More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2661 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_2661  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  100 
 
 
256 aa  524  1e-148  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3136  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  55.87 
 
 
276 aa  292  4e-78  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2061  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  52.61 
 
 
254 aa  289  3e-77  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0954424 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0306  TrmH family tRNA methyltransferase  53.15 
 
 
268 aa  270  2e-71  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0728  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  48.35 
 
 
244 aa  250  1e-65  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1164  hypothetical protein  45.87 
 
 
246 aa  243  1.9999999999999999e-63  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.2944 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0406  RNA methyltransferase  43.46 
 
 
244 aa  228  8e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0940631  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2929  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  42.53 
 
 
263 aa  226  2e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1848  RNA methyltransferase  46.64 
 
 
249 aa  226  3e-58  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05650  putative tRNA:rRNA methyltransferase  41.18 
 
 
245 aa  209  3e-53  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2352  putative tRNA/rRNA methyltransferase YacO  36.93 
 
 
248 aa  164  1.0000000000000001e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.177652  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0405  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.63 
 
 
254 aa  163  2.0000000000000002e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0083776  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0848  RNA methyltransferase  33.2 
 
 
247 aa  162  6e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000264025  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0196  RNA methyltransferase  34.58 
 
 
243 aa  160  1e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000588208  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0590  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  38.43 
 
 
247 aa  160  3e-38  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0629521 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0887  RNA methyltransferase TrmH, group 3  38.02 
 
 
261 aa  160  3e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.986853  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0401  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.42 
 
 
246 aa  159  5e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000436094  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2481  RNA methyltransferase TrmH, group 3  35.15 
 
 
246 aa  158  6e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000314444  hitchhiker  0.00338936 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2730  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.29 
 
 
255 aa  158  7e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.751116  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3320  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  32.38 
 
 
315 aa  158  8e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000334493  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0092  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  34.17 
 
 
245 aa  155  5.0000000000000005e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000607271  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0112  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  33.75 
 
 
247 aa  155  5.0000000000000005e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0011476  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0264  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  34.65 
 
 
292 aa  155  6e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0265  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  34.65 
 
 
292 aa  155  6e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0174  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  34.58 
 
 
247 aa  155  8e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000034032  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65190  TrmH family RNA methyltransferase , group 3  38.52 
 
 
248 aa  154  9e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5214  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  33.75 
 
 
247 aa  154  1e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000196945  unclonable  9.19298e-26 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2060  RNA methyltransferase  30.83 
 
 
277 aa  154  1e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0091  RNA methyltransferase  33.33 
 
 
247 aa  154  2e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00797863  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0091  RNA methyltransferase  33.33 
 
 
247 aa  154  2e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.678867  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0088  tRNA/rRNA methyltransferase SpoU  33.33 
 
 
247 aa  154  2e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000158072  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0087  TrmH family tRNA methyltransferase  33.33 
 
 
247 aa  154  2e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.528227  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0644  RNA methyltransferase  38.11 
 
 
250 aa  154  2e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000634261 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0122  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  33.33 
 
 
247 aa  154  2e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000258465  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0091  RNA methyltransferase  33.33 
 
 
247 aa  154  2e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000227809  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0102  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  33.33 
 
 
247 aa  154  2e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.238e-61 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0086  RNA methyltransferase  33.33 
 
 
247 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000284808  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1583  RNA methyltransferase TrmH, group 3  33.2 
 
 
256 aa  152  7e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.780301  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5663  putative rRNA methylase  38.11 
 
 
248 aa  151  8.999999999999999e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2387  RNA methyltransferase  37.24 
 
 
245 aa  151  8.999999999999999e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.939992  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0086  RNA methyltransferase  32.5 
 
 
247 aa  150  1e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0239075  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0088  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  32.64 
 
 
246 aa  151  1e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2043  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  34.03 
 
 
253 aa  150  1e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000129806  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2368  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  33.61 
 
 
256 aa  151  1e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.900248  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2230  RNA methyltransferase  33.2 
 
 
245 aa  150  1e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329348  normal  0.0204347 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1270  RNA methyltransferase  39.27 
 
 
251 aa  151  1e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.907902  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0003  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.83 
 
 
250 aa  150  2e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2280  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  33.61 
 
 
256 aa  150  2e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1909  RNA methyltransferase  35.63 
 
 
256 aa  149  6e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000520024  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2091  RNA methyltransferase TrmH, group 3  38.59 
 
