More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_4172 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_4172  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  100 
 
 
212 aa  427  1e-119  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.541165  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02030  rRNA methylase  67.94 
 
 
234 aa  295  3e-79  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3982  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  67.77 
 
 
213 aa  286  1e-76  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.549052  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2449  tRNA/rRNA methyltransferase  73.74 
 
 
227 aa  286  2e-76  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3914  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  72 
 
 
250 aa  273  1.0000000000000001e-72  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0187406  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38470  rRNA methylase  69.07 
 
 
238 aa  270  2e-71  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0715  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  66.49 
 
 
205 aa  268  4e-71  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5159  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  63.86 
 
 
224 aa  265  2.9999999999999995e-70  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0517  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  66.67 
 
 
224 aa  263  1e-69  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0504  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  65 
 
 
232 aa  256  1e-67  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4068  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  66.16 
 
 
225 aa  256  2e-67  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.640405  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0657  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  66.16 
 
 
229 aa  254  7e-67  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10385  RNA methyltransferase  63.21 
 
 
220 aa  253  1.0000000000000001e-66  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  1.85641e-18  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0482  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  58.94 
 
 
214 aa  252  3e-66  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0493  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  58.94 
 
 
214 aa  252  3e-66  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.490005 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0471  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  57.97 
 
 
214 aa  250  1e-65  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3641  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  69 
 
 
222 aa  248  5e-65  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.89326 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0733  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  67.01 
 
 
207 aa  244  4.9999999999999997e-64  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.329217 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0678  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  67.01 
 
 
207 aa  244  9.999999999999999e-64  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.435122  normal  0.171519 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25750  rRNA methylase  63.78 
 
 
208 aa  242  3e-63  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35250  rRNA methylase  64.25 
 
 
237 aa  241  3.9999999999999997e-63  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.925094 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05640  rRNA methylase  65.09 
 
 
235 aa  241  5e-63  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.480906  normal  0.641593 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2970  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  69.15 
 
 
219 aa  240  1e-62  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.81928  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3143  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  60.93 
 
 
283 aa  240  1e-62  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.343302  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0663  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  60.62 
 
 
214 aa  226  1e-58  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.509405 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0242  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  59.62 
 
 
215 aa  227  1e-58  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4352  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  64.1 
 
 
219 aa  222  4e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2423  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  57.14 
 
 
254 aa  219  3e-56  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.217183 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0099  RNA methyltransferase, TrmH family  42.21 
 
 
268 aa  186  2e-46  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.167605 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1208  rRNA methylase  44.96 
 
 
282 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1972  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.01 
 
 
197 aa  76.3  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0293079 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3524  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.29 
 
 
247 aa  75.5  0.0000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3469  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU) family protein  25.9 
 
 
161 aa  74.3  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.029361 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00157  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  29.03 
 
 
235 aa  69.7  0.00000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11883  spoU protein (spoU)  27.21 
 
 
238 aa  69.3  0.00000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4130  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  28.48 
 
 
229 aa  68.6  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3960  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  28.48 
 
 
229 aa  68.6  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03508  tRNA (Guanosine-2'-O-)-methyltransferase  28.21 
 
 
229 aa  68.2  0.00000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0054  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  28.21 
 
 
229 aa  68.2  0.00000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0060  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  28.21 
 
 
229 aa  68.2  0.00000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000232977 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5023  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  28.21 
 
 
229 aa  68.2  0.00000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3862  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  28.21 
 
 
229 aa  68.2  0.00000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03460  hypothetical protein  28.21 
 
 
229 aa  68.2  0.00000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4154  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  28.21 
 
 
229 aa  68.2  0.00000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4102  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  28.21 
 
 
229 aa  68.2  0.0000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0766  hypothetical protein  28.77 
 
 
177 aa  67.4  0.0000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0038  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  27.85 
 
 
230 aa  66.6  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0042  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  27.85 
 
 
230 aa  66.6  0.0000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3986  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  28.21 
 
