More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_2060 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_2060  RNA methyltransferase  100 
 
 
277 aa  555  1e-157  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3320  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  72.8 
 
 
315 aa  384  1e-105  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000334493  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0267  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  58.09 
 
 
246 aa  290  2e-77  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000223613  normal  0.011395 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0196  RNA methyltransferase  54.58 
 
 
243 aa  289  4e-77  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000588208  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0091  RNA methyltransferase  53.53 
 
 
247 aa  280  1e-74  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00797863  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0091  RNA methyltransferase  53.53 
 
 
247 aa  280  1e-74  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.678867  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0088  tRNA/rRNA methyltransferase SpoU  53.53 
 
 
247 aa  280  1e-74  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000158072  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0087  TrmH family tRNA methyltransferase  53.53 
 
 
247 aa  280  1e-74  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.528227  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0122  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  53.53 
 
 
247 aa  280  1e-74  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000258465  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0091  RNA methyltransferase  53.53 
 
 
247 aa  280  1e-74  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000227809  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0086  RNA methyltransferase  53.94 
 
 
247 aa  280  1e-74  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0239075  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0102  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  53.53 
 
 
247 aa  280  1e-74  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.238e-61 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5214  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  52.7 
 
 
247 aa  278  7e-74  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000196945  unclonable  9.19298e-26 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0112  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  52.7 
 
 
247 aa  276  2e-73  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0011476  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0092  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  53.94 
 
 
245 aa  273  3e-72  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000607271  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0086  RNA methyltransferase  52.28 
 
 
247 aa  271  1e-71  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000284808  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2420  RNA methyltransferase  52.5 
 
 
289 aa  268  7e-71  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00228978  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2734  RNA methyltransferase  52.5 
 
 
289 aa  268  8.999999999999999e-71  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0088  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  51.04 
 
 
246 aa  264  1e-69  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0848  RNA methyltransferase  52.52 
 
 
247 aa  258  1e-67  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000264025  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00990  RNA methyltransferase  50.21 
 
 
244 aa  256  2e-67  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000314375  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3322  RNA methyltransferase  53.78 
 
 
248 aa  256  3e-67  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.752431  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0401  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  48.74 
 
 
246 aa  247  1e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000436094  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2481  RNA methyltransferase TrmH, group 3  50 
 
 
246 aa  242  3.9999999999999997e-63  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000314444  hitchhiker  0.00338936 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2730  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  47.81 
 
 
255 aa  238  5.999999999999999e-62  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.751116  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1822  rRNA methylase  46.03 
 
 
249 aa  230  2e-59  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0305  RNA methyltransferase  45.8 
 
 
249 aa  229  5e-59  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000127836  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2043  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  46.22 
 
 
253 aa  229  5e-59  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000129806  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0568  RNA methyltransferase  48.96 
 
 
248 aa  228  1e-58  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.927994  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0554  RNA methyltransferase  48.96 
 
 
248 aa  228  1e-58  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.850775  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1003  RNA methyltransferase TrmH, group 3  47.33 
 
 
261 aa  225  7e-58  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.60779  normal  0.0289199 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0172  RNA methyltransferase  47.7 
 
 
249 aa  222  4e-57  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0806813  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3773  RNA methyltransferase  45.49 
 
 
246 aa  221  9.999999999999999e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0190  RNA methyltransferase  48 
 
 
251 aa  220  1.9999999999999999e-56  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.153268  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2280  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  46.67 
 
 
256 aa  219  3e-56  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4413  RNA methyltransferase TrmH, group 3  45.67 
 
 
327 aa  218  7e-56  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2230  RNA methyltransferase  45.64 
 
 
245 aa  218  7.999999999999999e-56  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329348  normal  0.0204347 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2368  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  45.83 
 
 
256 aa  217  1e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.900248  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4146  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  43.67 
 
 
310 aa  217  1e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0174  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  43.51 
 
 
247 aa  216  2.9999999999999998e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000034032  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1583  RNA methyltransferase TrmH, group 3  45.83 
 
 
256 aa  216  5e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.780301  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2796  RNA methyltransferase  44.4 
 
 
242 aa  211  1e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.125421  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2629  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  42.06 
 
 
387 aa  210  2e-53  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.821515 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2067  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  43.19 
 
 
326 aa  209  3e-53  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1462  RNA methyltransferase  43.64 
 
 
245 aa  209  4e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0405731  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1425  rRNA methylase  45.96 
 
 
233 aa  209  5e-53  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000022514  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2285  TrmA family RNA methyltransferase  40.3 
 
 
323 aa  209  6e-53  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.240402  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0264  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  43.2 
 
