More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3826 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_3826  RNA methyltransferase  100 
 
 
265 aa  523  1e-148  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2239  tRNA/rRNA metyltransferase  71.49 
 
 
261 aa  344  8.999999999999999e-94  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.695793  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0914  RNA methyltransferase  71.49 
 
 
261 aa  343  1e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.106416 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2255  RNA methyltransferase  68.67 
 
 
261 aa  323  2e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0110995  normal  0.147851 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2571  RNA methyltransferase  70.54 
 
 
263 aa  322  3e-87  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.387243  hitchhiker  0.000000145169 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2049  RNA methyltransferase TrmH, group 3  62.93 
 
 
262 aa  298  7e-80  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2801  RNA methyltransferase TrmH, group 3  63.85 
 
 
260 aa  298  9e-80  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.785043 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1810  tRNA/rRNA metyltransferase  49.59 
 
 
293 aa  206  5e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1254  RNA methyltransferase  47.58 
 
 
286 aa  202  4e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.159804  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1939  RNA methyltransferase  49.59 
 
 
286 aa  202  4e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1216  RNA methyltransferase  46.84 
 
 
303 aa  202  6e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1314  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  50.85 
 
 
296 aa  194  9e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.173371  normal  0.338994 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1412  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  50.43 
 
 
296 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.908439  normal  0.353351 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2721  RNA methyltransferase  52.72 
 
 
288 aa  187  2e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0334114  normal  0.254549 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0082  RNA methyltransferase  49.62 
 
 
276 aa  181  1e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1084  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.67 
 
 
276 aa  180  2e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.235223  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0558  RNA methyltransferase  45.87 
 
 
276 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000000162254  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0968  RNA methyltransferase  46.28 
 
 
291 aa  177  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0219055 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3354  RNA methyltransferase  47.15 
 
 
288 aa  176  3e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.454426 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2905  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.53 
 
 
268 aa  175  5e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.529691  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2508  RNA methyltransferase TrmH, group 3  43.89 
 
 
283 aa  171  2e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1817  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.6 
 
 
289 aa  169  3e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.503004 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3844  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  47.23 
 
 
275 aa  169  3e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4216  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.31 
 
 
259 aa  167  1e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.1027  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5155  putative rRNA methylase  42.8 
 
 
280 aa  165  5.9999999999999996e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.512859  normal  0.0887365 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2203  RNA methyltransferase TrmH, group 3  45.8 
 
 
273 aa  163  3e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.524372  normal  0.0758016 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2062  RNA methyltransferase TrmH, group 3  43.78 
 
 
283 aa  162  7e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0229052  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3641  RNA methyltransferase TrmH, group 3  40.6 
 
 
275 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.179566  normal  0.181036 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2426  RNA methyltransferase  45.78 
 
 
247 aa  158  9e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.197949 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0183  RNA methyltransferase  45.53 
 
 
268 aa  156  3e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0951  RNA methyltransferase  33.87 
 
 
254 aa  156  4e-37  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0125  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  45.12 
 
 
268 aa  155  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.903054  normal  0.365569 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1559  RNA methyltransferase  46.86 
 
 
281 aa  155  8e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12965  normal  0.228384 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3230  RNA methyltransferase TrmH, group 3  45.26 
 
 
273 aa  155  8e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.736956  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0208  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  43.9 
 
 
269 aa  154  1e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.335988  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1364  RNA methyltransferase TrmH, group 3  45.61 
 
 
271 aa  154  1e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.84942  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1606  RNA methyltransferase  44.4 
 
 
278 aa  154  2e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.15011  normal  0.877498 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2703  RNA methyltransferase TrmH, group 3  44.68 
 
 
348 aa  154  2e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.224688  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0360  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  39.76 
 
 
293 aa  150  2e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.038397 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0846  RNA methyltransferase TrmH, group 3  43.29 
 
 
272 aa  147  1.0000000000000001e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.139402  normal  0.265264 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0615  RNA methyl transferase TrmH, group 3  34.85 
 
 
252 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.97869  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10311  RNA methyltransferase TrmH, group 3  37.86 
 
 
349 aa  145  9e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.988579  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0851  RNA methyltransferase TrmH, group 3  36.13 
 
 
336 aa  144  2e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.367945  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0404  RNA methyltransferase  34.17 
 
 
252 aa  144  2e-33  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.106461  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09121  RNA methyltransferase TrmH, group 3  35.8 
 
 
335 aa  142  4e-33  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_06961  RNA methyltransferase TrmH, group 3  47.43 
 
 
413 aa  142  7e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.1089  normal  0.124675 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0262  RNA methyltransferase  36.67 
 
