More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_3142 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_3142  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  100 
 
 
496 aa  989    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0306284  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2337  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  73.88 
 
 
432 aa  604  1.0000000000000001e-171  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0162  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.07 
 
 
294 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3823  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.94 
 
 
261 aa  124  3e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0827889  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0150  RNA methyltransferase  32.16 
 
 
297 aa  122  9.999999999999999e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0145  RNA methyltransferase  32.16 
 
 
297 aa  122  9.999999999999999e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.567966  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2063  putative rRNA methylase  33.21 
 
 
275 aa  120  4.9999999999999996e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00825348  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5040  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.34 
 
 
260 aa  119  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1222  RNA methyltransferase  25.19 
 
 
267 aa  119  9.999999999999999e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0117794  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1087  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.95 
 
 
266 aa  116  1.0000000000000001e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000000199948  normal  0.0146207 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1975  RNA methyltransferase  40.14 
 
 
250 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.602495  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05620  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.2 
 
 
270 aa  114  5e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000147427  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1374  RNA methyltransferase  30.04 
 
 
274 aa  113  9e-24  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0856  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.72 
 
 
296 aa  109  1e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2517  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.57 
 
 
266 aa  109  1e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2661  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  28.77 
 
 
256 aa  109  1e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11661  23S rRNA methyltransferase tsnR  32.81 
 
 
260 aa  108  2e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2787  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.8 
 
 
261 aa  108  2e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65190  TrmH family RNA methyltransferase , group 3  32.6 
 
 
248 aa  108  3e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2039  tRNA/rRNA methyltransferase SpoU  35 
 
 
277 aa  107  4e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0846058  normal  0.928617 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5663  putative rRNA methylase  32.6 
 
 
248 aa  107  5e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07630  RNA methyltransferase TrmH, group 3  33.88 
 
 
247 aa  107  6e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1379  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.81 
 
 
272 aa  107  6e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000452495  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1408  RNA methyltransferase  36.73 
 
 
255 aa  107  7e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0243869  normal  0.695011 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0038  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.85 
 
 
286 aa  106  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.260618 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2071  RNA methyltransferase TrmH, group 3  40.14 
 
 
256 aa  105  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1436  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.89 
 
 
260 aa  104  3e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0303105  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2142  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.87 
 
 
289 aa  105  3e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00455486  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2091  RNA methyltransferase TrmH, group 3  40.14 
 
 
247 aa  105  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.254713  normal  0.346719 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0906  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  40.4 
 
 
248 aa  104  3e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1890  RNA methyltransferase  36.73 
 
 
253 aa  103  5e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.575059 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3677  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.36 
 
 
286 aa  103  6e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1270  RNA methyltransferase  35.76 
 
 
251 aa  103  8e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.907902  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3068  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.89 
 
 
283 aa  103  9e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.914691 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0887  RNA methyltransferase TrmH, group 3  32.98 
 
 
261 aa  103  9e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.986853  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0991  tRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase, putative  36.54 
 
 
255 aa  103  1e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1765  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.57 
 
 
271 aa  102  1e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.560778  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0025  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.35 
 
 
286 aa  102  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000152428 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1105  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.54 
 
 
255 aa  103  1e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.919918  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4879  RNA methyltransferase  34.65 
 
 
248 aa  102  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4616  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  34.66 
 
 
251 aa  102  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4759  RNA methyltransferase  34.65 
 
 
248 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0810768 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4935  RNA methyltransferase  39.74 
 
 
248 aa  102  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000134443 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2232  RNA methyltransferase TrmH, group 3  35.76 
 
 
256 aa  102  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1055  tyrosyl-tRNA synthetase, class Ib  36.05 
 
 
248 aa  102  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.932424 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3354  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  40.14 
 
 
246 aa  102  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0824924  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1165  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  38.1 
 
 
250 aa  102  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0693312  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3377  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  38.51 
 
 
251 aa  101  3e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3288  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  39.46 
 
 
246 aa  101  3e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.679975  hitchhiker  0.00104761 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0580  RNA methyltransferase TrmH, group 3  34.98 
 
 
251 aa  101  3e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.912866  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1199  tRNA/rRNA methyltransferase  36.18 
 
