More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1810 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1810  tRNA/rRNA metyltransferase  100 
 
 		 293 aa  591  1e-168  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1412  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  80.5 
 
 		 296 aa  447  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.908439  normal  0.353351 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1314  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  80 
 
 		 296 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.173371  normal  0.338994 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0968  RNA methyltransferase  77.16 
 
 		 291 aa  438  9.999999999999999e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0219055 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1939  RNA methyltransferase  64.75 
 
 		 286 aa  361  8e-99  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1254  RNA methyltransferase  65.83 
 
 		 286 aa  360  1e-98  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.159804  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1216  RNA methyltransferase  65.83 
 
 		 303 aa  360  2e-98  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0558  RNA methyltransferase  57.09 
 
 		 276 aa  313  2.9999999999999996e-84  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000000162254  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1084  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  57.93 
 
 		 276 aa  306  3e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.235223  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3230  RNA methyltransferase TrmH, group 3  57.87 
 
 		 273 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.736956  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3844  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  59.15 
 
 		 275 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2062  RNA methyltransferase TrmH, group 3  51.38 
 
 		 283 aa  251  1e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0229052  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2203  RNA methyltransferase TrmH, group 3  57.87 
 
 		 273 aa  251  1e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.524372  normal  0.0758016 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2508  RNA methyltransferase TrmH, group 3  57.87 
 
 		 283 aa  251  1e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3641  RNA methyltransferase TrmH, group 3  55.25 
 
 		 275 aa  250  2e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.179566  normal  0.181036 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5155  putative rRNA methylase  53.31 
 
 		 280 aa  247  2e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.512859  normal  0.0887365 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4216  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.23 
 
 		 259 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.1027  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3354  RNA methyltransferase  54.36 
 
 		 288 aa  243  1.9999999999999999e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.454426 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2905  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.41 
 
 		 268 aa  239  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.529691  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0208  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  53.28 
 
 		 269 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.335988  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0183  RNA methyltransferase  52.4 
 
 		 268 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0125  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  52.84 
 
 		 268 aa  212  7e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.903054  normal  0.365569 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1559  RNA methyltransferase  52.89 
 
 		 281 aa  210  2e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12965  normal  0.228384 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2721  RNA methyltransferase  45.59 
 
 		 288 aa  204  1e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0334114  normal  0.254549 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0360  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  44.48 
 
 		 293 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.038397 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1336  RNA methyltransferase  48.26 
 
 		 293 aa  199  5e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.875783 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2049  RNA methyltransferase TrmH, group 3  46.61 
 
 		 262 aa  196  6e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2255  RNA methyltransferase  48.26 
 
 		 261 aa  189  5e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0110995  normal  0.147851 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3826  RNA methyltransferase  48.7 
 
 		 265 aa  188  1e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2571  RNA methyltransferase  46.22 
 
 		 263 aa  187  2e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.387243  hitchhiker  0.000000145169 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2801  RNA methyltransferase TrmH, group 3  43.93 
 
 		 260 aa  185  7e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.785043 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2239  tRNA/rRNA metyltransferase  46.52 
 
 		 261 aa  185  8e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.695793  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0914  RNA methyltransferase  46.52 
 
 		 261 aa  185  9e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.106416 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0082  RNA methyltransferase  46.43 
 
 		 276 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2426  RNA methyltransferase  44.14 
 
 		 247 aa  175  7e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.197949 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1364  RNA methyltransferase TrmH, group 3  42.41 
 
 		 271 aa  164  2.0000000000000002e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.84942  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2757  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  45.58 
 
 		 321 aa  163  4.0000000000000004e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.611419 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2703  RNA methyltransferase TrmH, group 3  42.17 
 
 		 348 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.224688  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0846  RNA methyltransferase TrmH, group 3  42.48 
 
 		 272 aa  160  2e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.139402  normal  0.265264 
 
 
-
 
NC_002978  WD0951  RNA methyltransferase  35.29 
 
 		 254 aa  154  1e-36  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1606  RNA methyltransferase  41.74 
 
 		 278 aa  150  3e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.15011  normal  0.877498 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0404  RNA methyltransferase  34.87 
 
 		 252 aa  149  4e-35  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.106461  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0615  RNA methyl transferase TrmH, group 3  32.77 
 
 		 252 aa  144  2e-33  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.97869  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0262  RNA methyltransferase  36.17 
 
 		 243 aa  140  1.9999999999999998e-32  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000000295307  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1817  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.33 
 
 		 289 aa  140  1.9999999999999998e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.503004 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1817  putative tRNA/rRNA methyltransferase protein  45.98 
 
 		 247 aa  133  3e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.392601  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0906  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  38.91 
 