 
243 aa  141  8e-33  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000000295307  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1336  RNA methyltransferase  39.68 
 
 
293 aa  141  9.999999999999999e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.875783 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1408  RNA methyltransferase  38.84 
 
 
255 aa  139  3e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0243869  normal  0.695011 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09101  RNA methyltransferase TrmH, group 3  36.4 
 
 
334 aa  139  3.9999999999999997e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2757  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  46.22 
 
 
321 aa  139  3.9999999999999997e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.611419 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0644  RNA methyltransferase  41.18 
 
 
250 aa  138  7.999999999999999e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000634261 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0912  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  39 
 
 
321 aa  138  8.999999999999999e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0472746 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2268  RNA methyltransferase  46.81 
 
 
248 aa  138  1e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.144304  normal  0.908224 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1606  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  46.81 
 
 
248 aa  137  1e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65190  TrmH family RNA methyltransferase , group 3  48.31 
 
 
248 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1473  rRNA methylase  42.71 
 
 
330 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1828  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  39.51 
 
 
264 aa  136  3.0000000000000003e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0152  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  40.57 
 
 
245 aa  136  4e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03462  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  37.25 
 
 
246 aa  135  6.0000000000000005e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3414  RNA methyltransferase  46.56 
 
 
248 aa  135  6.0000000000000005e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.377337  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1229  putative tRNA/rRNA methyltransferase protein  49.71 
 
 
249 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00902362  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0580  RNA methyltransferase TrmH, group 3  41.42 
 
 
251 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.912866  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2176  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  40.51 
 
 
247 aa  134  9.999999999999999e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000213076  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5663  putative rRNA methylase  48.31 
 
 
248 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1165  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  46.49 
 
 
250 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0693312  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4934  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  41.42 
 
 
250 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1903  RNA methyltransferase  48.28 
 
 
244 aa  133  1.9999999999999998e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0247051 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0533  RNA methyltransferase TrmH, group 3  41.08 
 
 
255 aa  133  3e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0666066 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0439  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  39.17 
 
 
243 aa  132  3.9999999999999996e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000546108 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0731  RNA methyltransferase  40.11 
 
 
328 aa  133  3.9999999999999996e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.883902  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0856  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  40.11 
 
 
329 aa  132  5e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1073  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  45.95 
 
 
250 aa  132  6e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.5513  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0609  RNA methyltransferase TrmH  40.42 
 
 
254 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0802048 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03770  rRNA methylase, putative, group 3  47.4 
 
 
323 aa  131  1.0000000000000001e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.1456 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0107  hypothetical protein  39.5 
 
 
249 aa  130  2.0000000000000002e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0092  hypothetical protein  39.5 
 
 
249 aa  130  2.0000000000000002e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07630  RNA methyltransferase TrmH, group 3  41.6 
 
 
247 aa  130  2.0000000000000002e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1644  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  38.42 
 
 
234 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000329546  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04047  23S rRNA (Gm2251)-methyltransferase  38.49 
 
 
243 aa  130  3e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3813  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  38.49 
 
 
243 aa  130  3e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4424  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  38.49 
 
 
243 aa  130  3e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0411  RNA methyltransferase  34.58 
 
 
249 aa  130  3e-29  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3833  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  38.49 
 
 
243 aa  130  3e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000869352 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04009  hypothetical protein  38.49 
 
 
243 aa  130  3e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4651  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  38.49 
 
 
243 aa  130  3e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.326823 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1155  RNA methyltransferase TrmH, group 3  45.31 
 
 
542 aa  130  3e-29  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.623752  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0352  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  39.44 
 
 
268 aa  130  3e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.426039  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4032  RNA methyltransferase  44.44 
 
 
263 aa  130  3e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.104893  normal  0.17996 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5696  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  38.49 
 
 
243 aa  130  3e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3066  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  39.24 
 
 
240 aa  130  3e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0466903  normal  0.239328 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4740  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  38.49 
 
 
243 aa  130  3e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.504113  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2091  RNA methyltransferase TrmH, group 3  41.06 
 
 
247 aa  129  4.0000000000000003e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.254713  normal  0.346719 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0768  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  38.33 
 
 
244 aa  129  4.0000000000000003e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.311518  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4787  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  38.91 
 
 
243 aa  129  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.535347 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0213  RNA methyltransferase TrmH, group 3  44.69 
 
 
324 aa  129  5.0000000000000004e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4637  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  38.91 
 
 
243 aa  129  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2071  RNA methyltransferase TrmH, group 3  49.14 
 
 
256 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4766  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  38.91 
 
 
243 aa  129  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4730  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  38.91 
 
 
243 aa  129  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.653349  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>