More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2426 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_2426  RNA methyltransferase  100 
 
 		 247 aa  488  1e-137  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.197949 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0846  RNA methyltransferase TrmH, group 3  68.46 
 
 		 272 aa  315  5e-85  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.139402  normal  0.265264 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1364  RNA methyltransferase TrmH, group 3  61.78 
 
 		 271 aa  266  2e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.84942  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2721  RNA methyltransferase  48.1 
 
 		 288 aa  202  3e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0334114  normal  0.254549 
 
 
-
 
NC_004310  BR1254  RNA methyltransferase  44.18 
 
 		 286 aa  192  4e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.159804  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1216  RNA methyltransferase  44.18 
 
 		 303 aa  192  5e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1939  RNA methyltransferase  43.78 
 
 		 286 aa  191  6e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1810  tRNA/rRNA metyltransferase  46.09 
 
 		 293 aa  189  4e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0558  RNA methyltransferase  42.04 
 
 		 276 aa  182  4.0000000000000006e-45  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000000162254  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2757  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  47.23 
 
 		 321 aa  182  4.0000000000000006e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.611419 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2703  RNA methyltransferase TrmH, group 3  46.8 
 
 		 348 aa  181  8.000000000000001e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.224688  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3844  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  46.35 
 
 		 275 aa  179  4e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3641  RNA methyltransferase TrmH, group 3  45.88 
 
 		 275 aa  178  8e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.179566  normal  0.181036 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2203  RNA methyltransferase TrmH, group 3  46.18 
 
 		 273 aa  177  1e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.524372  normal  0.0758016 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0082  RNA methyltransferase  46.55 
 
 		 276 aa  177  1e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5155  putative rRNA methylase  45.17 
 
 		 280 aa  176  2e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.512859  normal  0.0887365 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3230  RNA methyltransferase TrmH, group 3  44.35 
 
 		 273 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.736956  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2062  RNA methyltransferase TrmH, group 3  44.4 
 
 		 283 aa  176  3e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0229052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2905  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.99 
 
 		 268 aa  176  4e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.529691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0968  RNA methyltransferase  44.84 
 
 		 291 aa  175  8e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0219055 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2508  RNA methyltransferase TrmH, group 3  47.44 
 
 		 283 aa  174  8e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1559  RNA methyltransferase  48.48 
 
 		 281 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12965  normal  0.228384 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1314  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  43.44 
 
 		 296 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.173371  normal  0.338994 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4216  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.44 
 
 		 259 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.1027  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1606  RNA methyltransferase  45.18 
 
 		 278 aa  173  1.9999999999999998e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.15011  normal  0.877498 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2801  RNA methyltransferase TrmH, group 3  46.61 
 
 		 260 aa  172  5e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.785043 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3354  RNA methyltransferase  45.61 
 
 		 288 aa  172  5.999999999999999e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.454426 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1412  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  42.99 
 
 		 296 aa  171  9e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.908439  normal  0.353351 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2571  RNA methyltransferase  46.58 
 
 		 263 aa  171  1e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.387243  hitchhiker  0.000000145169 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1084  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.96 
 
 		 276 aa  169  4e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.235223  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0262  RNA methyltransferase  33.33 
 
 		 243 aa  160  2e-38  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000000295307  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0951  RNA methyltransferase  31.33 
 
 		 254 aa  159  5e-38  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0183  RNA methyltransferase  42.96 
 
 		 268 aa  158  7e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0615  RNA methyl transferase TrmH, group 3  30.49 
 
 		 252 aa  158  8e-38  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.97869  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0125  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  42.96 
 
 		 268 aa  158  8e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.903054  normal  0.365569 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3826  RNA methyltransferase  45.78 
 
 		 265 aa  158  9e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0404  RNA methyltransferase  30.96 
 
 		 252 aa  157  2e-37  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.106461  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0208  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  45.23 
 
 		 269 aa  155  6e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.335988  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1336  RNA methyltransferase  41.88 
 
 		 293 aa  154  2e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.875783 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2239  tRNA/rRNA metyltransferase  43.72 
 
 		 261 aa  150  1e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.695793  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0851  RNA methyltransferase TrmH, group 3  36.13 
 
 		 336 aa  150  2e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.367945  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2255  RNA methyltransferase  44.59 
 
 		 261 aa  150  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0110995  normal  0.147851 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1817  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.33 
 
 		 289 aa  150  2e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.503004 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0914  RNA methyltransferase  43.72 
 
 		 261 aa  150  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.106416 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10311  RNA methyltransferase TrmH, group 3  36.25 
 
 		 349 aa  146  3e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.988579  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2049  RNA methyltransferase TrmH, group 3  42.06 
 
