91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4108 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4108  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  100 
 
 		 156 aa  323  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1304  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  99.36 
 
 		 156 aa  322  1e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4585  RNA methyltransferase  98.08 
 
 		 156 aa  320  4e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1395  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  84.62 
 
 		 178 aa  288  3e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.502759  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3916  hypothetical protein  83.87 
 
 		 165 aa  285  1e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.919251  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1569  hypothetical protein  83.23 
 
 		 166 aa  284  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.702393  hitchhiker  0.00445287 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3894  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  96.99 
 
 		 133 aa  269  1e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1287  putative RNA methyltransferase  70.34 
 
 		 152 aa  226  7e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000276682  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3116  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  70.92 
 
 		 164 aa  226  1e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01885  putative cold-shock RNA methyltransferase  58.9 
 
 		 182 aa  189  9e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3418  hypothetical protein  53.29 
 
 		 177 aa  178  2.9999999999999997e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0544122 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0754  rRNA methylase (SpoU_methylase)  55.33 
 
 		 171 aa  171  5e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2233  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.86 
 
 		 198 aa  170  6.999999999999999e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.237391  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2584  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.85 
 
 		 174 aa  169  2e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1568  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  49.68 
 
 		 176 aa  167  4e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000175269 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3075  RNA methyltransferase  56.03 
 
 		 203 aa  167  5e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0567  putative rRNA methylase  56.46 
 
 		 170 aa  167  7e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.96226  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07014  23S rRNA methyltransferase  55.03 
 
 		 175 aa  166  1e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2412  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.3 
 
 		 174 aa  165  2e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0294882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1642  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.3 
 
 		 177 aa  165  2e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00428557  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1473  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.52 
 
 		 202 aa  162  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.137824  normal  0.253583 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1420  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.52 
 
 		 202 aa  161  3e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0134713  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1485  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.52 
 
 		 202 aa  161  3e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0129545  normal  0.548122 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2663  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.23 
 
 		 180 aa  158  2e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.299064  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2748  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.45 
 
 		 254 aa  157  6e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.20465  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1611  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.45 
 
 		 249 aa  157  7e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00050624  normal  0.825884 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1541  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.66 
 
 		 200 aa  156  8e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.145291  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2765  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.82 
 
 		 241 aa  156  8e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000737812  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2447  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.82 
 
 		 257 aa  156  8e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000932167  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2842  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.82 
 
 		 254 aa  156  9e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.002241  decreased coverage  0.0000781436 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4113  RNA methyltransferase  49.06 
 
 		 194 aa  155  1e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2719  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.03 
 
 		 175 aa  154  4e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.159423 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3013  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.03 
 
 		 177 aa  154  4e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0108117  normal  0.339909 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2330  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.72 
 
 		 162 aa  153  8e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.18358  hitchhiker  0.00000314878 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0026  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.33 
 
 		 178 aa  84.7  4e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3896  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.86 
 
 		 152 aa  78.2  0.00000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_88222  predicted protein  32.64 
 
 		 311 aa  78.2  0.00000000000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0289002 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01575  hypothetical protein  34.06 
 
 		 153 aa  74.7  0.0000000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3372  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.03 
 
 		 203 aa  73.6  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.212963  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2449  tRNA/rRNA methyltransferase  29.41 
 
 		 227 aa  50.8  0.000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1323  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.32 
 
 		 266 aa  49.7  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.411274  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6933  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25.34 
 
 		 235 aa  48.5  0.00004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0493  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.26 
 
 		 214 aa  48.1  0.00005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.490005 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0482  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.26 
 
 		 214 aa  48.1  0.00005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0663  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.08 
 
 		 214 aa  47.4  0.00007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.509405 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2133  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.21 
 
 		 176 aa  47.4  0.00007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.482713  normal  0.100378 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0471  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.54 
 
 		 214 aa  47  0.00009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4172  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.84 
 
