More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_2067 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_2067  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  100 
 
 		 326 aa  642    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2952  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  65.14 
 
 		 327 aa  410  1e-113  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.844398  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0672  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  61.26 
 
 		 333 aa  368  1e-101  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.927716  hitchhiker  0.000812989 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31740  rRNA methylase, putative, group 3  61.06 
 
 		 339 aa  371  1e-101  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.29916  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03770  rRNA methylase, putative, group 3  56.35 
 
 		 323 aa  362  4e-99  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.1456 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0781  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  61.73 
 
 		 324 aa  356  2.9999999999999997e-97  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.208015  normal  0.241731 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4020  RNA methyltransferase  55 
 
 		 314 aa  342  4e-93  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.980605  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0912  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  57.45 
 
 		 321 aa  337  1.9999999999999998e-91  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0472746 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12700  rRNA methylase, putative, group 3  55.62 
 
 		 320 aa  331  1e-89  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0856  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  51.06 
 
 		 329 aa  323  2e-87  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0731  RNA methyltransferase  51.52 
 
 		 328 aa  323  3e-87  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.883902  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0974  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  53.25 
 
 		 316 aa  320  3e-86  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0793749  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0359  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  54.46 
 
 		 321 aa  316  3e-85  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0507  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  54.72 
 
 		 322 aa  314  9.999999999999999e-85  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533536  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1346  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  51.09 
 
 		 331 aa  313  1.9999999999999998e-84  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00762958 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0971  rRNA methylase-like protein  50.77 
 
 		 322 aa  308  5.9999999999999995e-83  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1473  rRNA methylase  51.23 
 
 		 330 aa  308  1.0000000000000001e-82  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4924  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  54.09 
 
 		 326 aa  307  2.0000000000000002e-82  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0606  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  52.17 
 
 		 324 aa  307  2.0000000000000002e-82  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.158472  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35140  rRNA methylase, putative, group 3  51.15 
 
 		 312 aa  305  9.000000000000001e-82  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.939533 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5337  RNA methyltransferase  52.65 
 
 		 314 aa  303  3.0000000000000004e-81  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8152  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  52.89 
 
 		 339 aa  303  4.0000000000000003e-81  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4658  RNA methyltransferase  47.72 
 
 		 372 aa  297  2e-79  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.277573  normal  0.477344 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4221  RNA methyltransferase  47.99 
 
 		 373 aa  296  4e-79  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.601015 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0655  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  50.32 
 
 		 319 aa  293  2e-78  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.229838  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4313  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  50 
 
 		 320 aa  293  2e-78  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1447  RNA methyltransferase  51.4 
 
 		 314 aa  294  2e-78  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.812422 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03800  rRNA methylase, putative, group 3  51.33 
 
 		 329 aa  291  1e-77  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.395862  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13612  tRNA/rRNA methyltransferase  50.63 
 
 		 322 aa  288  1e-76  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.288349 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0213  RNA methyltransferase TrmH, group 3  50.15 
 
 		 324 aa  284  2.0000000000000002e-75  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0353  RNA methyltransferase TrmH family, group 3  49.38 
 
 		 339 aa  279  4e-74  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0712  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  50.33 
 
 		 306 aa  277  2e-73  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4736  RNA methyltransferase TrmH, group 3  50.78 
 
 		 314 aa  275  5e-73  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.281401  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4822  RNA methyltransferase  50.78 
 
 		 314 aa  275  5e-73  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.945978  normal  0.837173 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5122  RNA methyltransferase  50.78 
 
 		 314 aa  275  8e-73  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.696919  normal  0.220958 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0372  RNA methyltransferase  45.58 
 
 		 386 aa  266  2.9999999999999995e-70  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.176167  hitchhiker  0.00238073 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4246  RNA methyltransferase TrmH, group 3  46.96 
 
 		 363 aa  265  7e-70  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0083  RNA methyltransferase  51.45 
 
 		 250 aa  216  4e-55  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2060  RNA methyltransferase  43.19 
 
 		 277 aa  209  4e-53  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3320  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  42.08 
 
 		 315 aa  207  2e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000334493  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0092  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  42.39 
 
 		 245 aa  206  3e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000607271  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1155  RNA methyltransferase TrmH, group 3  45.38 
 
 		 542 aa  204  2e-51  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.623752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0848  RNA methyltransferase  41.22 
 
 		 247 aa  203  3e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000264025  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0262  RNA methyltransferase TrmH, group 3  38.12 
 
 		 416 aa  202  6e-51  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0091  RNA methyltransferase  42.62 
 
 		 247 aa  202  7e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00797863  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0102  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  42.62 
 
 		 247 aa  202  7e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.238e-61 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0091  RNA methyltransferase  42.62 
 
 		 247 aa  202  7e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.678867  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0088  tRNA/rRNA methyltransferase SpoU  42.62 
 
 		 247 aa  202  7e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000158072  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0087  TrmH family tRNA methyltransferase  42.62 
 
