More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3469 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_3469  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU) family protein  100 
 
 
161 aa  333  7e-91  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.029361 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28928  predicted protein  39.86 
 
 
207 aa  95.1  4e-19  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.145159  n/a   
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_12053  predicted protein  34.44 
 
 
169 aa  82.4  0.000000000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00023289  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38470  rRNA methylase  28.3 
 
 
238 aa  81.6  0.000000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0482  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.93 
 
 
214 aa  79.7  0.00000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0493  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.93 
 
 
214 aa  79.7  0.00000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.490005 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0663  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.22 
 
 
214 aa  80.1  0.00000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.509405 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02030  rRNA methylase  28.17 
 
 
234 aa  79.3  0.00000000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0733  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.08 
 
 
207 aa  79  0.00000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.329217 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0471  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.2 
 
 
214 aa  79  0.00000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5159  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.78 
 
 
224 aa  78.2  0.00000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0678  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.17 
 
 
207 aa  77  0.0000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.435122  normal  0.171519 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1381  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.77 
 
 
181 aa  76.6  0.0000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0242  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.59 
 
 
215 aa  76.6  0.0000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1097  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.07 
 
 
180 aa  74.7  0.0000000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.734552  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0657  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.13 
 
 
229 aa  75.1  0.0000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0504  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.29 
 
 
232 aa  74.7  0.0000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10385  RNA methyltransferase  28.06 
 
 
220 aa  73.9  0.0000000000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  1.85641e-18  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1411  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.62 
 
 
180 aa  72.4  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000159184  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3982  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  24.32 
 
 
213 aa  71.6  0.000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.549052  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4394  RNA methyltransferase  26.95 
 
 
248 aa  69.7  0.00000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.528228  normal  0.180351 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3458  RNA methyltransferase  27.33 
 
 
252 aa  70.5  0.00000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0336691 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1901  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.95 
 
 
175 aa  69.7  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4068  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.46 
 
 
225 aa  69.7  0.00000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.640405  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25750  rRNA methylase  28.35 
 
 
208 aa  68.9  0.00000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4172  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.78 
 
 
212 aa  68.6  0.00000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.541165  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3914  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25.78 
 
 
250 aa  68.6  0.00000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0187406  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35250  rRNA methylase  32.54 
 
 
237 aa  68.6  0.00000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.925094 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0517  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.56 
 
 
224 aa  68.2  0.00000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1170  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.03 
 
 
179 aa  67.8  0.00000000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000601734  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1205  SpoU rRNA methylase family protein  30.56 
 
 
182 aa  67  0.0000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000205197  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2003  tRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  26.25 
 
 
224 aa  67  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2133  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.9 
 
 
176 aa  66.6  0.0000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.482713  normal  0.100378 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1157  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.76 
 
 
180 aa  66.2  0.0000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2835  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.61 
 
 
277 aa  65.9  0.0000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13158  SpoU rRNA methylase family protein  29.8 
 
 
171 aa  66.6  0.0000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.153077  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2449  tRNA/rRNA methyltransferase  25.78 
 
 
227 aa  65.5  0.0000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0848  RNA methyltransferase  25.66 
 
 
247 aa  65.5  0.0000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000264025  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4596  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.01 
 
 
165 aa  65.1  0.0000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.362437  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0597  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  26.85 
 
 
250 aa  63.9  0.0000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00512531  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2423  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.78 
 
 
254 aa  63.5  0.000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.217183 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3501  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  27.52 
 
 
234 aa  63.5  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2650  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.21 
 
 
254 aa  62.4  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00276989  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0784  RNA methyltransferase  26.06 
 
 
180 aa  63.2  0.000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.632748  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0817  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  23.49 
 
 
219 aa  62.8  0.000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5505  putative tRNA/rRNA methyltransferase  30.28 
 
 
186 aa  63.2  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.121467  normal  0.0712484 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1061  23S rRNA Gm2251 methyltransferase  25.5 
 
 
270 aa  62.8  0.000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0715  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  23.78 
 
 
205 aa  62.4  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3641  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25.78 
 
 
222 aa  62.4  0.000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.89326 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0953  RNA methyltransferase  25.5 
 
 
270 aa  62.8  0.000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2730  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  25.87 
 
 
255 aa  61.6  0.000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.751116  n/a   
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_27615  predicted protein  23.33 
 
 
318 aa  61.6  0.000000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.572712  decreased coverage  0.00312462 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1677  RNA methyltransferase  30.28 
 
