More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_3914 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_3914  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  100 
 
 
250 aa  506  9.999999999999999e-143  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0187406  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2449  tRNA/rRNA methyltransferase  85.57 
 
 
227 aa  340  2e-92  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3982  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  76 
 
 
213 aa  306  2.0000000000000002e-82  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.549052  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0715  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  72.36 
 
 
205 aa  302  3.0000000000000004e-81  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02030  rRNA methylase  71.5 
 
 
234 aa  300  2e-80  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38470  rRNA methylase  68.37 
 
 
238 aa  289  2e-77  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0657  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  66.39 
 
 
229 aa  289  3e-77  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0517  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  72.14 
 
 
224 aa  289  4e-77  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4172  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  72 
 
 
212 aa  276  2e-73  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.541165  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0733  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  67.48 
 
 
207 aa  274  1.0000000000000001e-72  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.329217 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0504  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  68.84 
 
 
232 aa  272  4.0000000000000004e-72  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5159  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  68.21 
 
 
224 aa  272  4.0000000000000004e-72  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0678  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  68.69 
 
 
207 aa  270  1e-71  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.435122  normal  0.171519 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4068  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  63.84 
 
 
225 aa  264  8.999999999999999e-70  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.640405  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4352  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  70.71 
 
 
219 aa  260  1e-68  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25750  rRNA methylase  66.18 
 
 
208 aa  257  1e-67  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3641  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  67.49 
 
 
222 aa  256  4e-67  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.89326 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05640  rRNA methylase  65.07 
 
 
235 aa  254  1.0000000000000001e-66  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.480906  normal  0.641593 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10385  RNA methyltransferase  63.21 
 
 
220 aa  252  5.000000000000001e-66  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  1.85641e-18  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0482  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  62.18 
 
 
214 aa  250  1e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0493  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  62.18 
 
 
214 aa  250  1e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.490005 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0471  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  61.14 
 
 
214 aa  248  5e-65  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2423  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  57.51 
 
 
254 aa  246  3e-64  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.217183 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35250  rRNA methylase  61.31 
 
 
237 aa  244  9.999999999999999e-64  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.925094 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2970  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  65.97 
 
 
219 aa  239  2e-62  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.81928  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0663  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  60.62 
 
 
214 aa  234  7e-61  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.509405 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0242  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  61.66 
 
 
215 aa  234  1.0000000000000001e-60  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3143  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  59.24 
 
 
283 aa  229  3e-59  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.343302  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0099  RNA methyltransferase, TrmH family  44.27 
 
 
268 aa  204  1e-51  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.167605 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1208  rRNA methylase  44.19 
 
 
282 aa  185  6e-46  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28928  predicted protein  31.62 
 
 
207 aa  76.6  0.0000000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.145159  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0125  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  33.11 
 
 
268 aa  75.5  0.0000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.903054  normal  0.365569 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0183  RNA methyltransferase  33.56 
 
 
268 aa  75.5  0.0000000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3469  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU) family protein  24.65 
 
 
161 aa  75.1  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.029361 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0208  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  33.56 
 
 
269 aa  74.7  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.335988  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1972  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.33 
 
 
197 aa  73.6  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0293079 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0974  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  31.68 
 
 
316 aa  69.3  0.00000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0793749  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4596  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.93 
 
 
165 aa  68.9  0.00000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.362437  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3524  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.03 
 
 
247 aa  68.2  0.0000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_12053  predicted protein  26.11 
 
 
169 aa  67.4  0.0000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00023289  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1381  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.48 
 
 
181 aa  66.6  0.0000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2285  TrmA family RNA methyltransferase  28.24 
 
 
323 aa  65.9  0.0000000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.240402  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05145  putative SpoU rRNA methylase family protein  29.24 
 
 
178 aa  64.7  0.000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0766  hypothetical protein  28.29 
 
 
177 aa  64.7  0.000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2905  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.07 
 
 
268 aa  64.3  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.529691  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1559  RNA methyltransferase  33.8 
 
 
281 aa  64.3  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12965  normal  0.228384 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1097  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.85 
 
 
180 aa  64.3  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.734552  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4413  RNA methyltransferase TrmH, group 3  28.24 
 
 
327 aa  63.5  0.000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1346  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  30.17 
 
 
331 aa  63.5  0.000000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00762958 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0672  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  34.64 
 
 
333 aa  63.5  0.000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.927716  hitchhiker  0.000812989 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1473  rRNA methylase  33.33 
 