 		 247 aa  202  7e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.528227  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0091  RNA methyltransferase  42.62 
 
 		 247 aa  202  7e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000227809  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0122  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  42.62 
 
 		 247 aa  202  7e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000258465  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0112  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  42.62 
 
 		 247 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0011476  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0088  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  43.62 
 
 		 246 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5214  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  42.21 
 
 		 247 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000196945  unclonable  9.19298e-26 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09311  RNA methyltransferase TrmH, group 3  40 
 
 		 442 aa  200  3e-50  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.0566162 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15801  rRNA methylase  45.23 
 
 		 536 aa  200  3e-50  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0086  RNA methyltransferase  42.62 
 
 		 247 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0239075  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1304  RNA methyltransferase TrmH, group 3  44.81 
 
 		 652 aa  198  1.0000000000000001e-49  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_06961  RNA methyltransferase TrmH, group 3  42.92 
 
 		 413 aa  198  1.0000000000000001e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.1089  normal  0.124675 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0086  RNA methyltransferase  41.39 
 
 		 247 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000284808  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2285  TrmA family RNA methyltransferase  40.33 
 
 		 323 aa  197  2.0000000000000003e-49  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.240402  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1822  rRNA methylase  41.13 
 
 		 249 aa  197  3e-49  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0196  RNA methyltransferase  44.21 
 
 		 243 aa  196  4.0000000000000005e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000588208  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3322  RNA methyltransferase  46.09 
 
 		 248 aa  196  6e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.752431  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4146  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  39.59 
 
 		 310 aa  196  6e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4413  RNA methyltransferase TrmH, group 3  41.15 
 
 		 327 aa  194  1e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1677  RNA methyltransferase  44.77 
 
 		 251 aa  194  2e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.756814  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10311  RNA methyltransferase TrmH, group 3  36.79 
 
 		 349 aa  194  2e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.988579  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2734  RNA methyltransferase  34.62 
 
 		 289 aa  193  3e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2420  RNA methyltransferase  34.62 
 
 		 289 aa  194  3e-48  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00228978  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09101  RNA methyltransferase TrmH, group 3  40.51 
 
 		 334 aa  193  3e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09121  RNA methyltransferase TrmH, group 3  39.5 
 
 		 335 aa  191  1e-47  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0401  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  44.44 
 
 		 246 aa  191  1e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000436094  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1462  RNA methyltransferase  43.39 
 
 		 245 aa  191  2e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0405731  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0264  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  39.75 
 
 		 292 aa  191  2e-47  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0265  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  39.75 
 
 		 292 aa  191  2e-47  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1336  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  43.8 
 
 		 249 aa  190  2e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000822091 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0305  RNA methyltransferase  41.6 
 
 		 249 aa  190  2e-47  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000127836  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0267  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  44.03 
 
 		 246 aa  190  2.9999999999999997e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000223613  normal  0.011395 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2629  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  41.56 
 
 		 387 aa  189  4e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.821515 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2481  RNA methyltransferase TrmH, group 3  45.9 
 
 		 246 aa  189  4e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000314444  hitchhiker  0.00338936 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2119  RNA methyltransferase TrmH, group 3  44.67 
 
 		 519 aa  189  5.999999999999999e-47  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.383182 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0851  RNA methyltransferase TrmH, group 3  37.97 
 
 		 336 aa  189  8e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.367945  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2313  RNA methyltransferase  39.92 
 
 		 288 aa  188  1e-46  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0718596 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1356  RNA methyltransferase TrmH, group 3  42.56 
 
 		 250 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000394989  hitchhiker  8.416419999999999e-20 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2889  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  42.56 
 
 		 248 aa  183  3e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1474  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  38.17 
 
 		 239 aa  180  2e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0162513  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1867  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  41.15 
 
 		 246 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3773  RNA methyltransferase  38.21 
 
 		 246 aa  179  7e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0416  RNA methyltransferase  43.57 
 
 		 246 aa  179  7e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.896719  normal  0.93402 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4616  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  43.32 
 
 		 251 aa  177  3e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2730  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  41.13 
 
 		 255 aa  176  6e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.751116  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4216  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  44.81 
 
 		 245 aa  175  8e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000341805 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2796  RNA methyltransferase  41.39 
 
 		 242 aa  175  9.999999999999999e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.125421  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1003  RNA methyltransferase TrmH, group 3  40.98 
 
 		 261 aa  175  9.999999999999999e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.60779  normal  0.0289199 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0753  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  44.81 
 
 		 246 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0205206  hitchhiker  0.000134961 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2230  RNA methyltransferase  43.9 
 
 		 245 aa  172  5e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329348  normal  0.0204347 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2022  RNA methyltransferase TrmH, group 3  41.47 
 
 		 246 aa  170  3e-41  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4711  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  43.09 
 
 		 243 aa  170  3e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0116  RNA methyltransferase TrmH family, group 3  39.42 
 
 		 238 aa  170  4e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.328344  normal  0.298059 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>