More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_0504 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_0504  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  100 
 
 
232 aa  468  1.0000000000000001e-131  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4068  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  72.05 
 
 
225 aa  304  9.000000000000001e-82  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.640405  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5159  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  70.04 
 
 
224 aa  301  4.0000000000000003e-81  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3982  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  72.55 
 
 
213 aa  291  4e-78  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.549052  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10385  RNA methyltransferase  67.73 
 
 
220 aa  290  1e-77  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  1.85641e-18  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38470  rRNA methylase  69.09 
 
 
238 aa  288  4e-77  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0471  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  65 
 
 
214 aa  280  2e-74  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0482  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  65.45 
 
 
214 aa  278  4e-74  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0493  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  65.45 
 
 
214 aa  278  4e-74  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.490005 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02030  rRNA methylase  67.49 
 
 
234 aa  278  7e-74  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0715  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  68.5 
 
 
205 aa  277  1e-73  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2449  tRNA/rRNA methyltransferase  69.5 
 
 
227 aa  268  4e-71  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3641  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  69.95 
 
 
222 aa  262  3e-69  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.89326 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0663  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  64.09 
 
 
214 aa  259  2e-68  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.509405 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0242  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  62.27 
 
 
215 aa  257  9e-68  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3914  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  68.84 
 
 
250 aa  254  1.0000000000000001e-66  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0187406  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0678  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  69.35 
 
 
207 aa  251  7e-66  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.435122  normal  0.171519 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35250  rRNA methylase  61.43 
 
 
237 aa  250  1e-65  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.925094 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0733  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  68.34 
 
 
207 aa  249  3e-65  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.329217 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0517  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  65 
 
 
224 aa  247  1e-64  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0657  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  64.19 
 
 
229 aa  245  3e-64  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4172  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  65 
 
 
212 aa  242  3.9999999999999997e-63  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.541165  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25750  rRNA methylase  62.87 
 
 
208 aa  236  2e-61  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4352  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  63.64 
 
 
219 aa  234  1.0000000000000001e-60  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2423  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  57.28 
 
 
254 aa  221  7e-57  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.217183 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2970  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  64.4 
 
 
219 aa  219  3.9999999999999997e-56  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.81928  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0099  RNA methyltransferase, TrmH family  44.86 
 
 
268 aa  212  3.9999999999999995e-54  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.167605 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3143  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  56.59 
 
 
283 aa  208  4e-53  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.343302  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05640  rRNA methylase  57.14 
 
 
235 aa  201  9.999999999999999e-51  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.480906  normal  0.641593 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1208  rRNA methylase  46.69 
 
 
282 aa  199  3e-50  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3469  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU) family protein  28.29 
 
 
161 aa  74.7  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.029361 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3524  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.33 
 
 
247 aa  72.8  0.000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4596  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25.81 
 
 
165 aa  68.2  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.362437  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1972  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  24.54 
 
 
197 aa  64.3  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0293079 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0038  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  26.25 
 
 
230 aa  64.7  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0042  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  26.25 
 
 
230 aa  64.7  0.000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4179  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  25.66 
 
 
219 aa  62  0.000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4870  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  25.71 
 
 
231 aa  62  0.000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0115429 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0088  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  26.38 
 
 
229 aa  61.2  0.00000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00157  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  25.83 
 
 
235 aa  60.5  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0050  RNA methyltransferase  28.3 
 
 
262 aa  60.8  0.00000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3388  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.93 
 
 
237 aa  60.8  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0146  RNA methylase  24.68 
 
 
176 aa  60.5  0.00000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4148  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  26.32 
 
 
230 aa  60.1  0.00000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1528  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.35 
 
 
220 aa  59.7  0.00000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.16942  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3862  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  25.61 
 
 
229 aa  59.3  0.00000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03508  tRNA (Guanosine-2'-O-)-methyltransferase  25.61 
 
 
229 aa  59.3  0.00000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0054  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  25.61 
 
 
229 aa  59.3  0.00000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4102  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  26.09 
 
 
229 aa  59.3  0.00000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4413  RNA methyltransferase TrmH, group 3  26.7 
 
