171 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ksed_05640 on replicon NC_013169
Organism: Kytococcus sedentarius DSM 20547



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013169  Ksed_05640  rRNA methylase  100 
 
 
235 aa  474  1e-133  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.480906  normal  0.641593 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02030  rRNA methylase  62.5 
 
 
234 aa  264  8e-70  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2449  tRNA/rRNA methyltransferase  69.71 
 
 
227 aa  264  8.999999999999999e-70  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3914  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  65.07 
 
 
250 aa  263  2e-69  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0187406  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3982  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  61.61 
 
 
213 aa  253  1.0000000000000001e-66  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.549052  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4172  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  65.09 
 
 
212 aa  253  2.0000000000000002e-66  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.541165  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3143  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  63.64 
 
 
283 aa  251  5.000000000000001e-66  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.343302  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0715  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  60.87 
 
 
205 aa  249  2e-65  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35250  rRNA methylase  61.5 
 
 
237 aa  249  2e-65  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.925094 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38470  rRNA methylase  60.87 
 
 
238 aa  242  3e-63  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0657  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  59.39 
 
 
229 aa  242  3.9999999999999997e-63  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2423  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  59.49 
 
 
254 aa  240  1e-62  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.217183 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4068  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  56.65 
 
 
225 aa  238  8e-62  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.640405  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0517  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  61.54 
 
 
224 aa  236  2e-61  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0733  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  57.28 
 
 
207 aa  236  3e-61  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.329217 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0678  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  57.75 
 
 
207 aa  235  4e-61  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.435122  normal  0.171519 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25750  rRNA methylase  61.43 
 
 
208 aa  235  4e-61  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3641  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  60.18 
 
 
222 aa  233  2.0000000000000002e-60  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.89326 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10385  RNA methyltransferase  57.28 
 
 
220 aa  231  5e-60  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  1.85641e-18  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5159  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  57.49 
 
 
224 aa  229  2e-59  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0504  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  57.14 
 
 
232 aa  228  5e-59  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0482  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.34 
 
 
214 aa  225  4e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0493  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.34 
 
 
214 aa  225  4e-58  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.490005 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0471  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.29 
 
 
214 aa  225  6e-58  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0663  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.34 
 
 
214 aa  219  3e-56  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.509405 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2970  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  62.15 
 
 
219 aa  214  7e-55  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.81928  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0242  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.4 
 
 
215 aa  211  7.999999999999999e-54  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4352  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  57.97 
 
 
219 aa  208  7e-53  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0099  RNA methyltransferase, TrmH family  43.03 
 
 
268 aa  191  1e-47  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.167605 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1208  rRNA methylase  42.05 
 
 
282 aa  167  1e-40  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3469  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU) family protein  22.82 
 
 
161 aa  64.3  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.029361 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28928  predicted protein  28.57 
 
 
207 aa  64.7  0.000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.145159  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1965  putative tRNA/rRNA methyltransferase protein  32.41 
 
 
261 aa  56.6  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0643373  normal  0.65625 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0974  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  31.41 
 
 
316 aa  56.6  0.0000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0793749  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1972  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25.29 
 
 
197 aa  56.2  0.0000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0293079 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0146  RNA methylase  23.08 
 
 
176 aa  55.5  0.0000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0125  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  27.52 
 
 
268 aa  53.9  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.903054  normal  0.365569 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0208  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  27.52 
 
 
269 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.335988  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2133  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.04 
 
 
176 aa  53.5  0.000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.482713  normal  0.100378 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0183  RNA methyltransferase  27.52 
 
 
268 aa  53.5  0.000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1290  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25 
 
 
200 aa  52.4  0.000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0971  rRNA methylase-like protein  31.08 
 
 
322 aa  52.4  0.000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0050  RNA methyltransferase  25.5 
 
 
262 aa  51.6  0.00001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3372  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.27 
 
 
203 aa  51.6  0.00001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.212963  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5337  RNA methyltransferase  33.33 
 
 
314 aa  51.2  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1692  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  29.12 
 
 
256 aa  51.6  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.31979  normal  0.210627 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0784  RNA methyltransferase  24.53 
 
 
180 aa  51.2  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.632748  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0856  putative methyltransferase  27.81 
 
 
397 aa  50.1  0.00003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.972031  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03770  rRNA methylase, putative, group 3  31.29 
 
 
323 aa  49.3  0.00005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.1456 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1721  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  23.46 
 
