More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_5155 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_5155  putative rRNA methylase  100 
 
 		 280 aa  559  1e-158  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.512859  normal  0.0887365 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2508  RNA methyltransferase TrmH, group 3  79.43 
 
 		 283 aa  426  1e-118  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3641  RNA methyltransferase TrmH, group 3  77.7 
 
 		 275 aa  414  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.179566  normal  0.181036 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2062  RNA methyltransferase TrmH, group 3  75.18 
 
 		 283 aa  413  1e-114  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0229052  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3230  RNA methyltransferase TrmH, group 3  83.06 
 
 		 273 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.736956  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3844  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  75.18 
 
 		 275 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2203  RNA methyltransferase TrmH, group 3  82.23 
 
 		 273 aa  395  1e-109  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.524372  normal  0.0758016 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3354  RNA methyltransferase  67.65 
 
 		 288 aa  307  2.0000000000000002e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.454426 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2905  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  64.35 
 
 		 268 aa  286  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.529691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4216  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  63.95 
 
 		 259 aa  282  4.0000000000000003e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.1027  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1559  RNA methyltransferase  62.71 
 
 		 281 aa  268  5e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12965  normal  0.228384 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0183  RNA methyltransferase  58.63 
 
 		 268 aa  256  3e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0208  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  62.22 
 
 		 269 aa  255  5e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.335988  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0125  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  58.63 
 
 		 268 aa  255  5e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.903054  normal  0.365569 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1810  tRNA/rRNA metyltransferase  53.31 
 
 		 293 aa  247  2e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1314  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  56.02 
 
 		 296 aa  246  3e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.173371  normal  0.338994 
 
 
-
 
NC_004310  BR1254  RNA methyltransferase  52.55 
 
 		 286 aa  243  1.9999999999999999e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.159804  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1412  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  55.19 
 
 		 296 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.908439  normal  0.353351 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1939  RNA methyltransferase  54.07 
 
 		 286 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1216  RNA methyltransferase  52.16 
 
 		 303 aa  241  7e-63  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0968  RNA methyltransferase  52.73 
 
 		 291 aa  240  2e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0219055 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0360  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  49.65 
 
 		 293 aa  237  2e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.038397 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1084  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.62 
 
 		 276 aa  236  4e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.235223  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1336  RNA methyltransferase  50.56 
 
 		 293 aa  231  1e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.875783 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0558  RNA methyltransferase  53.78 
 
 		 276 aa  227  2e-58  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000000162254  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2721  RNA methyltransferase  48.12 
 
 		 288 aa  202  5e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0334114  normal  0.254549 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0082  RNA methyltransferase  45.76 
 
 		 276 aa  200  1.9999999999999998e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2255  RNA methyltransferase  45.53 
 
 		 261 aa  181  2e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0110995  normal  0.147851 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2757  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  50.44 
 
 		 321 aa  177  2e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.611419 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2703  RNA methyltransferase TrmH, group 3  43.36 
 
 		 348 aa  176  5e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.224688  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1364  RNA methyltransferase TrmH, group 3  46.4 
 
 		 271 aa  174  9.999999999999999e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.84942  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2239  tRNA/rRNA metyltransferase  44.07 
 
 		 261 aa  172  5e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.695793  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0914  RNA methyltransferase  44.07 
 
 		 261 aa  172  5e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.106416 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2049  RNA methyltransferase TrmH, group 3  45.02 
 
 		 262 aa  169  4e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2801  RNA methyltransferase TrmH, group 3  43.09 
 
 		 260 aa  169  5e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.785043 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2426  RNA methyltransferase  44.53 
 
 		 247 aa  166  2.9999999999999998e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.197949 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2571  RNA methyltransferase  44.26 
 
 		 263 aa  165  9e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.387243  hitchhiker  0.000000145169 
 
 
-
 
NC_002978  WD0951  RNA methyltransferase  35.9 
 
 		 254 aa  155  7e-37  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3826  RNA methyltransferase  41.8 
 
 		 265 aa  154  1e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1817  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.76 
 
 		 289 aa  152  7e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.503004 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1606  RNA methyltransferase  39.19 
 
 		 278 aa  150  3e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.15011  normal  0.877498 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0262  RNA methyltransferase  36.75 
 
 		 243 aa  149  6e-35  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000000295307  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0404  RNA methyltransferase  32.5 
 
 		 252 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.106461  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1937  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  41.3 
 
 		 251 aa  145  5e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.177305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0846  RNA methyltransferase TrmH, group 3  38.81 
 
 		 272 aa  145  8.000000000000001e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.139402  normal  0.265264 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1817  putative tRNA/rRNA methyltransferase protein  40 
 
 		 247 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.392601  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07630  RNA methyltransferase TrmH, group 3  37.39 
 
