More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0968 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0968  RNA methyltransferase  100 
 
 		 291 aa  587  1e-167  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0219055 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1810  tRNA/rRNA metyltransferase  77.16 
 
 		 293 aa  455  1e-127  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1412  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  78.38 
 
 		 296 aa  441  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.908439  normal  0.353351 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1314  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  77.36 
 
 		 296 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.173371  normal  0.338994 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1939  RNA methyltransferase  62.72 
 
 		 286 aa  362  3e-99  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1254  RNA methyltransferase  62.02 
 
 		 286 aa  357  9e-98  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.159804  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1216  RNA methyltransferase  62.02 
 
 		 303 aa  357  1.9999999999999998e-97  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1084  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  60.84 
 
 		 276 aa  326  3e-88  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.235223  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0558  RNA methyltransferase  55.79 
 
 		 276 aa  302  5.000000000000001e-81  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000000162254  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5155  putative rRNA methylase  52.04 
 
 		 280 aa  249  3e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.512859  normal  0.0887365 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3844  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  52.77 
 
 		 275 aa  246  2e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2062  RNA methyltransferase TrmH, group 3  57.78 
 
 		 283 aa  246  3e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0229052  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3230  RNA methyltransferase TrmH, group 3  57.27 
 
 		 273 aa  245  6.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.736956  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2508  RNA methyltransferase TrmH, group 3  57.33 
 
 		 283 aa  244  1.9999999999999999e-63  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2203  RNA methyltransferase TrmH, group 3  56.89 
 
 		 273 aa  241  7e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.524372  normal  0.0758016 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3641  RNA methyltransferase TrmH, group 3  51.28 
 
 		 275 aa  241  1e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.179566  normal  0.181036 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3354  RNA methyltransferase  53.5 
 
 		 288 aa  239  5e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.454426 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2905  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.11 
 
 		 268 aa  236  3e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.529691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4216  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.2 
 
 		 259 aa  236  4e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.1027  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1559  RNA methyltransferase  50.88 
 
 		 281 aa  210  2e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12965  normal  0.228384 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0183  RNA methyltransferase  48.26 
 
 		 268 aa  208  9e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0125  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  48.65 
 
 		 268 aa  207  2e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.903054  normal  0.365569 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0208  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  51.53 
 
 		 269 aa  204  1e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.335988  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2721  RNA methyltransferase  49.57 
 
 		 288 aa  198  7e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0334114  normal  0.254549 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2049  RNA methyltransferase TrmH, group 3  47.15 
 
 		 262 aa  198  9e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0360  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  43.42 
 
 		 293 aa  194  1e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.038397 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1336  RNA methyltransferase  48.26 
 
 		 293 aa  193  3e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.875783 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2255  RNA methyltransferase  48.7 
 
 		 261 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0110995  normal  0.147851 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2571  RNA methyltransferase  47.28 
 
 		 263 aa  188  9e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.387243  hitchhiker  0.000000145169 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2801  RNA methyltransferase TrmH, group 3  44.44 
 
 		 260 aa  187  1e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.785043 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2239  tRNA/rRNA metyltransferase  46.81 
 
 		 261 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.695793  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0914  RNA methyltransferase  46.81 
 
 		 261 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.106416 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0082  RNA methyltransferase  44.2 
 
 		 276 aa  186  4e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2757  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  48.9 
 
 		 321 aa  177  2e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.611419 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3826  RNA methyltransferase  46.22 
 
 		 265 aa  175  8e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2426  RNA methyltransferase  44.84 
 
 		 247 aa  174  9.999999999999999e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.197949 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1364  RNA methyltransferase TrmH, group 3  45.78 
 
 		 271 aa  172  5.999999999999999e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.84942  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2703  RNA methyltransferase TrmH, group 3  40.16 
 
 		 348 aa  159  5e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.224688  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0951  RNA methyltransferase  34.85 
 
 		 254 aa  155  8e-37  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0846  RNA methyltransferase TrmH, group 3  42.29 
 
 		 272 aa  155  1e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.139402  normal  0.265264 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0262  RNA methyltransferase  37.97 
 
 		 243 aa  149  7e-35  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000000295307  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0404  RNA methyltransferase  33.19 
 
 		 252 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.106461  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0615  RNA methyl transferase TrmH, group 3  32.78 
 
 		 252 aa  144  2e-33  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.97869  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1606  RNA methyltransferase  39.39 
 
 		 278 aa  144  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.15011  normal  0.877498 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1817  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.72 
 
 		 289 aa  144  2e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.503004 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0609  RNA methyltransferase TrmH  38.4 
 
 		 254 aa  140  3e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0802048 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07630  RNA methyltransferase TrmH, group 3  37.39 
 
 		 247 aa  131  1.0000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0644  RNA methyltransferase  36.44 
 
 		 250 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000634261 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0906  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  37.39 
 
