55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3075 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3075  RNA methyltransferase  100 
 
 		 203 aa  417  1e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1473  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  89.05 
 
 		 202 aa  374  1e-103  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.137824  normal  0.253583 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1485  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  88.06 
 
 		 202 aa  360  6e-99  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0129545  normal  0.548122 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1420  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  88.06 
 
 		 202 aa  360  6e-99  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0134713  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2748  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  77.78 
 
 		 254 aa  297  8e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.20465  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1611  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  77.78 
 
 		 249 aa  296  1e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00050624  normal  0.825884 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2842  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  77.78 
 
 		 254 aa  295  2e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.002241  decreased coverage  0.0000781436 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2447  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  70.62 
 
 		 257 aa  294  6e-79  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000932167  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2765  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  77.17 
 
 		 241 aa  293  1e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000737812  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2663  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  70.06 
 
 		 180 aa  254  6e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.299064  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1541  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  67.03 
 
 		 200 aa  253  1.0000000000000001e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.145291  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1642  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  68.54 
 
 		 177 aa  245  4e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00428557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2584  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  69.14 
 
 		 174 aa  242  3e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3013  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  70.11 
 
 		 177 aa  242  3e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0108117  normal  0.339909 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2412  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  64.2 
 
 		 174 aa  226  1e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0294882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1568  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  57.38 
 
 		 176 aa  214  9e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000175269 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3418  hypothetical protein  57.3 
 
 		 177 aa  212  2.9999999999999995e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0544122 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0754  rRNA methylase (SpoU_methylase)  57.47 
 
 		 171 aa  204  5e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2719  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.89 
 
 		 175 aa  204  1e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.159423 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01885  putative cold-shock RNA methyltransferase  55.68 
 
 		 182 aa  202  2e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4113  RNA methyltransferase  53.59 
 
 		 194 aa  200  9e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0567  putative rRNA methylase  51.43 
 
 		 170 aa  185  4e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.96226  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07014  23S rRNA methyltransferase  51.12 
 
 		 175 aa  182  3e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2233  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.27 
 
 		 198 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.237391  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1287  putative RNA methyltransferase  58.87 
 
 		 152 aa  177  1e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000276682  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1395  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  58.87 
 
 		 178 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.502759  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3916  hypothetical protein  58.16 
 
 		 165 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.919251  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1569  hypothetical protein  58.16 
 
 		 166 aa  171  5e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.702393  hitchhiker  0.00445287 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4108  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  56.03 
 
 		 156 aa  167  9e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1304  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.32 
 
 		 156 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4585  RNA methyltransferase  53.9 
 
 		 156 aa  163  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3116  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.92 
 
 		 164 aa  162  2.0000000000000002e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2330  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.29 
 
 		 162 aa  155  3e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.18358  hitchhiker  0.00000314878 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3894  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.76 
 
 		 133 aa  143  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01575  hypothetical protein  31.21 
 
 		 153 aa  84.7  9e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0026  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.81 
 
 		 178 aa  83.6  0.000000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3896  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.21 
 
 		 152 aa  77.4  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3372  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.71 
 
 		 203 aa  67.4  0.0000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.212963  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_88222  predicted protein  27.27 
 
 		 311 aa  59.7  0.00000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0289002 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21660  rRNA methylase  31.34 
 
 		 271 aa  50.1  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2067  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  26.79 
 
 		 326 aa  49.3  0.00003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3506  RNA methyltransferase  29.82 
 
 		 240 aa  48.1  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.899672 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04831  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  22.06 
 
 		 224 aa  45.8  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0411  RNA methyltransferase  24.26 
 
 		 249 aa  45.8  0.0004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1443  RNA methyltransferase  22.79 
 
 		 258 aa  45.4  0.0006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3859  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  27.71 
 
 		 267 aa  44.3  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.119823  normal  0.0729978 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05145  putative SpoU rRNA methylase family protein  25.88 
 
 		 178 aa  43.5  0.002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4596  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  21.01 
 
 		 165 aa  43.5  0.002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.362437  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1004  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.06 
 
 		 188 aa  43.5  0.002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0262  RNA methyltransferase  25.33 
 
 		 243 aa  43.5  0.002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000000295307  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0050  RNA methyltransferase  24.64 
 
 		 262 aa  43.5  0.002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5505  putative tRNA/rRNA methyltransferase  25.66 
 
 		 186 aa  43.1  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.121467  normal  0.0712484 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2375  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.54 
 
 		 186 aa  42.4  0.005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00412579  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0418  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  21.6 
 
 		 223 aa  42  0.007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1365  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.49 
 
 		 225 aa  41.6  0.009  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>