More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2049 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2049  RNA methyltransferase TrmH, group 3  100 
 
 
262 aa  525  1e-148  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2239  tRNA/rRNA metyltransferase  70.49 
 
 
261 aa  348  5e-95  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.695793  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0914  RNA methyltransferase  70.49 
 
 
261 aa  347  8e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.106416 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2255  RNA methyltransferase  68.44 
 
 
261 aa  338  5e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0110995  normal  0.147851 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2571  RNA methyltransferase  68.99 
 
 
263 aa  326  3e-88  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.387243  hitchhiker  0.000000145169 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2801  RNA methyltransferase TrmH, group 3  64.34 
 
 
260 aa  322  5e-87  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.785043 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3826  RNA methyltransferase  62.8 
 
 
265 aa  292  3e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1314  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  47.83 
 
 
296 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.173371  normal  0.338994 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1810  tRNA/rRNA metyltransferase  46.64 
 
 
293 aa  197  1.0000000000000001e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1412  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  47.39 
 
 
296 aa  193  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.908439  normal  0.353351 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1939  RNA methyltransferase  46.51 
 
 
286 aa  193  2e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1254  RNA methyltransferase  48.15 
 
 
286 aa  193  3e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.159804  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1216  RNA methyltransferase  48.15 
 
 
303 aa  192  3e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0968  RNA methyltransferase  46.81 
 
 
291 aa  189  5.999999999999999e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0219055 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1084  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.57 
 
 
276 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.235223  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2905  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.74 
 
 
268 aa  183  3e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.529691  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0558  RNA methyltransferase  43.28 
 
 
276 aa  177  2e-43  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000000162254  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3354  RNA methyltransferase  45.34 
 
 
288 aa  173  1.9999999999999998e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.454426 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2203  RNA methyltransferase TrmH, group 3  44.4 
 
 
273 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.524372  normal  0.0758016 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4216  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40 
 
 
259 aa  172  5e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.1027  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3230  RNA methyltransferase TrmH, group 3  44.4 
 
 
273 aa  171  1e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.736956  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3844  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  43.29 
 
 
275 aa  169  3e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5155  putative rRNA methylase  45.02 
 
 
280 aa  169  4e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.512859  normal  0.0887365 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2062  RNA methyltransferase TrmH, group 3  41.32 
 
 
283 aa  168  7e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0229052  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2721  RNA methyltransferase  42.64 
 
 
288 aa  168  1e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0334114  normal  0.254549 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2508  RNA methyltransferase TrmH, group 3  39.44 
 
 
283 aa  167  1e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0183  RNA methyltransferase  43.04 
 
 
268 aa  165  8e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0082  RNA methyltransferase  41.25 
 
 
276 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0125  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  43.04 
 
 
268 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.903054  normal  0.365569 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0208  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  42.62 
 
 
269 aa  162  6e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.335988  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0360  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  40.69 
 
 
293 aa  160  3e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.038397 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3641  RNA methyltransferase TrmH, group 3  41.81 
 
 
275 aa  159  4e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.179566  normal  0.181036 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2703  RNA methyltransferase TrmH, group 3  43.16 
 
 
348 aa  157  2e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.224688  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1559  RNA methyltransferase  42.42 
 
 
281 aa  155  6e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12965  normal  0.228384 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1817  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.43 
 
 
289 aa  146  3e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.503004 
 
 
-
 
NC_002978  WD0951  RNA methyltransferase  34.15 
 
 
254 aa  145  4.0000000000000006e-34  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1336  RNA methyltransferase  38.82 
 
 
293 aa  144  2e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.875783 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1606  RNA methyltransferase  37.35 
 
 
278 aa  135  7.000000000000001e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.15011  normal  0.877498 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0615  RNA methyl transferase TrmH, group 3  33.89 
 
 
252 aa  134  9.999999999999999e-31  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.97869  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2426  RNA methyltransferase  40.89 
 
 
247 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.197949 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0404  RNA methyltransferase  33.89 
 
 
252 aa  133  3e-30  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.106461  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2176  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  36.84 
 
 
247 aa  133  3.9999999999999996e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000213076  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1364  RNA methyltransferase TrmH, group 3  38.67 
 
 
271 aa  133  3.9999999999999996e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.84942  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2757  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  41.2 
 
 
321 aa  128  9.000000000000001e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.611419 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2767  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  35.92 
 