 
327 aa  59.3  0.00000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5023  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  25.61 
 
 
229 aa  59.3  0.00000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3334  putative methyltransferase  29.33 
 
 
382 aa  59.3  0.00000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4154  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  25.61 
 
 
229 aa  59.3  0.00000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3490  putative methyltransferase  30.14 
 
 
383 aa  59.3  0.00000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03460  hypothetical protein  25.61 
 
 
229 aa  59.3  0.00000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0060  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  25.61 
 
 
229 aa  59.3  0.00000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000232977 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0053  tRNA/rRNA methyltransferase  25.17 
 
 
218 aa  59.3  0.00000005  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3986  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  25.61 
 
 
229 aa  58.9  0.00000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11883  spoU protein (spoU)  24.38 
 
 
238 aa  58.9  0.00000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0766  hypothetical protein  25.5 
 
 
177 aa  57.8  0.0000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28928  predicted protein  28.37 
 
 
207 aa  57.8  0.0000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.145159  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3951  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  25.61 
 
 
230 aa  57.8  0.0000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.545722  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3066  putative methyltransferase  31.51 
 
 
365 aa  57  0.0000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000260678 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0856  putative methyltransferase  30.14 
 
 
397 aa  56.6  0.0000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.972031  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1838  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.43 
 
 
260 aa  57  0.0000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.525329  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3896  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.07 
 
 
152 aa  57  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1381  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.3 
 
 
181 aa  56.2  0.0000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0006  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  23.78 
 
 
180 aa  56.2  0.0000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.124143  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2249  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  24.86 
 
 
234 aa  56.2  0.0000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4023  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  24.54 
 
 
229 aa  56.2  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.608794  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3951  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  24.54 
 
 
229 aa  56.2  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.339816  normal  0.0254174 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3960  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  24.54 
 
 
229 aa  55.8  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4130  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  24.54 
 
 
229 aa  55.8  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4069  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  24.54 
 
 
229 aa  56.2  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.351215  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1097  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  24.68 
 
 
180 aa  55.5  0.0000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.734552  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1411  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25.79 
 
 
180 aa  55.1  0.0000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000159184  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0784  RNA methyltransferase  25.17 
 
 
180 aa  54.7  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.632748  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3203  putative methyltransferase  27.01 
 
 
395 aa  54.3  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3340  putative methyltransferase  27.01 
 
 
388 aa  54.3  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.187439  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3501  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  25.16 
 
 
234 aa  55.1  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05145  putative SpoU rRNA methylase family protein  25 
 
 
178 aa  55.1  0.000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2160  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.58 
 
 
256 aa  54.3  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4212  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  23.03 
 
 
230 aa  53.9  0.000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5009  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  20.36 
 
 
220 aa  54.3  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2133  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25.66 
 
 
176 aa  53.9  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.482713  normal  0.100378 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1198  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  26.32 
 
 
224 aa  53.5  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2170  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  25.77 
 
 
202 aa  53.9  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.904611 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0453  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.08 
 
 
243 aa  54.3  0.000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2285  TrmA family RNA methyltransferase  26.95 
 
 
323 aa  53.9  0.000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.240402  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4797  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  24.39 
 
 
178 aa  53.5  0.000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00908011 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12700  rRNA methylase, putative, group 3  32.28 
 
 
320 aa  53.5  0.000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3462  putative methyltransferase  27.01 
 
 
388 aa  53.1  0.000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.819699  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3745  putative methyltransferase  28.9 
 
 
366 aa  53.5  0.000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.319573  normal  0.284023 
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_12053  predicted protein  24.68 
 
 
169 aa  53.1  0.000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00023289  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3136  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  25.29 
 
 
276 aa  52.8  0.000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4495  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  22.37 
 
 
230 aa  52.8  0.000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01575  hypothetical protein  28.87 
 
 
153 aa  53.1  0.000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0817  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  24.34 
 
 
219 aa  52.8  0.000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1205  SpoU rRNA methylase family protein  25.33 
 
 
182 aa  52.4  0.000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000205197  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4179  tRNA/rRNA methyltransferase, SpoU  29.45 
 
 
225 aa  52.8  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0240712  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>