More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2508 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_2508  RNA methyltransferase TrmH, group 3  100 
 
 
283 aa  560  1.0000000000000001e-159  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2062  RNA methyltransferase TrmH, group 3  86.52 
 
 
283 aa  481  1e-135  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0229052  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3844  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  79.08 
 
 
275 aa  427  1e-119  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5155  putative rRNA methylase  79.43 
 
 
280 aa  426  1e-118  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.512859  normal  0.0887365 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2203  RNA methyltransferase TrmH, group 3  79.51 
 
 
273 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.524372  normal  0.0758016 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3230  RNA methyltransferase TrmH, group 3  78.8 
 
 
273 aa  418  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.736956  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3641  RNA methyltransferase TrmH, group 3  77.03 
 
 
275 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.179566  normal  0.181036 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3354  RNA methyltransferase  69.87 
 
 
288 aa  306  2.0000000000000002e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.454426 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2905  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  62.01 
 
 
268 aa  275  6e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.529691  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4216  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  63.32 
 
 
259 aa  272  4.0000000000000004e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.1027  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0125  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  58.4 
 
 
268 aa  264  1e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.903054  normal  0.365569 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0183  RNA methyltransferase  58.4 
 
 
268 aa  264  1e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1559  RNA methyltransferase  61.97 
 
 
281 aa  262  4.999999999999999e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12965  normal  0.228384 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0208  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  61.34 
 
 
269 aa  260  2e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.335988  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1810  tRNA/rRNA metyltransferase  57.87 
 
 
293 aa  251  1e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1939  RNA methyltransferase  52.57 
 
 
286 aa  248  7e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1254  RNA methyltransferase  51.84 
 
 
286 aa  243  3e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.159804  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1084  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  59.13 
 
 
276 aa  243  3e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.235223  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1216  RNA methyltransferase  51.47 
 
 
303 aa  241  7e-63  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1314  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  60.37 
 
 
296 aa  241  1e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.173371  normal  0.338994 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1412  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  53.52 
 
 
296 aa  239  4e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.908439  normal  0.353351 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0360  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  56.12 
 
 
293 aa  239  5e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.038397 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0558  RNA methyltransferase  55.75 
 
 
276 aa  235  6e-61  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000000162254  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0968  RNA methyltransferase  57.34 
 
 
291 aa  235  8e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0219055 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1336  RNA methyltransferase  49.43 
 
 
293 aa  223  4e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.875783 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2721  RNA methyltransferase  48.04 
 
 
288 aa  203  3e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0334114  normal  0.254549 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0082  RNA methyltransferase  47.33 
 
 
276 aa  200  3e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2757  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  53.1 
 
 
321 aa  186  5e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.611419 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2703  RNA methyltransferase TrmH, group 3  43.75 
 
 
348 aa  177  1e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.224688  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2801  RNA methyltransferase TrmH, group 3  42.98 
 
 
260 aa  172  5e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.785043 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2571  RNA methyltransferase  45.49 
 
 
263 aa  172  5e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.387243  hitchhiker  0.000000145169 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2255  RNA methyltransferase  45.06 
 
 
261 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0110995  normal  0.147851 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0914  RNA methyltransferase  43.78 
 
 
261 aa  169  3e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.106416 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2239  tRNA/rRNA metyltransferase  43.78 
 
 
261 aa  169  4e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.695793  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1364  RNA methyltransferase TrmH, group 3  44.59 
 
 
271 aa  166  5e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.84942  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2049  RNA methyltransferase TrmH, group 3  41.92 
 
 
262 aa  165  5.9999999999999996e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2426  RNA methyltransferase  46.85 
 
 
247 aa  164  1.0000000000000001e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.197949 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1606  RNA methyltransferase  42.11 
 
 
278 aa  164  1.0000000000000001e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.15011  normal  0.877498 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3826  RNA methyltransferase  46.02 
 
 
265 aa  159  5e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0951  RNA methyltransferase  35.47 
 
 
254 aa  157  2e-37  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0404  RNA methyltransferase  34.89 
 
 
252 aa  155  7e-37  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.106461  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1937  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  43.48 
 
 
251 aa  154  2e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.177305  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1817  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.13 
 
 
289 aa  153  2.9999999999999998e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.503004 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0262  RNA methyltransferase  36.91 
 
 
243 aa  149  4e-35  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000000295307  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0615  RNA methyl transferase TrmH, group 3  33.91 
 
 
252 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.97869  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0846  RNA methyltransferase TrmH, group 3  42.11 
 
