More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BLD_1473 on replicon NC_010816
Organism: Bifidobacterium longum DJO10A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010816  BLD_1473  rRNA methylase  100 
 
 
330 aa  659    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1346  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  81.4 
 
 
331 aa  541  1e-153  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00762958 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2952  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  54.46 
 
 
327 aa  339  2.9999999999999998e-92  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.844398  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2067  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  51.23 
 
 
326 aa  317  2e-85  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0731  RNA methyltransferase  50.31 
 
 
328 aa  312  4.999999999999999e-84  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.883902  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0856  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  49.69 
 
 
329 aa  310  2.9999999999999997e-83  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31740  rRNA methylase, putative, group 3  52.25 
 
 
339 aa  303  2.0000000000000002e-81  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.29916  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0672  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  53.17 
 
 
333 aa  304  2.0000000000000002e-81  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.927716  hitchhiker  0.000812989 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03770  rRNA methylase, putative, group 3  49.07 
 
 
323 aa  296  4e-79  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.1456 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4313  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  48.81 
 
 
320 aa  286  4e-76  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4020  RNA methyltransferase  48.45 
 
 
314 aa  285  1.0000000000000001e-75  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.980605  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0781  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  51.54 
 
 
324 aa  280  3e-74  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.208015  normal  0.241731 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0912  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  47.83 
 
 
321 aa  278  7e-74  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0472746 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03800  rRNA methylase, putative, group 3  47.28 
 
 
329 aa  277  1e-73  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.395862  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0971  rRNA methylase-like protein  46.15 
 
 
322 aa  276  4e-73  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0974  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  48.93 
 
 
316 aa  273  4.0000000000000004e-72  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0793749  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12700  rRNA methylase, putative, group 3  46.15 
 
 
320 aa  270  2.9999999999999997e-71  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0213  RNA methyltransferase TrmH, group 3  47.2 
 
 
324 aa  269  4e-71  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4658  RNA methyltransferase  44.18 
 
 
372 aa  266  2.9999999999999995e-70  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.277573  normal  0.477344 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5337  RNA methyltransferase  46.91 
 
 
314 aa  266  2.9999999999999995e-70  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0359  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  47.2 
 
 
321 aa  265  8.999999999999999e-70  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4221  RNA methyltransferase  43.54 
 
 
373 aa  264  2e-69  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.601015 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0507  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  43.34 
 
 
322 aa  258  1e-67  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533536  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35140  rRNA methylase, putative, group 3  45.74 
 
 
312 aa  256  3e-67  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.939533 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1447  RNA methyltransferase  44.41 
 
 
314 aa  252  5.000000000000001e-66  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.812422 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13612  tRNA/rRNA methyltransferase  44.65 
 
 
322 aa  252  5.000000000000001e-66  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.288349 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0712  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  44.79 
 
 
306 aa  250  2e-65  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0372  RNA methyltransferase  41.53 
 
 
386 aa  246  3e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.176167  hitchhiker  0.00238073 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0606  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  45.37 
 
 
324 aa  246  4.9999999999999997e-64  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.158472  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8152  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  47.15 
 
 
339 aa  244  9.999999999999999e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4924  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  43.96 
 
 
326 aa  242  7e-63  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0655  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  44.65 
 
 
319 aa  233  3e-60  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.229838  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4246  RNA methyltransferase TrmH, group 3  47.86 
 
 
363 aa  231  9e-60  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4736  RNA methyltransferase TrmH, group 3  45.65 
 
 
314 aa  230  2e-59  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.281401  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4822  RNA methyltransferase  45.65 
 
 
314 aa  230  2e-59  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.945978  normal  0.837173 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5122  RNA methyltransferase  45.34 
 
 
314 aa  228  8e-59  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.696919  normal  0.220958 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0353  RNA methyltransferase TrmH family, group 3  42.64 
 
 
339 aa  225  9e-58  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0083  RNA methyltransferase  45.21 
 
 
250 aa  212  9e-54  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4146  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.46 
 
 
310 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4413  RNA methyltransferase TrmH, group 3  37.59 
 
 
327 aa  193  3e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2285  TrmA family RNA methyltransferase  37.93 
 
 
323 aa  190  2.9999999999999997e-47  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.240402  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0416  RNA methyltransferase  42.75 
 
 
246 aa  184  2.0000000000000003e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.896719  normal  0.93402 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0264  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  37.54 
 
 
292 aa  183  3e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0265  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  37.54 
 
 
292 aa  183  3e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2060  RNA methyltransferase  37.54 
 
 
277 aa  183  3e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2313  RNA methyltransferase  35.02 
 
 
288 aa  181  2e-44  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0718596 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2629  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.4 
 
 
387 aa  179  7e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.821515 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3320  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  37.08 
 
 
315 aa  178  1e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000334493  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0848  RNA methyltransferase  36.12 
 