 		 248 aa  133  3e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2387  RNA methyltransferase  38.93 
 
 		 245 aa  133  3.9999999999999996e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.939992  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3414  RNA methyltransferase  45.66 
 
 		 248 aa  132  6.999999999999999e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.377337  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0644  RNA methyltransferase  39.67 
 
 		 250 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000634261 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03462  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  37.71 
 
 		 246 aa  130  3e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0107  hypothetical protein  36.21 
 
 		 249 aa  130  3e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3377  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.4 
 
 		 251 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0092  hypothetical protein  35.8 
 
 		 249 aa  129  4.0000000000000003e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5663  putative rRNA methylase  36.84 
 
 		 248 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3018  RNA methyltransferase  49.66 
 
 		 250 aa  129  5.0000000000000004e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.231678 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1165  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  37.55 
 
 		 250 aa  129  6e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0693312  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0995  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  35.04 
 
 		 246 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65190  TrmH family RNA methyltransferase , group 3  37.65 
 
 		 248 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0609  RNA methyltransferase TrmH  35.86 
 
 		 254 aa  128  9.000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0802048 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2539  RNA methyltransferase TrmH, group 3  43.1 
 
 		 247 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0797344  normal  0.558378 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1073  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  37.55 
 
 		 250 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.5513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1708  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  43.1 
 
 		 247 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.746509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1523  RNA methyltransferase  44.25 
 
 		 247 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.289763 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1937  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  37.97 
 
 		 251 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.177305  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07630  RNA methyltransferase TrmH, group 3  37.04 
 
 		 247 aa  126  3e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2208  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  42.94 
 
 		 248 aa  127  3e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531626  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1625  RNA methyltransferase TrmH, group 3  42.19 
 
 		 251 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.117052  hitchhiker  0.00235214 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0887  RNA methyltransferase TrmH, group 3  39.27 
 
 		 261 aa  126  4.0000000000000003e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.986853  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0439  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  37.66 
 
 		 243 aa  126  5e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000546108 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1903  RNA methyltransferase  43.01 
 
 		 244 aa  125  6e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0247051 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3029  RNA methyltransferase TrmH, group 3  47.18 
 
 		 264 aa  125  6e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.068461  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1696  RNA methyltransferase  41.9 
 
 		 247 aa  125  6e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4689  RNA methyltransferase TrmH, group 3  43.68 
 
 		 247 aa  125  7e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196854  normal  0.78403 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1685  RNA methyltransferase  43.68 
 
 		 247 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.282815 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1067  RNA methyltransferase TrmH, group 3  43.68 
 
 		 247 aa  125  9e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1547  RNA methyltransferase  43.68 
 
 		 247 aa  125  9e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.844862  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1229  putative tRNA/rRNA methyltransferase protein  37.55 
 
 		 249 aa  125  1e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00902362  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4879  RNA methyltransferase  36.82 
 
 		 248 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2767  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  34.84 
 
 		 247 aa  124  2e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.665903  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4669  RNA methyltransferase  36.55 
 
 		 248 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0289755 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2518  RNA methyltransferase  42.46 
 
 		 247 aa  124  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00110794  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4759  RNA methyltransferase  36.82 
 
 		 248 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0810768 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4935  RNA methyltransferase  37.24 
 
 		 248 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000134443 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3601  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  35.56 
 
 		 243 aa  123  3e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0152  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  37.18 
 
 		 245 aa  124  3e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1262  RNA methyltransferase  42.53 
 
 		 247 aa  122  5e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0146  RNA methyltransferase  42.53 
 
 		 247 aa  122  5e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.277376  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1799  RNA methyltransferase  42.53 
 
 		 247 aa  122  5e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.335408  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1746  RNA methyltransferase  42.53 
 
 		 247 aa  122  5e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.248108  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1817  RNA methyltransferase  42.53 
 
 		 247 aa  122  5e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.135393  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1020  RNA methyltransferase  42.53 
 
 		 247 aa  122  5e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0199854  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0580  RNA methyltransferase TrmH, group 3  38.08 
 
 		 251 aa  122  6e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.912866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1971  RNA methyltransferase  42.53 
 
 		 260 aa  122  6e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3790  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  36.32 
 
 		 246 aa  122  7e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3644  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  36.32 
 
 		 246 aa  122  7e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0690  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  36.32 
 
 		 246 aa  122  7e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3418  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  36.6 
 
 		 246 aa  122  8e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.125093  normal  0.287966 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3444  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  35.98 
 
 		 243 aa  122  8e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.882432  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0533  RNA methyltransferase TrmH, group 3  36.89 
 
 		 255 aa  122  9e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0666066 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>