More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_4246 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_4246  RNA methyltransferase TrmH, group 3  100 
 
 		 363 aa  679    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0372  RNA methyltransferase  70.67 
 
 		 386 aa  445  1.0000000000000001e-124  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.176167  hitchhiker  0.00238073 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4924  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  58.46 
 
 		 326 aa  329  6e-89  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0974  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  52.07 
 
 		 316 aa  326  3e-88  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0793749  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5337  RNA methyltransferase  53.08 
 
 		 314 aa  318  1e-85  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1447  RNA methyltransferase  54.09 
 
 		 314 aa  317  2e-85  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.812422 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0912  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  51.25 
 
 		 321 aa  307  2.0000000000000002e-82  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0472746 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13612  tRNA/rRNA methyltransferase  52.38 
 
 		 322 aa  307  2.0000000000000002e-82  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.288349 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0672  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  55.59 
 
 		 333 aa  304  1.0000000000000001e-81  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.927716  hitchhiker  0.000812989 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4221  RNA methyltransferase  51.75 
 
 		 373 aa  302  6.000000000000001e-81  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.601015 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35140  rRNA methylase, putative, group 3  52.87 
 
 		 312 aa  301  1e-80  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.939533 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5122  RNA methyltransferase  54.25 
 
 		 314 aa  301  1e-80  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.696919  normal  0.220958 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0359  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  55.03 
 
 		 321 aa  301  1e-80  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0856  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  47.04 
 
 		 329 aa  300  2e-80  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4736  RNA methyltransferase TrmH, group 3  54.25 
 
 		 314 aa  300  2e-80  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.281401  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4020  RNA methyltransferase  50.14 
 
 		 314 aa  301  2e-80  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.980605  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4822  RNA methyltransferase  54.25 
 
 		 314 aa  300  2e-80  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.945978  normal  0.837173 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03770  rRNA methylase, putative, group 3  50 
 
 		 323 aa  300  3e-80  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.1456 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8152  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  55.21 
 
 		 339 aa  299  5e-80  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2952  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  49.45 
 
 		 327 aa  298  8e-80  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.844398  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4658  RNA methyltransferase  52.21 
 
 		 372 aa  298  1e-79  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.277573  normal  0.477344 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0213  RNA methyltransferase TrmH, group 3  51.17 
 
 		 324 aa  296  4e-79  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0731  RNA methyltransferase  46.18 
 
 		 328 aa  296  4e-79  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.883902  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4313  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  51.16 
 
 		 320 aa  295  7e-79  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31740  rRNA methylase, putative, group 3  53.08 
 
 		 339 aa  295  9e-79  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.29916  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0655  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  51.92 
 
 		 319 aa  294  2e-78  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.229838  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0507  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  52.42 
 
 		 322 aa  293  4e-78  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533536  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0971  rRNA methylase-like protein  49.01 
 
 		 322 aa  291  2e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0606  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  52.05 
 
 		 324 aa  283  3.0000000000000004e-75  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.158472  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2067  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  47.54 
 
 		 326 aa  278  1e-73  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0353  RNA methyltransferase TrmH family, group 3  52.02 
 
 		 339 aa  275  8e-73  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0712  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  57.41 
 
 		 306 aa  273  4.0000000000000004e-72  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0781  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  52.06 
 
 		 324 aa  270  2e-71  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.208015  normal  0.241731 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12700  rRNA methylase, putative, group 3  46.09 
 
 		 320 aa  259  4e-68  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03800  rRNA methylase, putative, group 3  45.92 
 
 		 329 aa  254  2.0000000000000002e-66  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.395862  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1346  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  43.3 
 
 		 331 aa  250  2e-65  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00762958 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1473  rRNA methylase  43.14 
 
 		 330 aa  242  6e-63  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0083  RNA methyltransferase  53.66 
 
 		 250 aa  236  3e-61  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1336  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  45.45 
 
 		 249 aa  192  6e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000822091 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0848  RNA methyltransferase  38.8 
 
 		 247 aa  190  4e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000264025  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2796  RNA methyltransferase  46.69 
 
 		 242 aa  189  5.999999999999999e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.125421  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2889  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  45.04 
 
 		 248 aa  186  4e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0196  RNA methyltransferase  44.72 
 
 		 243 aa  185  1.0000000000000001e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000588208  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0092  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  41.87 
 
 		 245 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000607271  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3320  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  41.53 
 
 		 315 aa  183  4.0000000000000006e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000334493  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1583  RNA methyltransferase TrmH, group 3  48.97 
 
 		 256 aa  183  4.0000000000000006e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.780301  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2230  RNA methyltransferase  48.15 
 
 		 245 aa  182  8.000000000000001e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329348  normal  0.0204347 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2629  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.83 
 
 		 387 aa  181  2e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.821515 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1677  RNA methyltransferase  45.49 
 
 		 251 aa  181  2e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.756814  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2368  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  48.15 
 
 		 256 aa  179  4.999999999999999e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.900248  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2280  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  48.56 
 
