More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1222 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_1222  RNA methyltransferase  100 
 
 
267 aa  548  1e-155  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0117794  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1437  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  53.05 
 
 
269 aa  286  2e-76  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2397  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.61 
 
 
266 aa  230  2e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.004624  normal  0.210055 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1853  RNA methyltransferase  44.62 
 
 
257 aa  228  8e-59  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0683239  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1618  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.15 
 
 
267 aa  224  2e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000197241  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2141  RNA methyltransferase  43.85 
 
 
257 aa  208  9e-53  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4457  RNA methyltransferase  41.25 
 
 
254 aa  193  2e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0314134  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4688  RNA methyltransferase, TrmH family  42.02 
 
 
254 aa  194  2e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000539995  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4805  RNA methyltransferase  41.25 
 
 
254 aa  193  2e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00212295  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4676  RNA methyltransferase, TrmH family  41.25 
 
 
265 aa  194  2e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.90567e-34 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4673  RNA methyltransferase, TrmH family  41.63 
 
 
265 aa  193  2e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000176675  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4688  RNA methyltransferase  41.63 
 
 
254 aa  193  3e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000546426  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4295  23S rRNA methyltransferase  41.25 
 
 
254 aa  192  3e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0808  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.38 
 
 
251 aa  191  8e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4305  23S rRNA methyltransferase  41.25 
 
 
254 aa  191  1e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0650881  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2650  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.15 
 
 
254 aa  190  2e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00276989  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0566  RNA methyltransferase, TrmH family  41.25 
 
 
265 aa  190  2e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000331759  hitchhiker  0.0000000100751 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4393  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.47 
 
 
254 aa  190  2e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000250925  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0417  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.39 
 
 
264 aa  188  9e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000253805  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2051  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.76 
 
 
254 aa  187  1e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.154178  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2787  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.31 
 
 
261 aa  186  3e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0414  rRNA methylase  37.79 
 
 
294 aa  185  6e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3250  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.91 
 
 
254 aa  184  9e-46  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05620  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.16 
 
 
270 aa  182  4.0000000000000006e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000147427  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0218  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.52 
 
 
271 aa  182  5.0000000000000004e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000299971  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1374  RNA methyltransferase  38.87 
 
 
274 aa  182  7e-45  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0025  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.02 
 
 
286 aa  180  2e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000152428 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3677  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.85 
 
 
286 aa  179  4e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0053  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.02 
 
 
286 aa  178  8e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.87191  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0038  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.02 
 
 
286 aa  178  8e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.260618 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1379  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.22 
 
 
272 aa  178  1e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000452495  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0294  rRNA methyltransferase  41.15 
 
 
245 aa  177  2e-43  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000126477  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1819  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.33 
 
 
269 aa  177  2e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.175485  normal  0.555192 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3823  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.85 
 
 
261 aa  176  3e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0827889  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1207  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.47 
 
 
270 aa  172  6.999999999999999e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0784669  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1394  rRNA methylase  40.84 
 
 
253 aa  171  1e-41  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000633363  hitchhiker  1.76373e-23 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1753  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.86 
 
 
272 aa  169  4e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0368079  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1341  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.25 
 
 
241 aa  167  1e-40  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.240976  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0537  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.96 
 
 
266 aa  167  2e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0842858  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0915  rRNA methylase  35.38 
 
 
255 aa  166  2.9999999999999998e-40  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00701819  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0150  RNA methyltransferase  33.21 
 
 
297 aa  165  5.9999999999999996e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1728  rRNA methylase  33.33 
 
 
257 aa  165  5.9999999999999996e-40  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0145  RNA methyltransferase  33.21 
 
 
297 aa  165  5.9999999999999996e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.567966  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0162  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.21 
 
 
294 aa  165  6.9999999999999995e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0623  rRNA methylase  38.7 
 
 
252 aa  164  1.0000000000000001e-39  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1035  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.33 
 
 
262 aa  159  3e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0296  SpoU rRNA methylase family protein  36.08 
 
 
265 aa  159  5e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00172027 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5040  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.56 
 
