More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3844 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_3844  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  100 
 
 
275 aa  547  1e-155  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3230  RNA methyltransferase TrmH, group 3  84.19 
 
 
273 aa  438  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.736956  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2203  RNA methyltransferase TrmH, group 3  83.46 
 
 
273 aa  432  1e-120  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.524372  normal  0.0758016 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2508  RNA methyltransferase TrmH, group 3  79.08 
 
 
283 aa  427  1e-119  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3641  RNA methyltransferase TrmH, group 3  79.2 
 
 
275 aa  412  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.179566  normal  0.181036 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2062  RNA methyltransferase TrmH, group 3  75.97 
 
 
283 aa  403  1e-111  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0229052  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5155  putative rRNA methylase  75.18 
 
 
280 aa  399  9.999999999999999e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.512859  normal  0.0887365 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3354  RNA methyltransferase  68.67 
 
 
288 aa  308  8e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.454426 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4216  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  63.68 
 
 
259 aa  281  9e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.1027  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0183  RNA methyltransferase  60.94 
 
 
268 aa  276  3e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2905  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  62.61 
 
 
268 aa  276  3e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.529691  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0125  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  60.94 
 
 
268 aa  275  4e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.903054  normal  0.365569 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0208  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  60.31 
 
 
269 aa  268  7e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.335988  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1559  RNA methyltransferase  62.55 
 
 
281 aa  264  1e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12965  normal  0.228384 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1810  tRNA/rRNA metyltransferase  59.15 
 
 
293 aa  254  9e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1254  RNA methyltransferase  56.77 
 
 
286 aa  247  1e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.159804  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1939  RNA methyltransferase  55.9 
 
 
286 aa  246  2e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1216  RNA methyltransferase  56.33 
 
 
303 aa  246  3e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1314  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  60.27 
 
 
296 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.173371  normal  0.338994 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1084  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  57.2 
 
 
276 aa  242  5e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.235223  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0360  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  53.97 
 
 
293 aa  242  5e-63  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.038397 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1412  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  59.36 
 
 
296 aa  240  2e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.908439  normal  0.353351 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0968  RNA methyltransferase  52.78 
 
 
291 aa  235  5.0000000000000005e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0219055 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0558  RNA methyltransferase  50.81 
 
 
276 aa  235  7e-61  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000000162254  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1336  RNA methyltransferase  52.38 
 
 
293 aa  232  4.0000000000000004e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.875783 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2721  RNA methyltransferase  48.73 
 
 
288 aa  202  7e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0334114  normal  0.254549 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0082  RNA methyltransferase  50.42 
 
 
276 aa  194  1e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2703  RNA methyltransferase TrmH, group 3  44.14 
 
 
348 aa  181  1e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.224688  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2571  RNA methyltransferase  47.23 
 
 
263 aa  175  9e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.387243  hitchhiker  0.000000145169 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1364  RNA methyltransferase TrmH, group 3  45.05 
 
 
271 aa  174  1.9999999999999998e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.84942  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2757  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  50.22 
 
 
321 aa  173  2.9999999999999996e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.611419 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2255  RNA methyltransferase  46.22 
 
 
261 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0110995  normal  0.147851 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2239  tRNA/rRNA metyltransferase  44.89 
 
 
261 aa  170  3e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.695793  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2049  RNA methyltransferase TrmH, group 3  42.31 
 
 
262 aa  169  5e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0914  RNA methyltransferase  44.89 
 
 
261 aa  169  5e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.106416 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1606  RNA methyltransferase  43.19 
 
 
278 aa  168  8e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.15011  normal  0.877498 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2801  RNA methyltransferase TrmH, group 3  43.78 
 
 
260 aa  168  1e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.785043 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2426  RNA methyltransferase  45.25 
 
 
247 aa  167  2e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.197949 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3826  RNA methyltransferase  46.05 
 
 
265 aa  159  6e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0846  RNA methyltransferase TrmH, group 3  40 
 
 
272 aa  156  4e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.139402  normal  0.265264 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1817  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.04 
 
 
289 aa  154  2e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.503004 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07630  RNA methyltransferase TrmH, group 3  40.6 
 
 
247 aa  153  2.9999999999999998e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0404  RNA methyltransferase  33.33 
 
 
252 aa  150  2e-35  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.106461  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0951  RNA methyltransferase  34.19 
 
 
254 aa  149  6e-35  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0262  RNA methyltransferase  36.32 
 
 
243 aa  148  8e-35  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000000295307  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4669  RNA methyltransferase  38.33 
 
 
248 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0289755 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1937  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  42.15 
 