 		 248 aa  126  5e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10311  RNA methyltransferase TrmH, group 3  37.18 
 
 		 349 aa  126  5e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.988579  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0107  hypothetical protein  35.27 
 
 		 249 aa  125  6e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1937  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  38.89 
 
 		 251 aa  125  6e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.177305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3414  RNA methyltransferase  43.43 
 
 		 248 aa  125  7e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.377337  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0092  hypothetical protein  35.27 
 
 		 249 aa  125  8.000000000000001e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1061  23S rRNA Gm2251 methyltransferase  35.83 
 
 		 270 aa  125  9e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4879  RNA methyltransferase  34.75 
 
 		 248 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1165  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  37.08 
 
 		 250 aa  125  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0693312  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4935  RNA methyltransferase  35.17 
 
 		 248 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000134443 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1817  putative tRNA/rRNA methyltransferase protein  42.69 
 
 		 247 aa  125  1e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.392601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4759  RNA methyltransferase  34.75 
 
 		 248 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0810768 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0953  RNA methyltransferase  34.31 
 
 		 270 aa  124  2e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1105  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.78 
 
 		 255 aa  123  4e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.919918  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0991  tRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase, putative  35.78 
 
 		 255 aa  123  4e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1073  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.67 
 
 		 250 aa  122  5e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.5513  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65190  TrmH family RNA methyltransferase , group 3  34.19 
 
 		 248 aa  123  5e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5663  putative rRNA methylase  34.19 
 
 		 248 aa  122  6e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1229  putative tRNA/rRNA methyltransferase protein  38.08 
 
 		 249 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00902362  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3377  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  33.87 
 
 		 251 aa  121  9.999999999999999e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09121  RNA methyltransferase TrmH, group 3  31.62 
 
 		 335 aa  121  1.9999999999999998e-26  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0851  RNA methyltransferase TrmH, group 3  35.32 
 
 		 336 aa  121  1.9999999999999998e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.367945  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0995  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  33.48 
 
 		 246 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1903  RNA methyltransferase  42.11 
 
 		 244 aa  120  1.9999999999999998e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0247051 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4669  RNA methyltransferase  33.9 
 
 		 248 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0289755 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03462  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  34.6 
 
 		 246 aa  120  3e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3589  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  34.03 
 
 		 246 aa  119  6e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124331  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2208  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  39.08 
 
 		 248 aa  119  7e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531626  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1625  RNA methyltransferase TrmH, group 3  35.68 
 
 		 251 aa  119  7e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.117052  hitchhiker  0.00235214 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15801  rRNA methylase  36.15 
 
 		 536 aa  119  7e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1155  RNA methyltransferase TrmH, group 3  36.07 
 
 		 542 aa  119  7.999999999999999e-26  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.623752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0439  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  33.9 
 
 		 243 aa  117  1.9999999999999998e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000546108 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3029  RNA methyltransferase TrmH, group 3  43.75 
 
 		 264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.068461  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1606  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  41.14 
 
 		 248 aa  117  3e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2268  RNA methyltransferase  41.14 
 
 		 248 aa  117  3e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.144304  normal  0.908224 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2767  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  31.8 
 
 		 247 aa  116  3.9999999999999997e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.665903  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0213  RNA methyltransferase TrmH, group 3  39.15 
 
 		 324 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2730  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  31.6 
 
 		 255 aa  116  3.9999999999999997e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.751116  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0416  RNA methyltransferase  39.58 
 
 		 246 aa  116  3.9999999999999997e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.896719  normal  0.93402 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03770  rRNA methylase, putative, group 3  37.57 
 
 		 323 aa  116  5e-25  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.1456 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3018  RNA methyltransferase  44.44 
 
 		 250 aa  116  5e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.231678 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_06961  RNA methyltransferase TrmH, group 3  35.92 
 
 		 413 aa  115  6e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.1089  normal  0.124675 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1890  RNA methyltransferase  42.36 
 
 		 253 aa  116  6e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.575059 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2313  RNA methyltransferase  31.27 
 
 		 288 aa  115  6e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0718596 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0122  tRNA/rRNA methyltransferase  35.33 
 
 		 247 aa  115  6e-25  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09101  RNA methyltransferase TrmH, group 3  33.61 
 
 		 334 aa  115  6.9999999999999995e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3288  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  32.78 
 
 		 246 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.679975  hitchhiker  0.00104761 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0086  RNA methyltransferase  35.94 
 
 		 247 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000284808  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2969  RNA methyltransferase TrmH, group 3  34.31 
 
 		 243 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002269  23S rRNA (guanosine-2'-O-) -methyltransferase RlmB  33.9 
 
 		 248 aa  114  1.0000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2387  RNA methyltransferase  35.8 
 
 		 245 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.939992  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3601  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  31.78 
 
 		 243 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>