 		 262 aa  145  9e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09121  RNA methyltransferase TrmH, group 3  33.46 
 
 		 335 aa  142  4e-33  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0360  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  39.01 
 
 		 293 aa  141  8e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.038397 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0092  hypothetical protein  36.4 
 
 		 249 aa  141  9.999999999999999e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4146  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.59 
 
 		 310 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09101  RNA methyltransferase TrmH, group 3  34.17 
 
 		 334 aa  140  1.9999999999999998e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_06961  RNA methyltransferase TrmH, group 3  37.7 
 
 		 413 aa  139  3e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.1089  normal  0.124675 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0107  hypothetical protein  36.4 
 
 		 249 aa  139  4.999999999999999e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0906  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  44.44 
 
 		 248 aa  138  7.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1685  RNA methyltransferase  47.06 
 
 		 247 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.282815 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3414  RNA methyltransferase  47.98 
 
 		 248 aa  137  2e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.377337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4689  RNA methyltransferase TrmH, group 3  45.45 
 
 		 247 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196854  normal  0.78403 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5663  putative rRNA methylase  37.5 
 
 		 248 aa  136  4e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0644  RNA methyltransferase  37.24 
 
 		 250 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000634261 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0116  RNA methyltransferase TrmH family, group 3  42.11 
 
 		 238 aa  135  7.000000000000001e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.328344  normal  0.298059 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2285  TrmA family RNA methyltransferase  34.73 
 
 		 323 aa  135  9e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.240402  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1469  RNA methyltransferase  45.45 
 
 		 247 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4413  RNA methyltransferase TrmH, group 3  35.74 
 
 		 327 aa  134  9.999999999999999e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1067  RNA methyltransferase TrmH, group 3  44.92 
 
 		 247 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1448  RNA methyltransferase  45.45 
 
 		 247 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1547  RNA methyltransferase  44.92 
 
 		 247 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.844862  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0262  RNA methyltransferase TrmH, group 3  34.18 
 
 		 416 aa  134  1.9999999999999998e-30  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1606  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  46.82 
 
 		 248 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2268  RNA methyltransferase  46.82 
 
 		 248 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.144304  normal  0.908224 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09311  RNA methyltransferase TrmH, group 3  34.18 
 
 		 442 aa  133  1.9999999999999998e-30  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.0566162 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65190  TrmH family RNA methyltransferase , group 3  37.08 
 
 		 248 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15801  rRNA methylase  37.9 
 
 		 536 aa  133  1.9999999999999998e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1975  RNA methyltransferase  39.51 
 
 		 250 aa  133  3e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.602495  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1523  RNA methyltransferase  44.92 
 
 		 247 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.289763 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2730  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.48 
 
 		 255 aa  132  3.9999999999999996e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.751116  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2518  RNA methyltransferase  45.36 
 
 		 247 aa  132  5e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00110794  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0264  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  34.96 
 
 		 292 aa  132  6e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0265  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  34.96 
 
 		 292 aa  132  6e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1696  RNA methyltransferase  38.89 
 
 		 247 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1971  RNA methyltransferase  40 
 
 		 260 aa  131  9e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2208  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  44.19 
 
 		 248 aa  130  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531626  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0086  RNA methyltransferase  34.62 
 
 		 247 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000284808  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0995  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  43.02 
 
 		 246 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2629  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.17 
 
 		 387 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.821515 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1746  RNA methyltransferase  44.85 
 
 		 247 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.248108  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1799  RNA methyltransferase  44.85 
 
 		 247 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.335408  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2889  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.16 
 
 		 248 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1262  RNA methyltransferase  44.85 
 
 		 247 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1020  RNA methyltransferase  44.85 
 
 		 247 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0199854  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1817  RNA methyltransferase  44.85 
 
 		 247 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.135393  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0146  RNA methyltransferase  44.85 
 
 		 247 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.277376  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4935  RNA methyltransferase  35.59 
 
 		 248 aa  129  3e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000134443 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0609  RNA methyltransferase TrmH  38.24 
 
 		 254 aa  129  3e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0802048 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1155  RNA methyltransferase TrmH, group 3  36.67 
 
 		 542 aa  129  3e-29  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.623752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4730  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  46.02 
 
 		 243 aa  129  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.653349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4637  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  46.02 
 
 		 243 aa  129  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0416  RNA methyltransferase  37.95 
 
 		 246 aa  129  4.0000000000000003e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.896719  normal  0.93402 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4787  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  46.02 
 
 		 243 aa  129  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.535347 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4766  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  45.45 
 
 		 243 aa  129  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4647  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  46.02 
 
 		 243 aa  129  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>