 
251 aa  61.6  0.000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.756814  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1443  RNA methyltransferase  26.85 
 
 
258 aa  61.2  0.000000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3773  RNA methyltransferase  29.33 
 
 
246 aa  61.2  0.000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3250  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.22 
 
 
254 aa  61.2  0.000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0221  RNA methyltransferase  28.57 
 
 
226 aa  60.8  0.000000007  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0720  RNA methyltransferase  31.65 
 
 
246 aa  60.8  0.000000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.186553  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5337  RNA methyltransferase  19.87 
 
 
314 aa  60.8  0.000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1828  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  26.71 
 
 
264 aa  60.5  0.00000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1003  RNA methyltransferase TrmH, group 3  24.16 
 
 
261 aa  60.1  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.60779  normal  0.0289199 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0906  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  24.39 
 
 
196 aa  60.5  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00000238079  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0086  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  22.52 
 
 
244 aa  60.5  0.00000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1336  RNA methyltransferase  23.08 
 
 
293 aa  60.1  0.00000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.875783 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0766  hypothetical protein  28.29 
 
 
177 aa  60.1  0.00000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1799  tRNA/rRNA methyltransferase SpoU  30.71 
 
 
184 aa  60.1  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.823319  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1447  RNA methyltransferase  21.62 
 
 
314 aa  60.5  0.00000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.812422 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2629  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  27.91 
 
 
387 aa  59.3  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.821515 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1087  SpoU rRNA methylase family protein  27.33 
 
 
184 aa  59.3  0.00000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0491  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25.69 
 
 
180 aa  59.3  0.00000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf131  SpoU class tRNA/rRNA methyltransferase  25.85 
 
 
229 aa  59.3  0.00000002  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2970  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.82 
 
 
219 aa  59.3  0.00000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.81928  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2285  TrmA family RNA methyltransferase  25.56 
 
 
323 aa  59.3  0.00000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.240402  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2876  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  25.71 
 
 
201 aa  58.9  0.00000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1867  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  25.17 
 
 
246 aa  58.9  0.00000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1356  RNA methyltransferase TrmH, group 3  26.24 
 
 
250 aa  58.5  0.00000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000394989  hitchhiker  8.416419999999999e-20 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2352  putative tRNA/rRNA methyltransferase YacO  25 
 
 
248 aa  58.5  0.00000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.177652  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1721  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.15 
 
 
178 aa  58.9  0.00000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0332  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  26 
 
 
231 aa  58.9  0.00000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.124649 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1559  RNA methyltransferase  25.55 
 
 
281 aa  58.5  0.00000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12965  normal  0.228384 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1221  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.62 
 
 
258 aa  58.2  0.00000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000766628  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05145  putative SpoU rRNA methylase family protein  24.48 
 
 
178 aa  58.5  0.00000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0208  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  23.29 
 
 
269 aa  58.5  0.00000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.335988  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3084  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  25 
 
 
234 aa  58.5  0.00000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4797  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.21 
 
 
178 aa  58.2  0.00000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00908011 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4352  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.46 
 
 
219 aa  58.2  0.00000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2170  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  23.57 
 
 
202 aa  58.5  0.00000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.904611 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05640  rRNA methylase  24.44 
 
 
235 aa  58.2  0.00000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.480906  normal  0.641593 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl088  rRNA methylase  23.94 
 
 
242 aa  58.2  0.00000005  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1336  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  26.95 
 
 
249 aa  58.2  0.00000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000822091 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2692  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  26.24 
 
 
252 aa  58.2  0.00000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.107399  normal  0.310165 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1765  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  29.45 
 
 
271 aa  58.2  0.00000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.560778  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2796  RNA methyltransferase  25.33 
 
 
242 aa  58.2  0.00000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.125421  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0808  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.95 
 
 
251 aa  57.8  0.00000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0514  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25.35 
 
 
176 aa  57.8  0.00000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1756  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  24.34 
 
 
229 aa  57.8  0.00000007  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1942  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25.17 
 
 
221 aa  57.8  0.00000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0337713  normal  0.0831069 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1016  RNA methyltransferase  29.29 
 
 
234 aa  57.8  0.00000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0125  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  22.6 
 
 
268 aa  57.4  0.00000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.903054  normal  0.365569 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0183  RNA methyltransferase  22.6 
 
 
268 aa  57.4  0.00000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>