 
234 aa  101  3e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.354486  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3029  RNA methyltransferase TrmH, group 3  36.05 
 
 
264 aa  101  3e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.068461  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0644  RNA methyltransferase  32.46 
 
 
250 aa  101  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000634261 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2208  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  33.7 
 
 
248 aa  101  3e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531626  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03462  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  37.41 
 
 
246 aa  101  3e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2951  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.72 
 
 
260 aa  101  4e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3145  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.72 
 
 
260 aa  101  4e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00100034  normal  0.534513 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1073  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  38.1 
 
 
250 aa  101  4e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.5513  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0612  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.79 
 
 
274 aa  101  4e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.167987  normal  0.356127 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4934  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  34.98 
 
 
250 aa  100  5e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33920  rRNA methylase  31.34 
 
 
267 aa  100  5e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1229  putative tRNA/rRNA methyltransferase protein  37.41 
 
 
249 aa  100  6e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00902362  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2176  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  36.42 
 
 
247 aa  100  6e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000213076  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4669  RNA methyltransferase  38.41 
 
 
248 aa  100  6e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0289755 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2387  RNA methyltransferase  36.73 
 
 
245 aa  100  8e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.939992  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1606  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  32.07 
 
 
248 aa  99.4  1e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2397  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.79 
 
 
266 aa  99.4  1e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.004624  normal  0.210055 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3066  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  37.41 
 
 
240 aa  99.4  1e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0466903  normal  0.239328 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0658  RNA methyltransferase  38.65 
 
 
271 aa  99.4  1e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1437  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  25.29 
 
 
269 aa  99  2e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0863  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.37 
 
 
266 aa  98.6  2e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3539  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.78 
 
 
252 aa  99  2e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0474859  normal  0.153655 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0750  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  37.67 
 
 
246 aa  99  2e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.050001  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0414  rRNA methylase  30 
 
 
294 aa  99  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3325  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.23 
 
 
248 aa  98.6  2e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.515948 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3018  RNA methyltransferase  36.05 
 
 
250 aa  98.6  2e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.231678 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2268  RNA methyltransferase  32.07 
 
 
248 aa  99.4  2e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.144304  normal  0.908224 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1817  putative tRNA/rRNA methyltransferase protein  36.73 
 
 
247 aa  99  2e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.392601  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0708  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  36.99 
 
 
246 aa  98.2  3e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.106779  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0196  RNA methyltransferase  36.42 
 
 
243 aa  98.2  3e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000588208  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3646  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  36.99 
 
 
246 aa  98.6  3e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0005449  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2539  RNA methyltransferase TrmH, group 3  33.92 
 
 
247 aa  98.2  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0797344  normal  0.558378 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0512  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  37.41 
 
 
246 aa  98.2  3e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.801962  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0789  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  38.1 
 
 
244 aa  98.2  3e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0738  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  36.99 
 
 
246 aa  98.2  3e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000750261  hitchhiker  0.000830683 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1685  RNA methyltransferase  37.16 
 
 
247 aa  97.8  4e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.282815 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4216  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  38.1 
 
 
245 aa  97.8  4e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000341805 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1708  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  37.41 
 
 
247 aa  97.8  4e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.746509  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3263  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  36.99 
 
 
246 aa  97.8  4e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000357773  hitchhiker  0.0000120778 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0698  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  36.99 
 
 
246 aa  97.8  4e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000126768  hitchhiker  0.000148247 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1080  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.73 
 
 
193 aa  97.4  5e-19  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.211131  hitchhiker  0.000000773315 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3589  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  39.46 
 
 
246 aa  97.4  5e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124331  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1469  RNA methyltransferase  36.49 
 
 
247 aa  97.4  5e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0684  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  36.99 
 
 
246 aa  97.4  5e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000107401  hitchhiker  0.000276778 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1448  RNA methyltransferase  36.49 
 
 
247 aa  97.4  5e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0406  RNA methyltransferase  33.77 
 
 
244 aa  97.4  5e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0940631  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4647  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  36.24 
 
 
243 aa  97.1  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0995  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  34.93 
 
 
246 aa  97.1  7e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3934  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  36.3 
 
 
246 aa  97.1  8e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2993  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.67 
 
 
248 aa  96.7  9e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.246575  normal  0.0568105 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>