 
247 aa  148  8e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.254713  normal  0.346719 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19440  rRNA methylase, putative, group 3  32.65 
 
 
256 aa  147  1.0000000000000001e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000129696 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00990  RNA methyltransferase  33.47 
 
 
244 aa  147  1.0000000000000001e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000314375  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0974  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.36 
 
 
316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0793749  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0267  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  31.95 
 
 
246 aa  146  3e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000223613  normal  0.011395 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03462  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  36.55 
 
 
246 aa  145  6e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0313  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  34.17 
 
 
251 aa  145  7.0000000000000006e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000179001  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4146  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  32.37 
 
 
310 aa  145  8.000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2398  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  31.71 
 
 
248 aa  144  1e-33  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.670056 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2889  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.77 
 
 
248 aa  144  1e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0683  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  38.36 
 
 
255 aa  143  2e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.427045 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1336  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  34.02 
 
 
249 aa  143  2e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000822091 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07630  RNA methyltransferase TrmH, group 3  36.18 
 
 
247 aa  143  3e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0512  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  35.8 
 
 
246 aa  143  3e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.801962  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4020  RNA methyltransferase  35.06 
 
 
314 aa  143  3e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.980605  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1356  RNA methyltransferase TrmH, group 3  34.02 
 
 
250 aa  142  5e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000394989  hitchhiker  8.416419999999999e-20 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0305  RNA methyltransferase  33.06 
 
 
249 aa  142  6e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000127836  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5337  RNA methyltransferase  33.74 
 
 
314 aa  142  6e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2071  RNA methyltransferase TrmH, group 3  36.93 
 
 
256 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4216  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  34.71 
 
 
245 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000341805 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1462  RNA methyltransferase  34.85 
 
 
245 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0405731  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2767  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  38.12 
 
 
247 aa  140  1.9999999999999998e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.665903  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1474  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  34.47 
 
 
239 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0162513  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2172  RNA methyltransferase TrmH, group 3  35.71 
 
 
237 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0146478  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1971  RNA methyltransferase  35.55 
 
 
260 aa  139  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1073  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.33 
 
 
250 aa  139  3e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.5513  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3322  RNA methyltransferase  34.75 
 
 
248 aa  139  3.9999999999999997e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.752431  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1616  RNA methyltransferase TrmH, group 3  34.71 
 
 
248 aa  139  3.9999999999999997e-32  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.439996 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1180  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  33.07 
 
 
338 aa  139  3.9999999999999997e-32  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.0000228447  hitchhiker  0.0000274792 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1685  RNA methyltransferase  37.55 
 
 
247 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.282815 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3589  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  36.36 
 
 
246 aa  139  6e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124331  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0262  RNA methyltransferase TrmH, group 3  34.02 
 
 
416 aa  138  7.999999999999999e-32  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0572  RNA methyltransferase  35.37 
 
 
252 aa  138  8.999999999999999e-32  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1867  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  34.17 
 
 
246 aa  138  1e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09311  RNA methyltransferase TrmH, group 3  34.02 
 
 
442 aa  137  1e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.0566162 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1055  tyrosyl-tRNA synthetase, class Ib  34.85 
 
 
248 aa  137  1e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.932424 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2313  RNA methyltransferase  31.47 
 
 
288 aa  137  1e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0718596 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2067  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  33.07 
 
 
326 aa  137  2e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1469  RNA methyltransferase  37.55 
 
 
247 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1165  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.92 
 
 
250 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0693312  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2518  RNA methyltransferase  36.73 
 
 
247 aa  137  2e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00110794  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1447  RNA methyltransferase  33.33 
 
 
314 aa  137  2e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.812422 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1448  RNA methyltransferase  37.55 
 
 
247 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2065  rRNA methylase  35.1 
 
 
242 aa  137  2e-31  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0340  rRNA methylase  32.38 
 
 
251 aa  137  2e-31  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000065422  hitchhiker  0.000000457527 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1822  rRNA methylase  32.66 
 
 
249 aa  137  2e-31  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1765  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  34.78 
 
 
271 aa  137  2e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.560778  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0789  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  43.58 
 
 
244 aa  137  2e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0172  RNA methyltransferase  33.47 
 
 
249 aa  136  3.0000000000000003e-31  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0806813  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3458  RNA methyltransferase  33.74 
 
 
252 aa  136  3.0000000000000003e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0336691 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4935  RNA methyltransferase  34.98 
 
 
248 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000134443 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>