 
292 aa  208  9e-53  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0265  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  43.2 
 
 
292 aa  208  9e-53  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0209  RNA methyltransferase  42.92 
 
 
251 aa  207  2e-52  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1336  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  43.51 
 
 
249 aa  207  2e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000822091 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4020  RNA methyltransferase  39.11 
 
 
314 aa  207  2e-52  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.980605  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2889  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  43.7 
 
 
248 aa  204  9e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2022  RNA methyltransferase TrmH, group 3  45.57 
 
 
246 aa  204  2e-51  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2268  RNA methyltransferase  43.86 
 
 
248 aa  202  6e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.144304  normal  0.908224 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0912  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  42.69 
 
 
321 aa  202  7e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0472746 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12700  rRNA methylase, putative, group 3  42.86 
 
 
320 aa  201  9e-51  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1606  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  43.86 
 
 
248 aa  201  9e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0340  rRNA methylase  41.49 
 
 
251 aa  200  3e-50  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000065422  hitchhiker  0.000000457527 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0416  RNA methyltransferase  41.63 
 
 
246 aa  199  3e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.896719  normal  0.93402 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0906  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  40.83 
 
 
248 aa  199  3.9999999999999996e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2352  putative tRNA/rRNA methyltransferase YacO  40.08 
 
 
248 aa  199  3.9999999999999996e-50  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.177652  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1356  RNA methyltransferase TrmH, group 3  40.76 
 
 
250 aa  199  5e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000394989  hitchhiker  8.416419999999999e-20 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0405  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  41.37 
 
 
254 aa  198  7e-50  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0083776  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2952  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  42.41 
 
 
327 aa  197  1.0000000000000001e-49  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.844398  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1867  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  42.08 
 
 
246 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2119  RNA methyltransferase TrmH, group 3  44.49 
 
 
519 aa  196  3e-49  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.383182 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2172  RNA methyltransferase TrmH, group 3  43.15 
 
 
237 aa  196  5.000000000000001e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0146478  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3444  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  43.89 
 
 
243 aa  195  5.000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.882432  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1909  RNA methyltransferase  41.94 
 
 
256 aa  194  9e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000520024  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0672  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  40.71 
 
 
333 aa  194  1e-48  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.927716  hitchhiker  0.000812989 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2313  RNA methyltransferase  38.52 
 
 
288 aa  194  1e-48  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0718596 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3018  RNA methyltransferase  42.11 
 
 
250 aa  194  1e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.231678 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03462  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  41.25 
 
 
246 aa  194  2e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4616  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  44 
 
 
251 aa  193  3e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3601  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  43.44 
 
 
243 aa  193  3e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4032  RNA methyltransferase  41.23 
 
 
263 aa  192  7e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.104893  normal  0.17996 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3458  RNA methyltransferase  43.21 
 
 
252 aa  191  9e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0336691 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4216  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  41.82 
 
 
245 aa  191  1e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000341805 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2398  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  43.03 
 
 
248 aa  191  1e-47  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.670056 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3589  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  41.82 
 
 
246 aa  190  2e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124331  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1155  RNA methyltransferase TrmH, group 3  39 
 
 
542 aa  190  2e-47  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.623752  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4766  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  40.5 
 
 
243 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0887  RNA methyltransferase TrmH, group 3  38.37 
 
 
261 aa  190  2e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.986853  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07630  RNA methyltransferase TrmH, group 3  39.84 
 
 
247 aa  189  2.9999999999999997e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0439  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  41.44 
 
 
243 aa  189  4e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000546108 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3029  RNA methyltransferase TrmH, group 3  41.92 
 
 
264 aa  189  4e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.068461  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0789  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  40 
 
 
244 aa  189  4e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04047  23S rRNA (Gm2251)-methyltransferase  39.33 
 
 
243 aa  189  5e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3813  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  39.33 
 
 
243 aa  189  5e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4787  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  40.5 
 
 
243 aa  189  5e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.535347 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4730  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  40.5 
 
 
243 aa  189  5e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.653349  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4424  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  39.33 
 
 
243 aa  189  5e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3833  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  39.33 
 
 
243 aa  189  5e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000869352 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4647  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  40.5 
 
 
243 aa  189  5e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4637  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  40.5 
 
 
243 aa  189  5e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4740  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  39.33 
 
 
243 aa  189  5e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.504113  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4651  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  39.33 
 
 
243 aa  189  5e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.326823 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5696  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  39.33 
 
 
243 aa  189  5e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04009  hypothetical protein  39.33 
 
 
243 aa  189  5e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>