More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_33920 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_33920  rRNA methylase  100 
 
 
267 aa  528  1e-149  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5036  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  60 
 
 
275 aa  306  2.0000000000000002e-82  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.128777 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4467  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  59.33 
 
 
270 aa  303  2.0000000000000002e-81  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4554  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  59.33 
 
 
270 aa  303  2.0000000000000002e-81  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.235775 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4850  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  58.96 
 
 
270 aa  303  3.0000000000000004e-81  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.495408  normal  0.0422374 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10898  rRNA methyltransferase  60.46 
 
 
288 aa  300  2e-80  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0496  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  66.67 
 
 
283 aa  296  2e-79  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.172332  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1715  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  58.49 
 
 
268 aa  293  2e-78  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.41968  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4718  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  64.29 
 
 
268 aa  292  3e-78  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1254  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  57.14 
 
 
284 aa  270  2e-71  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0835  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.11 
 
 
266 aa  229  4e-59  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.385059  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3233  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  48.47 
 
 
307 aa  223  3e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3008  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  47.71 
 
 
321 aa  222  4e-57  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21660  rRNA methylase  46.44 
 
 
271 aa  221  9.999999999999999e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2601  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.82 
 
 
267 aa  221  9.999999999999999e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.220558  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2325  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  47.24 
 
 
269 aa  219  3e-56  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1263  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.32 
 
 
273 aa  216  4e-55  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.143361  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0826  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.98 
 
 
269 aa  214  9.999999999999999e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1160  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.46 
 
 
304 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.542606  normal  0.44269 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2264  putative rRNA methylase  50.38 
 
 
268 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2308  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  47.81 
 
 
267 aa  210  2e-53  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2126  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.62 
 
 
269 aa  205  6e-52  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0768131  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0570  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.07 
 
 
272 aa  203  2e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.666959  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1436  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.12 
 
 
276 aa  202  4e-51  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.111419  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1877  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.46 
 
 
269 aa  199  3e-50  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0232601 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2671  tRNA/rRNA methyltransferase SpoU  44.8 
 
 
275 aa  196  3e-49  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.535925  normal  0.278749 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01360  rRNA methylase  42.7 
 
 
284 aa  194  1e-48  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.591406  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13580  rRNA methylase  44.66 
 
 
269 aa  191  1e-47  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1614  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.89 
 
 
272 aa  191  1e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.329704  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7648  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.77 
 
 
292 aa  187  1e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5673  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.07 
 
 
332 aa  184  9e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05470  rRNA methylase  40.78 
 
 
286 aa  184  1.0000000000000001e-45  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0846  tRNA/rRNA methyltransferase  44.79 
 
 
316 aa  184  2.0000000000000003e-45  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15820  rRNA methylase  42.19 
 
 
275 aa  184  2.0000000000000003e-45  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.582235  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4007  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.71 
 
 
275 aa  179  5.999999999999999e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.169703  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1180  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.14 
 
 
282 aa  176  2e-43  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.452059  decreased coverage  0.000681553 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2208  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.48 
 
 
266 aa  171  1e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0211  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.52 
 
 
283 aa  171  1e-41  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.869677 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0599  rRNA methylase  37.28 
 
 
292 aa  169  3e-41  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.441965  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04950  rRNA methylase  38.85 
 
 
303 aa  169  6e-41  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2254  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.85 
 
 
279 aa  168  1e-40  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2046  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.07 
 
 
279 aa  166  4e-40  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1178  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40 
 
 
268 aa  165  8e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1590  RNA methyltransferase  39.34 
 
 
276 aa  163  2.0000000000000002e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00137189  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3553  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.18 
 
 
268 aa  163  3e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0892  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.02 
 
 
316 aa  156  4e-37  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3443  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.04 
 
 
269 aa  155  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.146237  normal  0.0184697 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1605  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.93 
 
 
290 aa  153  2e-36  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.604815  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0843  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.16 
 
 
280 aa  152  5e-36  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.105002 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3752  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.98 
 
 
269 aa  151  1e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0797241  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3534  RNA methylase  38.03 
 
 
279 aa  151  1e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.103093  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11630  rRNA methylase  42.91 
 
 
280 aa  150  2e-35  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1015  RNA methyltransferase  35.34 
 