 
247 aa  127  1.0000000000000001e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.665903  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1828  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  34.71 
 
 
264 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0846  RNA methyltransferase TrmH, group 3  38.26 
 
 
272 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.139402  normal  0.265264 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1408  RNA methyltransferase  35.71 
 
 
255 aa  126  4.0000000000000003e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0243869  normal  0.695011 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04047  23S rRNA (Gm2251)-methyltransferase  35.39 
 
 
243 aa  125  7e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3813  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.39 
 
 
243 aa  125  7e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3833  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  35.39 
 
 
243 aa  125  7e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000869352 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4424  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  35.39 
 
 
243 aa  125  7e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5696  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  35.39 
 
 
243 aa  125  7e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04009  hypothetical protein  35.39 
 
 
243 aa  125  7e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4740  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  35.39 
 
 
243 aa  125  7e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.504113  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4651  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  35.39 
 
 
243 aa  125  7e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.326823 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0906  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  37.35 
 
 
248 aa  125  9e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0439  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  35.8 
 
 
243 aa  124  1e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000546108 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002269  23S rRNA (guanosine-2'-O-) -methyltransferase RlmB  35.48 
 
 
248 aa  125  1e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4766  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  35.8 
 
 
243 aa  124  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4787  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  35.39 
 
 
243 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.535347 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4730  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  35.39 
 
 
243 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.653349  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4637  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  35.39 
 
 
243 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0995  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  32.77 
 
 
246 aa  122  4e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0152  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  38.11 
 
 
245 aa  122  4e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0363  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  35.39 
 
 
244 aa  123  4e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0040389 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0262  RNA methyltransferase  34.31 
 
 
243 aa  122  5e-27  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000000295307  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0416  RNA methyltransferase  42.22 
 
 
246 aa  122  5e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.896719  normal  0.93402 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1606  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  41.67 
 
 
248 aa  122  7e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2268  RNA methyltransferase  41.67 
 
 
248 aa  122  7e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.144304  normal  0.908224 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2387  RNA methyltransferase  35.92 
 
 
245 aa  121  9e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.939992  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4647  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  34.98 
 
 
243 aa  121  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4879  RNA methyltransferase  36.63 
 
 
248 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4759  RNA methyltransferase  36.63 
 
 
248 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0810768 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03462  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  34.84 
 
 
246 aa  120  1.9999999999999998e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4711  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  34.98 
 
 
243 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00084  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  35.08 
 
 
247 aa  120  3e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4935  RNA methyltransferase  36.63 
 
 
248 aa  119  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000134443 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0768  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  35.27 
 
 
244 aa  120  3e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.311518  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1229  putative tRNA/rRNA methyltransferase protein  37.3 
 
 
249 aa  119  3.9999999999999996e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00902362  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3589  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  35.95 
 
 
246 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124331  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3644  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  34.98 
 
 
246 aa  119  4.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0690  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  34.98 
 
 
246 aa  119  4.9999999999999996e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3790  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  34.98 
 
 
246 aa  119  4.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4616  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  33.33 
 
 
251 aa  119  7e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1937  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  38.24 
 
 
251 aa  118  7.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.177305  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3444  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  35.25 
 
 
243 aa  117  9.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.882432  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_06961  RNA methyltransferase TrmH, group 3  42.54 
 
 
413 aa  118  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.1089  normal  0.124675 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3066  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  34.58 
 
 
240 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0466903  normal  0.239328 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0209  RNA methyltransferase  33.33 
 
 
251 aa  117  1.9999999999999998e-25  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0580  RNA methyltransferase TrmH, group 3  36.61 
 
 
251 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.912866  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3601  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  34.84 
 
 
243 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1165  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  42.05 
 
 
250 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0693312  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4669  RNA methyltransferase  34.92 
 
 
248 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0289755 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0789  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  35.92 
 
 
244 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0851  RNA methyltransferase TrmH, group 3  34.03 
 
 
336 aa  116  3e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.367945  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1644  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  37.56 
 
 
234 aa  116  3.9999999999999997e-25  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000329546  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4934  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.73 
 
 
250 aa  115  6e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10311  RNA methyltransferase TrmH, group 3  37.08 
 
 
349 aa  115  6e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.988579  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3029  RNA methyltransferase TrmH, group 3  43.79 
 
 
264 aa  115  6.9999999999999995e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.068461  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>