 		 212 aa  47  0.00009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.541165  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3914  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.03 
 
 		 250 aa  47  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0187406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2421  RNA methyltransferase  27.27 
 
 		 262 aa  45.8  0.0002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000000262628  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3271  RNA methyltransferase  27.27 
 
 		 262 aa  45.8  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000000025266  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2040  RNA methyltransferase  27.27 
 
 		 262 aa  45.8  0.0002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000808188  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1158  RNA methyltransferase  26.19 
 
 		 291 aa  45.8  0.0002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.357934  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2477  RNA methyltransferase  27.27 
 
 		 262 aa  45.8  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0109767  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1312  RNA methyltransferase  27.27 
 
 		 262 aa  45.8  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.0000359271  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3469  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU) family protein  23.23 
 
 		 161 aa  46.2  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.029361 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2042  RNA methyltransferase  27.27 
 
 		 281 aa  46.2  0.0002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000542367  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2567  RNA methyltransferase  27.27 
 
 		 281 aa  45.8  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.379619  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1540  RNA methyltransferase  27.27 
 
 		 262 aa  45.8  0.0002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00191583  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1196  RNA methyltransferase  26.19 
 
 		 276 aa  45.8  0.0002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4596  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  22.39 
 
 		 165 aa  44.7  0.0004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.362437  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10385  RNA methyltransferase  30.97 
 
 		 220 aa  45.1  0.0004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  1.85641e-18  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1443  RNA methyltransferase  22.14 
 
 		 258 aa  44.7  0.0004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28928  predicted protein  23.53 
 
 		 207 aa  44.7  0.0006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.145159  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0678  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.27 
 
 		 207 aa  44.3  0.0007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.435122  normal  0.171519 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0242  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.43 
 
 		 215 aa  43.5  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2423  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25.81 
 
 		 254 aa  43.1  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.217183 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13158  SpoU rRNA methylase family protein  22.7 
 
 		 171 aa  43.1  0.002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.153077  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1346  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25 
 
 		 152 aa  42.7  0.002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.202952  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38470  rRNA methylase  27.01 
 
 		 238 aa  42.7  0.002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1550  RNA methyltransferase  25.47 
 
 		 244 aa  42.4  0.003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0671761  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0599  rRNA methylase  29.3 
 
 		 292 aa  42.4  0.003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.441965  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5159  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25.18 
 
 		 224 aa  42  0.003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0463  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.82 
 
 		 256 aa  42  0.003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.74203  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0491  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25.55 
 
 		 180 aa  42  0.004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0146  RNA methylase  23.61 
 
 		 176 aa  42  0.004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25750  rRNA methylase  28 
 
 		 208 aa  41.6  0.004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35250  rRNA methylase  27.19 
 
 		 237 aa  40.8  0.006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.925094 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4249  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.4 
 
 		 266 aa  40.8  0.006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0580338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1721  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25.69 
 
 		 178 aa  40.8  0.007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0941  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.63 
 
 		 250 aa  40.8  0.007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2440  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  23.2 
 
 		 275 aa  40.8  0.007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0504626  normal  0.0195288 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0733  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25.62 
 
 		 207 aa  40.8  0.008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.329217 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1965  putative tRNA/rRNA methyltransferase protein  25.56 
 
 		 261 aa  40.4  0.009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0643373  normal  0.65625 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21660  rRNA methylase  27.01 
 
 		 271 aa  40.4  0.009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00387  tRNA/rRNA methyltransferase  34.12 
 
 		 228 aa  40.4  0.009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.344075  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6073  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  23.94 
 
 		 260 aa  40.4  0.01  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.389176  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0441  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  26.75 
 
 		 248 aa  40.4  0.01  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2004  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  23.94 
 
 		 260 aa  40.4  0.01  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1697  putative RNA methylase  23.2 
 
 		 275 aa  40.4  0.01  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.595538 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2024  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  23.94 
 
 		 260 aa  40.4  0.01  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.146805  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>