 
271 aa  148  8e-35  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.219963  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3084  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.04 
 
 
274 aa  146  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.144012 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3341  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.41 
 
 
274 aa  146  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0749589 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3641  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.18 
 
 
269 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0439997 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5195  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.57 
 
 
269 aa  145  5e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0548087 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1579  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.14 
 
 
275 aa  144  1e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0875411  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1533  RNA methyltransferase  39.29 
 
 
226 aa  143  2e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2611  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.86 
 
 
275 aa  142  5e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.523755  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5969  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.07 
 
 
272 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.223084  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3360  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.56 
 
 
285 aa  137  2e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5040  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.18 
 
 
291 aa  129  6e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.666902  normal 
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49451  predicted protein  33.33 
 
 
389 aa  102  5e-21  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3142  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.34 
 
 
496 aa  100  2e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0306284  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5040  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.77 
 
 
260 aa  99  7e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1199  tRNA/rRNA methyltransferase  31.36 
 
 
234 aa  96.3  5e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.354486  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0566  RNA methyltransferase, TrmH family  27.88 
 
 
265 aa  95.5  9e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000331759  hitchhiker  0.0000000100751 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4673  RNA methyltransferase, TrmH family  27.51 
 
 
265 aa  92.4  6e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000176675  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4305  23S rRNA methyltransferase  28.41 
 
 
254 aa  91.7  1e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0650881  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3250  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.34 
 
 
254 aa  91.3  1e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4688  RNA methyltransferase  28.41 
 
 
254 aa  90.9  2e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000546426  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4688  RNA methyltransferase, TrmH family  28.41 
 
 
254 aa  90.9  2e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000539995  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0417  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.64 
 
 
264 aa  91.3  2e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000253805  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4676  RNA methyltransferase, TrmH family  27.51 
 
 
265 aa  90.5  2e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.90567e-34 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2703  RNA methyltransferase TrmH, group 3  37.89 
 
 
348 aa  90.1  3e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.224688  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0003  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  26.76 
 
 
250 aa  89.7  4e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4295  23S rRNA methyltransferase  28.03 
 
 
254 aa  89.7  5e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4457  RNA methyltransferase  27.65 
 
 
254 aa  88.2  1e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0314134  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4805  RNA methyltransferase  27.65 
 
 
254 aa  88.2  1e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00212295  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4393  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.65 
 
 
254 aa  88.2  1e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000250925  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0568  RNA methyltransferase  35.86 
 
 
248 aa  87.8  2e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.927994  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3677  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.09 
 
 
286 aa  87.8  2e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0554  RNA methyltransferase  35.86 
 
 
248 aa  87.8  2e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.850775  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2039  tRNA/rRNA methyltransferase SpoU  30.22 
 
 
277 aa  87  3e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0846058  normal  0.928617 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2613  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.71 
 
 
285 aa  87  3e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1016  RNA methyltransferase  26.69 
 
 
234 aa  87  3e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0590  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  32.62 
 
 
247 aa  85.5  7e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0629521 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1093  23S rRNA methyltransferase  28.27 
 
 
264 aa  85.5  9e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000062165  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2051  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.78 
 
 
254 aa  84.7  0.000000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.154178  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2163  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.61 
 
 
277 aa  84.3  0.000000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.132475  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0334  rRNA methylase  31.36 
 
 
257 aa  84.3  0.000000000000002  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.693845  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1222  RNA methyltransferase  22.76 
 
 
267 aa  84.7  0.000000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0117794  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1003  RNA methyltransferase TrmH, group 3  30.56 
 
 
261 aa  82.8  0.000000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.60779  normal  0.0289199 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1437  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  24.42 
 
 
269 aa  82.8  0.000000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0416  RNA methyltransferase  29.31 
 
 
246 aa  82.4  0.000000000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.896719  normal  0.93402 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0172  RNA methyltransferase  30.34 
 
 
249 aa  82.4  0.000000000000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0806813  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2650  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  24.71 
 
 
254 aa  82.4  0.000000000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00276989  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3325  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.33 
 
 
248 aa  81.3  0.00000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.515948 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2142  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.96 
 
 
289 aa  81.6  0.00000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00455486  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>