 
178 aa  49.3  0.00005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1381  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  24.7 
 
 
181 aa  49.3  0.00006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0606  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  33.12 
 
 
324 aa  48.9  0.00007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.158472  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1447  RNA methyltransferase  31.37 
 
 
314 aa  48.5  0.00008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.812422 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2170  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  22.54 
 
 
202 aa  48.1  0.0001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.904611 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2375  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.22 
 
 
186 aa  48.1  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00412579  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9079  rRNA methylase protein  28.37 
 
 
274 aa  47.8  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00157  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  24.05 
 
 
235 aa  48.1  0.0001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4246  RNA methyltransferase TrmH, group 3  27.43 
 
 
363 aa  47  0.0002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5505  putative tRNA/rRNA methyltransferase  26.38 
 
 
186 aa  47  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.121467  normal  0.0712484 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09121  RNA methyltransferase TrmH, group 3  25.95 
 
 
335 aa  47.8  0.0002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_82718  predicted protein  30.12 
 
 
1408 aa  47.4  0.0002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.291981 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2993  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.77 
 
 
248 aa  47.4  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.246575  normal  0.0568105 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09101  RNA methyltransferase TrmH, group 3  27.61 
 
 
334 aa  47.8  0.0002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05145  putative SpoU rRNA methylase family protein  23.63 
 
 
178 aa  47.4  0.0002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5009  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  20.86 
 
 
220 aa  47  0.0002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0912  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  33.12 
 
 
321 aa  47.8  0.0002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0472746 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0766  hypothetical protein  24.18 
 
 
177 aa  47.8  0.0002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1157  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.04 
 
 
180 aa  47  0.0002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2876  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  20.81 
 
 
201 aa  46.6  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0453  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.32 
 
 
243 aa  46.6  0.0003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0848  RNA methyltransferase  28.99 
 
 
247 aa  47  0.0003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000264025  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4797  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.74 
 
 
178 aa  47  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00908011 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2481  RNA methyltransferase TrmH, group 3  38.6 
 
 
246 aa  46.6  0.0004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000314444  hitchhiker  0.00338936 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1942  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  23.92 
 
 
221 aa  46.6  0.0004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0337713  normal  0.0831069 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13612  tRNA/rRNA methyltransferase  30.91 
 
 
322 aa  46.6  0.0004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.288349 
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_12053  predicted protein  24.03 
 
 
169 aa  46.2  0.0004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00023289  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1170  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  23.93 
 
 
179 aa  46.2  0.0004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000601734  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0053  tRNA/rRNA methyltransferase  20.96 
 
 
218 aa  45.8  0.0006  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3896  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  24.31 
 
 
152 aa  45.8  0.0006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3354  RNA methyltransferase  25.5 
 
 
288 aa  45.8  0.0006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.454426 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2787  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25.32 
 
 
261 aa  45.8  0.0006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1516  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  24.15 
 
 
262 aa  45.8  0.0006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4221  RNA methyltransferase  28.65 
 
 
373 aa  45.4  0.0007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.601015 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2835  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.62 
 
 
277 aa  45.4  0.0007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2978  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.07 
 
 
248 aa  45.4  0.0008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.27358  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2352  putative tRNA/rRNA methyltransferase YacO  34.43 
 
 
248 aa  45.4  0.0008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.177652  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3022  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.07 
 
 
248 aa  45.4  0.0008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.87649 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0262  RNA methyltransferase  23.53 
 
 
243 aa  45.1  0.0009  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000000295307  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1255  tRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  24.28 
 
 
219 aa  44.7  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.87838  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1087  SpoU rRNA methylase family protein  25.41 
 
 
184 aa  44.7  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0006  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  24.34 
 
 
180 aa  45.1  0.001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.124143  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1644  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36 
 
 
234 aa  44.7  0.001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000329546  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2526  putative methyltransferase  26.35 
 
 
333 aa  44.7  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.583964 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3501  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  24.53 
 
 
234 aa  44.7  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5155  putative rRNA methylase  23.97 
 
 
280 aa  44.7  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.512859  normal  0.0887365 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0851  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  26.24 
 
 
256 aa  44.7  0.001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0735574  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3334  putative methyltransferase  26.14 
 
 
382 aa  44.7  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0672  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  30.67 
 
 
333 aa  45.1  0.001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.927716  hitchhiker  0.000812989 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1097  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  21.6 
 
 
180 aa  45.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.734552  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3844  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  25.66 
 
 
275 aa  45.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>