 
247 aa  177  3e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000264025  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2022  RNA methyltransferase TrmH, group 3  40.08 
 
 
246 aa  176  3e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0262  RNA methyltransferase TrmH, group 3  34.15 
 
 
416 aa  176  5e-43  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1677  RNA methyltransferase  40.08 
 
 
251 aa  176  5e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.756814  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09311  RNA methyltransferase TrmH, group 3  34.15 
 
 
442 aa  176  6e-43  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.0566162 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0851  RNA methyltransferase TrmH, group 3  37.8 
 
 
336 aa  176  7e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.367945  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2734  RNA methyltransferase  33.22 
 
 
289 aa  174  1.9999999999999998e-42  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15801  rRNA methylase  37.2 
 
 
536 aa  173  2.9999999999999996e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0196  RNA methyltransferase  39.15 
 
 
243 aa  174  2.9999999999999996e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000588208  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2420  RNA methyltransferase  33.22 
 
 
289 aa  174  2.9999999999999996e-42  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00228978  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10311  RNA methyltransferase TrmH, group 3  37.01 
 
 
349 aa  172  5.999999999999999e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.988579  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0174  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.86 
 
 
247 aa  171  1e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000034032  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09121  RNA methyltransferase TrmH, group 3  37.94 
 
 
335 aa  171  1e-41  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2043  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  38.28 
 
 
253 aa  171  2e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000129806  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1822  rRNA methylase  34.48 
 
 
249 aa  169  4e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1356  RNA methyltransferase TrmH, group 3  40.08 
 
 
250 aa  169  5e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000394989  hitchhiker  8.416419999999999e-20 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03790  rRNA methylase, putative, group 3  35.06 
 
 
300 aa  169  5e-41  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.0000601463  normal  0.201311 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09101  RNA methyltransferase TrmH, group 3  38.19 
 
 
334 aa  169  6e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1336  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  38.67 
 
 
249 aa  169  7e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000822091 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1462  RNA methyltransferase  39.15 
 
 
245 aa  169  8e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0405731  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0116  RNA methyltransferase TrmH family, group 3  37.97 
 
 
238 aa  169  8e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.328344  normal  0.298059 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2889  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  37.5 
 
 
248 aa  169  9e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1304  RNA methyltransferase TrmH, group 3  36.25 
 
 
652 aa  168  1e-40  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_06961  RNA methyltransferase TrmH, group 3  37.7 
 
 
413 aa  167  2e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.1089  normal  0.124675 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0112  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.98 
 
 
247 aa  167  2e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0011476  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1474  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.71 
 
 
239 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0162513  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1155  RNA methyltransferase TrmH, group 3  37.7 
 
 
542 aa  167  2.9999999999999998e-40  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.623752  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0092  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.19 
 
 
245 aa  165  9e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000607271  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0122  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.61 
 
 
247 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000258465  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0091  RNA methyltransferase  35.61 
 
 
247 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00797863  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5214  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.61 
 
 
247 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000196945  unclonable  9.19298e-26 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0091  RNA methyltransferase  35.61 
 
 
247 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.678867  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0088  tRNA/rRNA methyltransferase SpoU  35.61 
 
 
247 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000158072  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0087  TrmH family tRNA methyltransferase  35.61 
 
 
247 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.528227  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0091  RNA methyltransferase  35.61 
 
 
247 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000227809  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0102  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.61 
 
 
247 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.238e-61 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2230  RNA methyltransferase  40.86 
 
 
245 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329348  normal  0.0204347 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0086  RNA methyltransferase  35.61 
 
 
247 aa  164  3e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0239075  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0267  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  37.45 
 
 
246 aa  164  3e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000223613  normal  0.011395 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0401  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  37.93 
 
 
246 aa  162  6e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000436094  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2352  putative tRNA/rRNA methyltransferase YacO  36.33 
 
 
248 aa  162  8.000000000000001e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.177652  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0086  RNA methyltransferase  34.85 
 
 
247 aa  162  8.000000000000001e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000284808  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65190  TrmH family RNA methyltransferase , group 3  38.52 
 
 
248 aa  162  9e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5663  putative rRNA methylase  38.91 
 
 
248 aa  161  1e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00990  RNA methyltransferase  36.47 
 
 
244 aa  160  2e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000314375  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2119  RNA methyltransferase TrmH, group 3  38.93 
 
 
519 aa  160  2e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.383182 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1583  RNA methyltransferase TrmH, group 3  39.06 
 
 
256 aa  160  2e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.780301  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2398  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.65 
 
 
248 aa  160  3e-38  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.670056 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2767  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  39.29 
 
 
247 aa  159  5e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.665903  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2280  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  39.06 
 
 
256 aa  159  7e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2368  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  38.67 
 
 
256 aa  158  1e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.900248  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1003  RNA methyltransferase TrmH, group 3  38.17 
 
 
261 aa  158  1e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.60779  normal  0.0289199 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>