67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_4113 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_4113  RNA methyltransferase  100 
 
 		 194 aa  401  1e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2663  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  59.44 
 
 		 180 aa  214  8e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.299064  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2412  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  57.38 
 
 		 174 aa  212  3.9999999999999995e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0294882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1568  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.89 
 
 		 176 aa  211  3.9999999999999995e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000175269 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1541  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  59.22 
 
 		 200 aa  211  3.9999999999999995e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.145291  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1642  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.89 
 
 		 177 aa  208  4e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00428557  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1611  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.61 
 
 		 249 aa  208  4e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00050624  normal  0.825884 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2748  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.32 
 
 		 254 aa  208  5e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.20465  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2842  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.32 
 
 		 254 aa  207  7e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.002241  decreased coverage  0.0000781436 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2584  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  56.35 
 
 		 174 aa  204  6e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2765  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.02 
 
 		 241 aa  204  9e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000737812  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2719  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  56.28 
 
 		 175 aa  202  3e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.159423 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1473  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.44 
 
 		 202 aa  201  5e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.137824  normal  0.253583 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2447  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.06 
 
 		 257 aa  201  5e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000932167  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3075  RNA methyltransferase  53.59 
 
 		 203 aa  200  8e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1485  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.44 
 
 		 202 aa  201  8e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0129545  normal  0.548122 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1420  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.44 
 
 		 202 aa  201  8e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0134713  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0754  rRNA methylase (SpoU_methylase)  55.87 
 
 		 171 aa  200  9.999999999999999e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3013  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.93 
 
 		 177 aa  198  3.9999999999999996e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0108117  normal  0.339909 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0567  putative rRNA methylase  54.75 
 
 		 170 aa  189  2e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.96226  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3418  hypothetical protein  51.37 
 
 		 177 aa  188  5e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0544122 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07014  23S rRNA methyltransferase  53.63 
 
 		 175 aa  184  1.0000000000000001e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2233  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.35 
 
 		 198 aa  176  2e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.237391  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01885  putative cold-shock RNA methyltransferase  44.56 
 
 		 182 aa  168  4e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1395  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.31 
 
 		 178 aa  160  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.502759  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3916  hypothetical protein  49.69 
 
 		 165 aa  159  3e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.919251  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1287  putative RNA methyltransferase  47.85 
 
 		 152 aa  157  8e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000276682  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1569  hypothetical protein  46.15 
 
 		 166 aa  157  1e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.702393  hitchhiker  0.00445287 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4108  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  49.06 
 
 		 156 aa  155  3e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1304  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  49.06 
 
 		 156 aa  155  4e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4585  RNA methyltransferase  47.8 
 
 		 156 aa  152  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3116  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.17 
 
 		 164 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3894  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  47.83 
 
 		 133 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2330  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.79 
 
 		 162 aa  129  3e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.18358  hitchhiker  0.00000314878 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3896  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.86 
 
 		 152 aa  83.2  0.000000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01575  hypothetical protein  29.87 
 
 		 153 aa  76.6  0.0000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0026  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.29 
 
 		 178 aa  74.7  0.0000000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_88222  predicted protein  28.1 
 
 		 311 aa  60.8  0.00000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0289002 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3372  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25.17 
 
 		 203 aa  57.8  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.212963  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0827  spoU rRNA methylase family protein  27.03 
 
 		 151 aa  53.1  0.000003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  hitchhiker  0.000730061  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4797  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  24.4 
 
 		 178 aa  50.4  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00908011 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1004  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  24.36 
 
 		 188 aa  49.3  0.00003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3859  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  26.67 
 
 		 267 aa  48.1  0.00008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.119823  normal  0.0729978 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05145  putative SpoU rRNA methylase family protein  26.54 
 
 		 178 aa  47.8  0.0001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1443  RNA methyltransferase  25.93 
 
 		 258 aa  47.4  0.0001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1208  rRNA methylase  30.36 
 
 		 282 aa  46.2  0.0003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0099  RNA methyltransferase, TrmH family  26.67 
 
 		 268 aa  45.8  0.0004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.167605 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2163  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  24.22 
 
 		 268 aa  45.4  0.0005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0955758  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1853  RNA methyltransferase  24.55 
 
 		 257 aa  44.3  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0683239  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2141  RNA methyltransferase  24.55 
 
 		 257 aa  43.5  0.002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09021  SpoU family tRNA/rRNA methyltransferase  23.03 
 
 		 162 aa  43.5  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.149348  decreased coverage  0.000000259965 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5505  putative tRNA/rRNA methyltransferase  23.84 
 
 		 186 aa  42.7  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.121467  normal  0.0712484 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0006  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  24.4 
 
 		 180 aa  42.7  0.004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.124143  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1550  RNA methyltransferase  25.86 
 
 		 244 aa  42.4  0.004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0671761  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1616  RNA methyltransferase TrmH, group 3  22.98 
 
 		 248 aa  42.4  0.004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.439996 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0146  RNA methylase  24.39 
 
 		 176 aa  42.4  0.004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0411  RNA methyltransferase  22.75 
 
 		 249 aa  42  0.005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0491  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  23.68 
 
 		 180 aa  42  0.005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11661  23S rRNA methyltransferase tsnR  24.84 
 
 		 260 aa  42.4  0.005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2141  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.25 
 
 		 160 aa  42  0.006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2067  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  24.36 
 
 		 326 aa  42  0.006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0906  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  26.88 
 
 		 196 aa  42  0.006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00000238079  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1764  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  24.03 
 
 		 262 aa  41.6  0.007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.356011  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2063  putative rRNA methylase  25.16 
 
 		 275 aa  41.2  0.008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00825348  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0441  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  24.12 
 
 		 248 aa  41.2  0.009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1614  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  23.91 
 
 		 272 aa  41.2  0.009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.329704  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0670  RNA methyltransferase, TrmH family  22.22 
 
 		 302 aa  41.2  0.01  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>