 		 256 aa  179  5.999999999999999e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2734  RNA methyltransferase  36.95 
 
 		 289 aa  179  5.999999999999999e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2420  RNA methyltransferase  36.95 
 
 		 289 aa  179  8e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00228978  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1462  RNA methyltransferase  44.44 
 
 		 245 aa  178  1e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0405731  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0405  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  44.66 
 
 		 254 aa  178  1e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0083776  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2285  TrmA family RNA methyltransferase  39.68 
 
 		 323 aa  176  4e-43  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.240402  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4413  RNA methyltransferase TrmH, group 3  38.61 
 
 		 327 aa  176  4e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1356  RNA methyltransferase TrmH, group 3  42.8 
 
 		 250 aa  176  6e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000394989  hitchhiker  8.416419999999999e-20 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0088  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  43.5 
 
 		 246 aa  176  6e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2060  RNA methyltransferase  41.06 
 
 		 277 aa  174  1.9999999999999998e-42  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1867  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  42.8 
 
 		 246 aa  174  2.9999999999999996e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1155  RNA methyltransferase TrmH, group 3  44.4 
 
 		 542 aa  173  3.9999999999999995e-42  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.623752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0554  RNA methyltransferase  39.18 
 
 		 248 aa  173  5e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.850775  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0568  RNA methyltransferase  39.18 
 
 		 248 aa  173  5e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.927994  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4146  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  37.59 
 
 		 310 aa  172  5.999999999999999e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0401  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  44.58 
 
 		 246 aa  172  6.999999999999999e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000436094  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0172  RNA methyltransferase  37.3 
 
 		 249 aa  171  2e-41  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0806813  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0267  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  40.98 
 
 		 246 aa  171  2e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000223613  normal  0.011395 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3322  RNA methyltransferase  43.15 
 
 		 248 aa  170  4e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.752431  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1304  RNA methyltransferase TrmH, group 3  37.2 
 
 		 652 aa  168  1e-40  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0112  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  39.34 
 
 		 247 aa  169  1e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0011476  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0086  RNA methyltransferase  39.34 
 
 		 247 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0239075  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0091  RNA methyltransferase  38.93 
 
 		 247 aa  166  4e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00797863  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0122  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  38.93 
 
 		 247 aa  166  4e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000258465  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0091  RNA methyltransferase  38.93 
 
 		 247 aa  166  4e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.678867  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0088  tRNA/rRNA methyltransferase SpoU  38.93 
 
 		 247 aa  166  4e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000158072  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0087  TrmH family tRNA methyltransferase  38.93 
 
 		 247 aa  166  4e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.528227  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0091  RNA methyltransferase  38.93 
 
 		 247 aa  166  4e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000227809  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0264  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  39.02 
 
 		 292 aa  166  4e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0102  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  38.93 
 
 		 247 aa  166  4e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.238e-61 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0265  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  39.02 
 
 		 292 aa  166  4e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1474  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.71 
 
 		 239 aa  166  5e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0162513  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5214  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  38.52 
 
 		 247 aa  166  6.9999999999999995e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000196945  unclonable  9.19298e-26 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2022  RNA methyltransferase TrmH, group 3  43.37 
 
 		 246 aa  166  8e-40  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0086  RNA methyltransferase  38.52 
 
 		 247 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000284808  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2481  RNA methyltransferase TrmH, group 3  44.26 
 
 		 246 aa  165  1.0000000000000001e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000314444  hitchhiker  0.00338936 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_06961  RNA methyltransferase TrmH, group 3  38.76 
 
 		 413 aa  164  2.0000000000000002e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.1089  normal  0.124675 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03790  rRNA methylase, putative, group 3  35.8 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.0000601463  normal  0.201311 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15801  rRNA methylase  41.8 
 
 		 536 aa  164  3e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1003  RNA methyltransferase TrmH, group 3  41.39 
 
 		 261 aa  162  6e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.60779  normal  0.0289199 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0851  RNA methyltransferase TrmH, group 3  33.73 
 
 		 336 aa  162  1e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.367945  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10311  RNA methyltransferase TrmH, group 3  34.02 
 
 		 349 aa  160  2e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.988579  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2313  RNA methyltransferase  35.22 
 
 		 288 aa  161  2e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0718596 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1180  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  41.96 
 
 		 338 aa  160  5e-38  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.0000228447  hitchhiker  0.0000274792 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1625  RNA methyltransferase TrmH, group 3  42.86 
 
 		 251 aa  159  6e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.117052  hitchhiker  0.00235214 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09101  RNA methyltransferase TrmH, group 3  29.87 
 
 		 334 aa  159  7e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0174  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.33 
 
 		 247 aa  159  8e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000034032  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0262  RNA methyltransferase TrmH, group 3  37.55 
 
 		 416 aa  158  1e-37  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09311  RNA methyltransferase TrmH, group 3  37.55 
 
 		 442 aa  158  2e-37  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.0566162 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3773  RNA methyltransferase  41.22 
 
 		 246 aa  158  2e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>