57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_01885 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_01885  putative cold-shock RNA methyltransferase  100 
 
 		 182 aa  377  1e-104  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1473  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  56.82 
 
 		 202 aa  205  3e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.137824  normal  0.253583 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1420  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.68 
 
 		 202 aa  203  9e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0134713  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1485  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.68 
 
 		 202 aa  203  9e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0129545  normal  0.548122 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3075  RNA methyltransferase  55.68 
 
 		 203 aa  202  2e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2663  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.62 
 
 		 180 aa  195  2.0000000000000003e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.299064  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2748  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.81 
 
 		 254 aa  194  6e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.20465  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1642  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.07 
 
 		 177 aa  194  8.000000000000001e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00428557  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1611  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.81 
 
 		 249 aa  194  8.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00050624  normal  0.825884 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2584  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.82 
 
 		 174 aa  194  8.000000000000001e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2842  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.81 
 
 		 254 aa  193  1e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.002241  decreased coverage  0.0000781436 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1541  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  57.49 
 
 		 200 aa  193  1e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.145291  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2765  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.52 
 
 		 241 aa  192  2e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000737812  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2447  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.89 
 
 		 257 aa  191  4e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000932167  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2412  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.89 
 
 		 174 aa  191  4e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0294882  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4585  RNA methyltransferase  58.9 
 
 		 156 aa  190  8e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4108  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  58.9 
 
 		 156 aa  189  1e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3916  hypothetical protein  60.87 
 
 		 165 aa  190  1e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.919251  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2233  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.39 
 
 		 198 aa  189  2e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.237391  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1304  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  58.9 
 
 		 156 aa  189  2e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1569  hypothetical protein  60.14 
 
 		 166 aa  188  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.702393  hitchhiker  0.00445287 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1395  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  60.14 
 
 		 178 aa  188  4e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.502759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1568  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.49 
 
 		 176 aa  187  9e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000175269 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0754  rRNA methylase (SpoU_methylase)  55.83 
 
 		 171 aa  186  1e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1287  putative RNA methyltransferase  57.34 
 
 		 152 aa  184  7e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000276682  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3418  hypothetical protein  53.42 
 
 		 177 aa  181  6e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0544122 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3116  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.23 
 
 		 164 aa  180  1e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2719  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  49.11 
 
 		 175 aa  174  5e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.159423 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3013  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.81 
 
 		 177 aa  169  2e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0108117  normal  0.339909 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3894  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  60.16 
 
 		 133 aa  168  4e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4113  RNA methyltransferase  44.56 
 
 		 194 aa  168  4e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07014  23S rRNA methyltransferase  48.77 
 
 		 175 aa  164  5.9999999999999996e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0567  putative rRNA methylase  48.77 
 
 		 170 aa  162  2.0000000000000002e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.96226  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2330  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.86 
 
 		 162 aa  152  2.9999999999999998e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.18358  hitchhiker  0.00000314878 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_88222  predicted protein  34.81 
 
 		 311 aa  86.7  2e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0289002 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0026  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.56 
 
 		 178 aa  85.5  4e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3896  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.51 
 
 		 152 aa  84  0.000000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3372  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.88 
 
 		 203 aa  81.6  0.000000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.212963  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01575  hypothetical protein  29.5 
 
 		 153 aa  72.4  0.000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3469  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU) family protein  24.39 
 
 		 161 aa  49.3  0.00003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.029361 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0491  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25.68 
 
 		 180 aa  48.1  0.00006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13158  SpoU rRNA methylase family protein  23.81 
 
 		 171 aa  47.8  0.0001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.153077  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0003  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  27.33 
 
 		 250 aa  47  0.0002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3250  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.27 
 
 		 254 aa  45.8  0.0004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04831  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  20.78 
 
 		 224 aa  45.1  0.0005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1097  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  23.53 
 
 		 180 aa  45.1  0.0006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.734552  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5505  putative tRNA/rRNA methyltransferase  24.66 
 
 		 186 aa  45.1  0.0006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.121467  normal  0.0712484 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1208  rRNA methylase  27.16 
 
 		 282 aa  43.9  0.001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2170  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  22.7 
 
 		 202 aa  43.9  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.904611 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1411  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  22.7 
 
 		 180 aa  43.1  0.002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000159184  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0696  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  41.3 
 
 		 248 aa  42.7  0.003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0418  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  19.44 
 
 		 223 aa  42.7  0.003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2117  RNA methyltransferase TrmH, group 1  24.57 
 
 		 239 aa  42  0.005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3141  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  21.21 
 
 		 187 aa  41.6  0.006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0906  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  22.15 
 
 		 196 aa  41.2  0.007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00000238079  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0405  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  26.95 
 
 		 254 aa  41.2  0.008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0083776  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04731  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  20.13 
 
 		 223 aa  41.2  0.009  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.0125765  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>