228 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_35250 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_35250  rRNA methylase  100 
 
 
237 aa  476  1e-133  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.925094 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3982  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  67.14 
 
 
213 aa  284  8e-76  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.549052  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02030  rRNA methylase  65.44 
 
 
234 aa  283  2.0000000000000002e-75  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2423  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  69.8 
 
 
254 aa  282  3.0000000000000004e-75  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.217183 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3641  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  66.97 
 
 
222 aa  275  4e-73  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.89326 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0504  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  61.14 
 
 
232 aa  273  3e-72  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0715  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  61.84 
 
 
205 aa  258  6e-68  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5159  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  62.32 
 
 
224 aa  256  2e-67  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10385  RNA methyltransferase  62.62 
 
 
220 aa  256  2e-67  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  1.85641e-18  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0733  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  67.66 
 
 
207 aa  254  9e-67  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.329217 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0678  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  67.66 
 
 
207 aa  254  9e-67  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.435122  normal  0.171519 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2449  tRNA/rRNA methyltransferase  65.85 
 
 
227 aa  253  2.0000000000000002e-66  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0517  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  64.39 
 
 
224 aa  252  3e-66  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2970  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  68.95 
 
 
219 aa  252  4.0000000000000004e-66  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.81928  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0657  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  62.84 
 
 
229 aa  251  7e-66  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0482  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  59.22 
 
 
214 aa  251  1e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0493  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  59.22 
 
 
214 aa  251  1e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.490005 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0471  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  58.74 
 
 
214 aa  248  4e-65  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4172  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  67 
 
 
212 aa  248  7e-65  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.541165  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3914  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  62.79 
 
 
250 aa  247  1e-64  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0187406  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38470  rRNA methylase  62.98 
 
 
238 aa  246  2e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05640  rRNA methylase  64.19 
 
 
235 aa  245  4e-64  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.480906  normal  0.641593 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3143  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  60.91 
 
 
283 aa  242  3.9999999999999997e-63  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.343302  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4068  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  62.02 
 
 
225 aa  241  9e-63  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.640405  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25750  rRNA methylase  63.29 
 
 
208 aa  238  4e-62  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0663  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  59.41 
 
 
214 aa  231  7.000000000000001e-60  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.509405 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0242  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  58.54 
 
 
215 aa  228  7e-59  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4352  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  62.38 
 
 
219 aa  223  2e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0099  RNA methyltransferase, TrmH family  43.22 
 
 
268 aa  216  2.9999999999999998e-55  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.167605 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1208  rRNA methylase  45.59 
 
 
282 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3469  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU) family protein  30.43 
 
 
161 aa  73.9  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.029361 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0784  RNA methyltransferase  25.87 
 
 
180 aa  65.5  0.0000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.632748  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28928  predicted protein  27.46 
 
 
207 aa  62.8  0.000000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.145159  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4596  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  24.05 
 
 
165 aa  58.9  0.00000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.362437  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2133  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25.33 
 
 
176 aa  57.8  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.482713  normal  0.100378 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00157  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  26.71 
 
 
235 aa  57.4  0.0000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0088  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  26.14 
 
 
229 aa  57  0.0000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0146  RNA methylase  22.94 
 
 
176 aa  57  0.0000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3524  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.89 
 
 
247 aa  56.2  0.0000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5337  RNA methyltransferase  30.27 
 
 
314 aa  56.2  0.0000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01575  hypothetical protein  28.57 
 
 
153 aa  56.2  0.0000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3896  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.78 
 
 
152 aa  55.8  0.0000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4870  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  25.66 
 
 
231 aa  54.7  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0115429 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5009  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  20.92 
 
 
220 aa  54.3  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1692  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  30 
 
 
256 aa  53.9  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.31979  normal  0.210627 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05145  putative SpoU rRNA methylase family protein  25.58 
 
 
178 aa  53.5  0.000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0766  hypothetical protein  25 
 
 
177 aa  53.1  0.000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0042  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  22.45 
 
 
230 aa  53.1  0.000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1097  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.33 
 
 
180 aa  53.5  0.000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.734552  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0038  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  22.45 
 