 		 247 aa  140  3e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0615  RNA methyl transferase TrmH, group 3  31.65 
 
 		 252 aa  139  7e-32  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.97869  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0107  hypothetical protein  38.46 
 
 		 249 aa  137  2e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0092  hypothetical protein  38.46 
 
 		 249 aa  137  3.0000000000000003e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1165  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  38.36 
 
 		 250 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0693312  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1229  putative tRNA/rRNA methyltransferase protein  37.04 
 
 		 249 aa  136  4e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00902362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0219  RNA methyltransferase TrmH, group 3  36.26 
 
 		 274 aa  136  4e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1903  RNA methyltransferase  39.32 
 
 		 244 aa  135  5e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0247051 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1105  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  37.87 
 
 		 255 aa  135  7.000000000000001e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.919918  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0991  tRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase, putative  37.87 
 
 		 255 aa  135  7.000000000000001e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03462  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  36.78 
 
 		 246 aa  135  8e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1073  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  38.36 
 
 		 250 aa  135  8e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.5513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4669  RNA methyltransferase  36.32 
 
 		 248 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0289755 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4879  RNA methyltransferase  36.86 
 
 		 248 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1975  RNA methyltransferase  41.35 
 
 		 250 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.602495  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5663  putative rRNA methylase  37.71 
 
 		 248 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3029  RNA methyltransferase TrmH, group 3  36.63 
 
 		 264 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.068461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4759  RNA methyltransferase  36.86 
 
 		 248 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0810768 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1061  23S rRNA Gm2251 methyltransferase  34 
 
 		 270 aa  133  3e-30  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0684  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  36.51 
 
 		 246 aa  133  3e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000107401  hitchhiker  0.000276778 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1890  RNA methyltransferase  36.21 
 
 		 253 aa  133  3e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.575059 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2176  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  37.61 
 
 		 247 aa  132  3.9999999999999996e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000213076  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3934  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  35.68 
 
 		 246 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0953  RNA methyltransferase  34 
 
 		 270 aa  132  3.9999999999999996e-30  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65190  TrmH family RNA methyltransferase , group 3  37.29 
 
 		 248 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4935  RNA methyltransferase  36.86 
 
 		 248 aa  132  5e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000134443 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0533  RNA methyltransferase TrmH, group 3  36.86 
 
 		 255 aa  132  6e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0666066 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3263  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  36.51 
 
 		 246 aa  132  6e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000357773  hitchhiker  0.0000120778 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0906  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.97 
 
 		 248 aa  132  6.999999999999999e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3414  RNA methyltransferase  37.92 
 
 		 248 aa  132  6.999999999999999e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.377337  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0698  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  36.51 
 
 		 246 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000126768  hitchhiker  0.000148247 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3018  RNA methyltransferase  37.04 
 
 		 250 aa  131  9e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.231678 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2730  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.12 
 
 		 255 aa  131  1.0000000000000001e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.751116  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4413  RNA methyltransferase TrmH, group 3  36 
 
 		 327 aa  131  1.0000000000000001e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0851  RNA methyltransferase TrmH, group 3  36.6 
 
 		 336 aa  130  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.367945  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0995  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  34.58 
 
 		 246 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2208  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.4 
 
 		 248 aa  130  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531626  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4934  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.9 
 
 		 250 aa  130  3e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0580  RNA methyltransferase TrmH, group 3  35.9 
 
 		 251 aa  130  3e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.912866  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0088  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.53 
 
 		 246 aa  130  3e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002269  23S rRNA (guanosine-2'-O-) -methyltransferase RlmB  37.87 
 
 		 248 aa  130  3e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0644  RNA methyltransferase  34.58 
 
 		 250 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000634261 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2071  RNA methyltransferase TrmH, group 3  38.72 
 
 		 256 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1952  RNA methyltransferase TrmH, group 3  37.24 
 
 		 249 aa  129  5.0000000000000004e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.192132  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4032  RNA methyltransferase  37.5 
 
 		 263 aa  129  5.0000000000000004e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.104893  normal  0.17996 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2268  RNA methyltransferase  36.97 
 
 		 248 aa  129  8.000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.144304  normal  0.908224 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0146  RNA methyltransferase  36.86 
 
 		 247 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.277376  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1817  RNA methyltransferase  36.86 
 
 		 247 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.135393  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1262  RNA methyltransferase  36.86 
 
 		 247 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1971  RNA methyltransferase  36.86 
 
 		 260 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1799  RNA methyltransferase  36.86 
 
 		 247 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.335408  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2285  TrmA family RNA methyltransferase  34.17 
 
 		 323 aa  128  9.000000000000001e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.240402  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1020  RNA methyltransferase  36.86 
 
 		 247 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0199854  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1746  RNA methyltransferase  36.86 
 
 		 247 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.248108  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>