 
229 aa  67.4  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3951  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  27.85 
 
 
229 aa  66.6  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.339816  normal  0.0254174 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0088  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  28.48 
 
 
229 aa  66.2  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4023  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  27.85 
 
 
229 aa  66.6  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.608794  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4179  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  27.63 
 
 
219 aa  66.2  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4069  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  27.85 
 
 
229 aa  66.6  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.351215  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1528  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.57 
 
 
220 aa  66.2  0.0000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.16942  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4870  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  28.48 
 
 
231 aa  65.5  0.0000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0115429 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4148  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  28.29 
 
 
230 aa  64.7  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3388  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.25 
 
 
237 aa  64.3  0.000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3496  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  26.58 
 
 
234 aa  64.3  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000329165 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4975  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  27.16 
 
 
235 aa  63.9  0.000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3951  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  27.63 
 
 
230 aa  63.9  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.545722  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3896  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.68 
 
 
152 aa  63.5  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2133  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.19 
 
 
176 aa  63.9  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.482713  normal  0.100378 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0351  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  29.49 
 
 
250 aa  63.5  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1157  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.13 
 
 
180 aa  63.5  0.000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01575  hypothetical protein  28.28 
 
 
153 aa  62.8  0.000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0536  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  30.14 
 
 
220 aa  62.8  0.000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.528971  normal  0.0365793 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4212  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  26.99 
 
 
230 aa  62.8  0.000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3501  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  27.78 
 
 
234 aa  63.2  0.000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2787  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.56 
 
 
261 aa  62.4  0.000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4179  tRNA/rRNA methyltransferase, SpoU  32.1 
 
 
225 aa  62.4  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0240712  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4332  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.48 
 
 
225 aa  62.4  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4495  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  26.38 
 
 
230 aa  62  0.000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1721  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.03 
 
 
178 aa  62  0.000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0974  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  29.03 
 
 
316 aa  62  0.000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0793749  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4797  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.11 
 
 
178 aa  61.2  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00908011 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3142  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.72 
 
 
496 aa  61.2  0.00000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0306284  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1381  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.38 
 
 
181 aa  61.2  0.00000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0817  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  24.34 
 
 
219 aa  60.8  0.00000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5009  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  23.03 
 
 
220 aa  60.1  0.00000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0332  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  26.54 
 
 
231 aa  60.1  0.00000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.124649 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1097  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.62 
 
 
180 aa  59.3  0.00000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.734552  normal 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28928  predicted protein  26.06 
 
 
207 aa  58.9  0.00000005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.145159  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1411  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.67 
 
 
180 aa  58.9  0.00000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000159184  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05145  putative SpoU rRNA methylase family protein  26.16 
 
 
178 aa  58.5  0.00000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0146  RNA methylase  24.03 
 
 
176 aa  58.2  0.00000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4310  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.25 
 
 
225 aa  58.2  0.00000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2160  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.95 
 
 
256 aa  58.5  0.00000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0183  RNA methyltransferase  28.77 
 
 
268 aa  58.2  0.00000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0125  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  28.77 
 
 
268 aa  58.2  0.00000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.903054  normal  0.365569 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0312  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  29.03 
 
 
212 aa  57.8  0.0000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2876  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  24.84 
 
 
201 aa  57.4  0.0000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0418  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  23.57 
 
 
223 aa  58.2  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_88222  predicted protein  26.71 
 
 
311 aa  57.4  0.0000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.0289002 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04731  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  24.2 
 
 
223 aa  57.4  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.0125765  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2060  RNA methyltransferase  27.39 
 
 
277 aa  57.8  0.0000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4434  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.04 
 
 
231 aa  56.6  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.18455  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0086  RNA methyltransferase  25.12 
 
 
247 aa  57  0.0000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0239075  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0053  tRNA/rRNA methyltransferase  23.68 
 
 
218 aa  57.4  0.0000002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3881  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  27.63 
 
 
228 aa  57  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0312373  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>