_88222  predicted protein  27.97 
 
 		 311 aa  60.8  0.00000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0289002 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21660  rRNA methylase  31.85 
 
 		 271 aa  49.3  0.00004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0262  RNA methyltransferase  25.62 
 
 		 243 aa  46.2  0.0003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000000295307  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0050  RNA methyltransferase  26.09 
 
 		 262 aa  45.8  0.0005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2067  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  26.47 
 
 		 326 aa  45.8  0.0005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5505  putative tRNA/rRNA methyltransferase  26.32 
 
 		 186 aa  44.7  0.0008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.121467  normal  0.0712484 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0411  RNA methyltransferase  23.38 
 
 		 249 aa  44.7  0.001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04831  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  21.02 
 
 		 224 aa  44.7  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3506  RNA methyltransferase  28.74 
 
 		 240 aa  44.3  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.899672 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2375  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.8 
 
 		 186 aa  44.3  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00412579  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4596  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  21.01 
 
 		 165 aa  43.9  0.002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.362437  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1443  RNA methyltransferase  22.39 
 
 		 258 aa  43.1  0.003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0827  spoU rRNA methylase family protein  27.08 
 
 		 151 aa  42  0.007  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  hitchhiker  0.000730061  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05145  putative SpoU rRNA methylase family protein  25.17 
 
 		 178 aa  42  0.007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3084  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  22.46 
 
 		 234 aa  41.6  0.008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3859  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  25.32 
 
 		 267 aa  41.6  0.008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.119823  normal  0.0729978 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>