 
251 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.177305  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4879  RNA methyltransferase  37.5 
 
 
248 aa  145  5e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4759  RNA methyltransferase  37.5 
 
 
248 aa  145  5e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0810768 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4935  RNA methyltransferase  37.5 
 
 
248 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000134443 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65190  TrmH family RNA methyltransferase , group 3  39.41 
 
 
248 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2387  RNA methyltransferase  37.18 
 
 
245 aa  144  1e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.939992  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5663  putative rRNA methylase  38.98 
 
 
248 aa  143  3e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1165  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.21 
 
 
250 aa  142  5e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0693312  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1229  putative tRNA/rRNA methyltransferase protein  37.07 
 
 
249 aa  142  6e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00902362  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0615  RNA methyl transferase TrmH, group 3  32.49 
 
 
252 aa  142  6e-33  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.97869  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0107  hypothetical protein  37.6 
 
 
249 aa  141  9.999999999999999e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1073  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.21 
 
 
250 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.5513  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0092  hypothetical protein  37.6 
 
 
249 aa  140  1.9999999999999998e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1003  RNA methyltransferase TrmH, group 3  34.62 
 
 
261 aa  140  1.9999999999999998e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.60779  normal  0.0289199 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0644  RNA methyltransferase  36.75 
 
 
250 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000634261 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0609  RNA methyltransferase TrmH  34.58 
 
 
254 aa  140  3e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0802048 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03462  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  35.83 
 
 
246 aa  140  3e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1975  RNA methyltransferase  40.93 
 
 
250 aa  138  7.999999999999999e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.602495  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3377  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  37.02 
 
 
251 aa  137  2e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0533  RNA methyltransferase TrmH, group 3  36.75 
 
 
255 aa  137  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0666066 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2230  RNA methyltransferase  36.63 
 
 
245 aa  136  3.0000000000000003e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329348  normal  0.0204347 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3934  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  36.1 
 
 
246 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4934  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  37.13 
 
 
250 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1817  putative tRNA/rRNA methyltransferase protein  38.56 
 
 
247 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.392601  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4413  RNA methyltransferase TrmH, group 3  34.69 
 
 
327 aa  136  4e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0851  RNA methyltransferase TrmH, group 3  35.9 
 
 
336 aa  136  4e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.367945  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0684  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  35.68 
 
 
246 aa  136  4e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000107401  hitchhiker  0.000276778 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0698  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  36.51 
 
 
246 aa  136  4e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000126768  hitchhiker  0.000148247 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0580  RNA methyltransferase TrmH, group 3  37.13 
 
 
251 aa  136  5e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.912866  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10311  RNA methyltransferase TrmH, group 3  36.44 
 
 
349 aa  135  6.0000000000000005e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.988579  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3263  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  36.51 
 
 
246 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000357773  hitchhiker  0.0000120778 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2208  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.95 
 
 
248 aa  135  6.0000000000000005e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531626  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4146  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  31.39 
 
 
310 aa  135  8e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0995  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  35 
 
 
246 aa  135  8e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2268  RNA methyltransferase  36.82 
 
 
248 aa  135  9e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.144304  normal  0.908224 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2969  RNA methyltransferase TrmH, group 3  36.89 
 
 
243 aa  135  9e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2176  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  36.51 
 
 
247 aa  134  9.999999999999999e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000213076  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1606  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.82 
 
 
248 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0088  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.16 
 
 
246 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0092  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  33.61 
 
 
245 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000607271  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1890  RNA methyltransferase  34.54 
 
 
253 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.575059 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0789  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  39.32 
 
 
244 aa  133  3e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4616  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  35.89 
 
 
251 aa  133  3e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0906  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  37.39 
 
 
248 aa  133  3e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1625  RNA methyltransferase TrmH, group 3  36.71 
 
 
251 aa  133  3e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.117052  hitchhiker  0.00235214 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1644  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  32 
 
 
234 aa  133  3e-30  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000329546  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3444  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  37.18 
 
 
243 aa  133  3e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.882432  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2285  TrmA family RNA methyltransferase  33.21 
 
 
323 aa  133  3.9999999999999996e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.240402  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0750  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  35.47 
 
 
246 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.050001  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0738  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  35.47 
 
 
246 aa  132  5e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000750261  hitchhiker  0.000830683 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0708  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  35.47 
 
 
246 aa  132  5e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.106779  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1903  RNA methyltransferase  35.9 
 
 
244 aa  132  6e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0247051 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0991  tRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase, putative  37.24 
 
 
255 aa  132  6e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1105  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  37.24 
 
 
255 aa  132  6e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.919918  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>