 
330 aa  63.2  0.000000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12700  rRNA methylase, putative, group 3  35.17 
 
 
320 aa  62.4  0.000000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2060  RNA methyltransferase  27.56 
 
 
277 aa  62.4  0.000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5337  RNA methyltransferase  31.74 
 
 
314 aa  62  0.000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4216  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.07 
 
 
259 aa  61.6  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.1027  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1528  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.1 
 
 
220 aa  61.2  0.00000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.16942  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0146  RNA methylase  25.29 
 
 
176 aa  61.6  0.00000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4924  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  30.09 
 
 
326 aa  61.6  0.00000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0848  RNA methyltransferase  27.71 
 
 
247 aa  60.8  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000264025  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1205  SpoU rRNA methylase family protein  28.03 
 
 
182 aa  60.8  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000205197  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2133  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.57 
 
 
176 aa  60.5  0.00000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.482713  normal  0.100378 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1411  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.09 
 
 
180 aa  60.5  0.00000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000159184  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03770  rRNA methylase, putative, group 3  29.81 
 
 
323 aa  60.1  0.00000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.1456 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10311  RNA methyltransferase TrmH, group 3  27.27 
 
 
349 aa  60.1  0.00000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.988579  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3354  RNA methyltransferase  25.85 
 
 
288 aa  59.7  0.00000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.454426 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0971  rRNA methylase-like protein  31.41 
 
 
322 aa  59.7  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0912  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.95 
 
 
321 aa  59.7  0.00000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0472746 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5009  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  22.58 
 
 
220 aa  58.9  0.00000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0606  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  34.9 
 
 
324 aa  58.9  0.00000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.158472  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3641  RNA methyltransferase TrmH, group 3  26.49 
 
 
275 aa  58.9  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.179566  normal  0.181036 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0507  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  31.33 
 
 
322 aa  58.5  0.00000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533536  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0784  RNA methyltransferase  27.59 
 
 
180 aa  58.5  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.632748  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2629  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  24.29 
 
 
387 aa  58.2  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.821515 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09101  RNA methyltransferase TrmH, group 3  27.78 
 
 
334 aa  57.8  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0712  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  30.86 
 
 
306 aa  57.4  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2170  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  26.32 
 
 
202 aa  57.4  0.0000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.904611 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1721  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  24.71 
 
 
178 aa  57.4  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11883  spoU protein (spoU)  24.52 
 
 
238 aa  57.8  0.0000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13612  tRNA/rRNA methyltransferase  31.69 
 
 
322 aa  57.8  0.0000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.288349 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2375  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.79 
 
 
186 aa  57  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00412579  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1087  SpoU rRNA methylase family protein  26.14 
 
 
184 aa  57  0.0000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1810  tRNA/rRNA metyltransferase  28.97 
 
 
293 aa  57  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4870  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  25.16 
 
 
231 aa  56.2  0.0000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0115429 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4020  RNA methyltransferase  33.77 
 
 
314 aa  56.6  0.0000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.980605  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0359  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  30.23 
 
 
321 aa  56.6  0.0000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2142  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.24 
 
 
289 aa  56.6  0.0000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00455486  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1157  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.83 
 
 
180 aa  56.6  0.0000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0082  RNA methyltransferase  30.52 
 
 
276 aa  56.2  0.0000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35140  rRNA methylase, putative, group 3  31.94 
 
 
312 aa  56.2  0.0000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.939533 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_04421  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  24.26 
 
 
223 aa  56.2  0.0000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.961343  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3388  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.12 
 
 
237 aa  55.8  0.0000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0305  RNA methyltransferase  29.37 
 
 
249 aa  55.8  0.0000006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000127836  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3320  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  27.21 
 
 
315 aa  55.8  0.0000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000334493  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2062  RNA methyltransferase TrmH, group 3  27.81 
 
 
283 aa  55.5  0.0000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0229052  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1170  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.45 
 
 
179 aa  55.8  0.0000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000601734  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2787  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.34 
 
 
261 aa  55.5  0.0000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0213  RNA methyltransferase TrmH, group 3  32.89 
 
 
324 aa  55.5  0.0000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8152  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  32.12 
 
 
339 aa  55.5  0.0000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2203  RNA methyltransferase TrmH, group 3  24.39 
 
 
273 aa  55.5  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.524372  normal  0.0758016 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2571  RNA methyltransferase  29.73 
 
 
263 aa  55.5  0.0000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.387243  hitchhiker  0.000000145169 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>