 
260 aa  158  7e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1196  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35 
 
 
246 aa  157  1e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1218  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35 
 
 
246 aa  157  1e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1221  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.46 
 
 
258 aa  157  2e-37  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000766628  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2211  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.52 
 
 
256 aa  157  2e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0173286  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3173  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.54 
 
 
261 aa  157  2e-37  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0121288  normal  0.209756 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0720  RNA methyltransferase  34.36 
 
 
246 aa  156  3e-37  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.186553  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1606  RNA methyltransferase  39.15 
 
 
247 aa  155  7e-37  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.0012787  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3160  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.58 
 
 
257 aa  155  7e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.560125  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3145  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.08 
 
 
260 aa  154  1e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00100034  normal  0.534513 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0612  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.33 
 
 
274 aa  154  1e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.167987  normal  0.356127 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1735  SpoU rRNA methylase family protein  37.35 
 
 
265 aa  154  1e-36  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2951  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.08 
 
 
260 aa  154  2e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1087  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.21 
 
 
266 aa  153  2.9999999999999998e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000000199948  normal  0.0146207 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2142  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.19 
 
 
289 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00455486  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2039  tRNA/rRNA methyltransferase SpoU  34.6 
 
 
277 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0846058  normal  0.928617 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2169  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.71 
 
 
261 aa  152  7e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000507695  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2063  putative rRNA methylase  31.94 
 
 
275 aa  151  1e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00825348  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4637  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.09 
 
 
262 aa  151  1e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0580801  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1093  23S rRNA methyltransferase  32.83 
 
 
264 aa  150  2e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000062165  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1268  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.85 
 
 
249 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.806095  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3055  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.04 
 
 
236 aa  147  1.0000000000000001e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.915806  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1436  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.96 
 
 
260 aa  146  3e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0303105  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6084  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.35 
 
 
276 aa  145  5e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2163  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.14 
 
 
268 aa  145  6e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0955758  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2613  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.42 
 
 
285 aa  144  1e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1437  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.02 
 
 
235 aa  144  1e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418693  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3094  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.95 
 
 
262 aa  144  1e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922753  normal 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl258  rRNA methylase  35.36 
 
 
251 aa  144  2e-33  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00000982584  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1311  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.23 
 
 
269 aa  144  2e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.662329  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1923  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.66 
 
 
265 aa  143  2e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3166  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.46 
 
 
264 aa  143  2e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.197409  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2462  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.78 
 
 
237 aa  144  2e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2224  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.2 
 
 
262 aa  143  3e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0863  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.66 
 
 
266 aa  142  5e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2492  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.1 
 
 
269 aa  142  5e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5480  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.68 
 
 
272 aa  142  6e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.666691  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0856  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.9 
 
 
296 aa  142  8e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0267  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.02 
 
 
246 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000223613  normal  0.011395 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2090  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.52 
 
 
263 aa  141  9.999999999999999e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0086  RNA methyltransferase  35.15 
 
 
247 aa  140  3e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0239075  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2901  tRNA/rRNA methyltransferase  32.83 
 
 
267 aa  139  3.9999999999999997e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.440032  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5214  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  34.31 
 
 
247 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000196945  unclonable  9.19298e-26 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3325  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.6 
 
 
248 aa  139  4.999999999999999e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.515948 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0091  RNA methyltransferase  34.31 
 
 
247 aa  139  6e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00797863  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0091  RNA methyltransferase  34.31 
 
 
247 aa  139  6e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.678867  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0088  tRNA/rRNA methyltransferase SpoU  34.31 
 
 
247 aa  139  6e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000158072  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0087  TrmH family tRNA methyltransferase  34.31 
 
 
247 aa  139  6e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.528227  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0091  RNA methyltransferase  34.31 
 
 
247 aa  139  6e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000227809  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0122  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  34.31 
 
 
247 aa  139  6e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000258465  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0102  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  34.31 
 
 
247 aa  139  6e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.238e-61 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0596  RNA methyltransferase  34.87 
 
 
240 aa  139  7e-32  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1800  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.65 
 
 
265 aa  139  7e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>