 
230 aa  53.1  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03508  tRNA (Guanosine-2'-O-)-methyltransferase  24.84 
 
 
229 aa  53.1  0.000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0054  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  24.84 
 
 
229 aa  53.1  0.000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0050  RNA methyltransferase  23.97 
 
 
262 aa  53.1  0.000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4179  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  22.45 
 
 
219 aa  53.1  0.000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5023  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  24.84 
 
 
229 aa  53.1  0.000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0060  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  24.84 
 
 
229 aa  53.1  0.000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000232977 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0053  tRNA/rRNA methyltransferase  20.39 
 
 
218 aa  52.8  0.000004  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4102  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  24.84 
 
 
229 aa  53.1  0.000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03460  hypothetical protein  24.84 
 
 
229 aa  53.1  0.000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4154  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  24.84 
 
 
229 aa  53.1  0.000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3862  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  24.84 
 
 
229 aa  53.1  0.000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4797  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.16 
 
 
178 aa  52.8  0.000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00908011 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0817  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  24.31 
 
 
219 aa  52.8  0.000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1381  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.33 
 
 
181 aa  52.8  0.000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3986  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  24.84 
 
 
229 aa  52.4  0.000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0208  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  27.4 
 
 
269 aa  52  0.000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.335988  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0125  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  27.4 
 
 
268 aa  52  0.000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.903054  normal  0.365569 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0183  RNA methyltransferase  27.4 
 
 
268 aa  52  0.000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1972  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  21.82 
 
 
197 aa  51.6  0.000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0293079 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4325  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.6 
 
 
239 aa  52  0.000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.282082 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4023  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  24.18 
 
 
229 aa  51.2  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.608794  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4069  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  24.18 
 
 
229 aa  51.2  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.351215  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4130  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  24.18 
 
 
229 aa  51.6  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3951  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  24.18 
 
 
229 aa  51.2  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.339816  normal  0.0254174 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3960  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  24.18 
 
 
229 aa  51.6  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0974  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  27.01 
 
 
316 aa  50.4  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0793749  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2703  RNA methyltransferase TrmH, group 3  29.7 
 
 
348 aa  50.4  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.224688  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03770  rRNA methylase, putative, group 3  29.41 
 
 
323 aa  50.4  0.00002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.1456 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0912  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  31.33 
 
 
321 aa  50.8  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0472746 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0971  rRNA methylase-like protein  29.37 
 
 
322 aa  50.1  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0851  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  27.07 
 
 
256 aa  50.1  0.00003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0735574  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2285  TrmA family RNA methyltransferase  23.41 
 
 
323 aa  49.7  0.00004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.240402  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2170  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  23.42 
 
 
202 aa  49.7  0.00004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.904611 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1559  RNA methyltransferase  31.34 
 
 
281 aa  49.3  0.00005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12965  normal  0.228384 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0006  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  24 
 
 
180 aa  49.3  0.00005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.124143  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0122  tRNA/rRNA methyltransferase  24.39 
 
 
247 aa  48.9  0.00006  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2629  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  24.53 
 
 
387 aa  48.9  0.00007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.821515 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1447  RNA methyltransferase  30.28 
 
 
314 aa  48.9  0.00007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.812422 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3951  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  23.18 
 
 
230 aa  48.9  0.00008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.545722  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0863  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.24 
 
 
266 aa  48.5  0.00008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13612  tRNA/rRNA methyltransferase  28.87 
 
 
322 aa  48.9  0.00008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.288349 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0082  RNA methyltransferase  31.11 
 
 
276 aa  48.5  0.00009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1569  hypothetical protein  27.91 
 
 
166 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.702393  hitchhiker  0.00445287 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0507  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  28.77 
 
 
322 aa  48.1  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533536  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3388  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  23.89 
 
 
237 aa  48.1  0.0001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3418  hypothetical protein  26.39 
 
 
177 aa  48.5  0.0001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0544122 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0606  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  31.13 
 
 
324 aa  47.8  0.0001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.158472  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4148  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  21.77 
 
 
230 aa  48.1  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_82718  predicted protein  31.11 
 
 
1408 aa  47.8  0.0001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.291981 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1614  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.21 
 
 
272 aa  48.5  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.329704  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>