 
272 aa  144  1e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.139402  normal  0.265264 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0107  hypothetical protein  39.74 
 
 
249 aa  142  5e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0092  hypothetical protein  39.32 
 
 
249 aa  141  9.999999999999999e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07630  RNA methyltransferase TrmH, group 3  37.39 
 
 
247 aa  139  4.999999999999999e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03462  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  36.91 
 
 
246 aa  139  7e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0995  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  35.62 
 
 
246 aa  138  1e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2176  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  38.89 
 
 
247 aa  136  3.0000000000000003e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000213076  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2387  RNA methyltransferase  38.89 
 
 
245 aa  135  7.000000000000001e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.939992  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1229  putative tRNA/rRNA methyltransferase protein  38.2 
 
 
249 aa  135  8e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00902362  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65190  TrmH family RNA methyltransferase , group 3  38.46 
 
 
248 aa  135  8e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5663  putative rRNA methylase  38.46 
 
 
248 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1165  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  39.33 
 
 
250 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0693312  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1625  RNA methyltransferase TrmH, group 3  35.74 
 
 
251 aa  133  3e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.117052  hitchhiker  0.00235214 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1003  RNA methyltransferase TrmH, group 3  34.19 
 
 
261 aa  133  3e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.60779  normal  0.0289199 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0152  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  39.26 
 
 
245 aa  133  3e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1073  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  39.33 
 
 
250 aa  132  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.5513  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0738  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  36.32 
 
 
246 aa  132  5e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000750261  hitchhiker  0.000830683 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0708  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  36.32 
 
 
246 aa  132  5e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.106779  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1817  putative tRNA/rRNA methyltransferase protein  38.82 
 
 
247 aa  132  5e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.392601  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2969  RNA methyltransferase TrmH, group 3  36.93 
 
 
243 aa  132  6e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3646  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  36.32 
 
 
246 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0005449  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4669  RNA methyltransferase  36.71 
 
 
248 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0289755 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3418  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  38.3 
 
 
246 aa  132  7.999999999999999e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.125093  normal  0.287966 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4879  RNA methyltransferase  36.86 
 
 
248 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1975  RNA methyltransferase  41.18 
 
 
250 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.602495  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4759  RNA methyltransferase  36.86 
 
 
248 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0810768 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1903  RNA methyltransferase  37.9 
 
 
244 aa  131  1.0000000000000001e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0247051 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1105  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  37.02 
 
 
255 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.919918  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4935  RNA methyltransferase  36.86 
 
 
248 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000134443 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0644  RNA methyltransferase  36.75 
 
 
250 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000634261 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1696  RNA methyltransferase  37.07 
 
 
247 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0991  tRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase, putative  37.02 
 
 
255 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2767  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  37.55 
 
 
247 aa  130  3e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.665903  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3377  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.6 
 
 
251 aa  130  3e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0609  RNA methyltransferase TrmH  34.17 
 
 
254 aa  130  3e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0802048 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0219  RNA methyltransferase TrmH, group 3  36.69 
 
 
274 aa  130  3e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4689  RNA methyltransferase TrmH, group 3  35.78 
 
 
247 aa  130  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196854  normal  0.78403 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0750  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  35.9 
 
 
246 aa  130  3e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.050001  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0088  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.99 
 
 
246 aa  130  3e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0729  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  35.9 
 
 
246 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00179168  hitchhiker  0.0000000825848 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1952  RNA methyltransferase TrmH, group 3  37.39 
 
 
249 aa  129  4.0000000000000003e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.192132  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2518  RNA methyltransferase  36.21 
 
 
247 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00110794  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0698  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  36.1 
 
 
246 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000126768  hitchhiker  0.000148247 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3934  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  35.95 
 
 
246 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2952  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  33.79 
 
 
327 aa  129  5.0000000000000004e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.844398  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1971  RNA methyltransferase  35.78 
 
 
260 aa  129  6e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0684  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  35.27 
 
 
246 aa  129  6e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000107401  hitchhiker  0.000276778 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1817  RNA methyltransferase  35.78 
 
 
247 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.135393  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1746  RNA methyltransferase  35.78 
 
 
247 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.248108  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1262  RNA methyltransferase  35.78 
 
 
247 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0851  RNA methyltransferase TrmH, group 3  35.44 
 
 
336 aa  129  7.000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.367945  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1708  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.78 
 
 
247 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.746509  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1020  RNA methyltransferase  35.78 
 
 
247 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0199854  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1799  RNA methyltransferase  35.78 
 
 
247 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.335408  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0146  RNA methyltransferase  35.78 
 
 
247 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.277376  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>